晚近以来，密尔研究中一个颇具争议的话题是他在英属殖民地印度问题上的看法。不少学者试图把密尔丑化成一个恶劣的帝国主义分子、一个自大的文化优越论者。他们批评密尔对印度的无知与偏见，指责密尔在十分简单的文明与野蛮二分中讨论印度问题。甚至同情密尔思想的自由派学者亦承认密尔在帝国主义问题上态度暧昧不清，对密尔的相关指责很可能确实暴露了自由主义的另一面。在今日世界的思想氛围中，赞同民族国家独立自主、各民族文化平等已然成为一种政治正确，支持帝国或帝国主义无论出于何种理由，激起的都是公众的义愤。反自由主义者，将托克维尔、密尔这样的自由主义杰出代表打入帝国主义者行列，[90]以达到抹黑自由主义的目的，并不困难，然而这种貌似正确的谴责，除了体现谴责者的政治立场外，丝毫无助于我们对思想家的认识。在这个极易引发不同意识形态厮杀的话题上，严肃的学术研究常常得不偿失，不过，笔者在此仍要冒着被指责的风险对相关问题做出学理性的说明。为此，我们需要分两步走，完成两件事：第一步，我们要弄清楚密尔在相关问题上的真实主张是什么？第二步，我们要回答“我们当如何理解密尔的主张”。详细的文本研究在此略去，我们只做些概括性的描述。
在第一个问题上，如果把帝国主义界定为以“为扩张而扩张”为本质特征的19世纪特有的区别于暂时征服的扩张与侵略，[91]密尔显然不是一个帝国主义者。密尔反对侵略，与当时持有帝国主义思想的政治家不是一个圈子的人。密尔一生常致力于为妇女平等权益呼吁，为改善底层劳工的悲惨生活状况呼吁，战争与狂热，从来不是他人生字典中的词条。即使在较为模糊的意义上，将帝国主义等同于罗马式的光荣帝国理想，密尔也与之绝缘。密尔对“庞大”与“辉煌”等字眼不感兴趣，那是他的论辩对手托马斯·卡莱尔的英雄梦展开的场景。卡莱尔具有种族思想，他在1849年匿名发表的《浅议黑人问题》一文中，嘲笑黑人是“黑鬼”，称他们是天生的奴隶。卡莱尔为英国人的高贵血统受到污染而担忧。针对此一论调，密尔专门撰文予以反驳，他认为卡莱尔的想法“极为可恶”，卡莱尔说黑人在天性上低劣，毫无科学依据。[92]密尔欣赏的是雅典的民主。密尔的民主主义立场十分坚定。托克维尔身上尚有残存的贵族气质，密尔则不然。密尔是一个成熟的具有高度社会责任感的中产阶级上流社会人士的典范。密尔长期供职于英国东印度公司，往来印度与英国，参与相关政策的讨论与决定，加上他从小便可替其父校对《英属印度史》书稿，若说他对印度事务无知、不了解，是毫无依据的指责。
问题在于今日的人常以被民族主义洗礼过的头脑去解读19世纪之事，又以今日之世界去推测当日的英国与印度，由此对密尔的思想，很难做出可靠的解释。19世纪50年代中后期，当英国议会考虑撤销东印度公司在印度的统治时，密尔几次提出议案表示反对。他的意见终未被采纳。尽管英国政府要他留任，他还是决定提前退休，离开他曾服务了数十年的地方。论者还提到密尔对文明与野蛮的区分。密尔确实说过，野蛮人没有能力自治。印度人让他们自我统治，不如英国人来统治他们效果好。而通过东印度公司统治，又比英国议会直接派官僚前往统治要好。接下来的问题是，我们如何理解密尔的观点，密尔说错了吗？密尔为何这么讲？密尔没有种族偏见，没有民族主义情绪，这些都是20世纪盛行的危险的思潮。密尔连基督教信仰也没有，输出文明的传教士式的热情，不见于密尔身上。边沁是个公开的无神论者，密尔是个没有明确宣布自己信仰状况的无神论者。密尔阐发人生哲学或政治哲学原理，并不诉诸某种信仰。他主张宗教宽容与信仰自由。但密尔持有一个根本性的信条，那就是功利主义。如前所述，此种功利主义，已经他修正，融入了柯勒律治等浪漫主义者的“个性”思想，在逻辑上能够做到自洽，且符合多数人的日常经验。基于上述诸点，我们对密尔在印度问题上的立场做如下解释：东印度公司自1600年起在印度开展贸易，至那时已有两百余年，是一个经验丰富的殖民机构，密尔本人的道德操守即足以表明该机构并非由一帮恶棍主持。印度此前虽有文明，但此文明并非密尔所说的文明。密尔所说的文明是启蒙思想家所界定的特定的与商业社会、法治秩序相匹配的现代生活方式。在此意义上，印度尚处于野蛮社会阶段。印度处于一种异常落后的种姓制、村社制、封建制的状况。迷信、习俗的力量统治着人们的头脑，暴力时有发生。以商业活动而言，当时印度人竟然在买卖完成后经常反悔，对合同缺乏尊重，处事缺乏理性，如同儿童一样。密尔父亲所著的《英属印度史》以及同时代梅因爵士的《村落社会》，皆可作为明证。密尔还曾专门评论过梅因的《村落社会》一书。[93]东印度公司在税制与法律及地方行政上的整合规划，无疑是以先进取代落后，此点谁也无法否认。
反感此一事实的人无法回答：为何东印度公司几百人能持久地统治如此众多的印度人？当然，大英帝国统治范围还不止印度一块。东印度公司撤销，并不意味着让印度独立，只是更换统治方式而已。密尔对具有专制主义意味的总督及官僚统治十分反对。这是他为东印度公司辩护的重要原因。他认为在印度问题上，一切都要着眼于法治的维护。暴行必须受到谴责。至20世纪，以归属感、非理性为诉求的民族主义取代了理性主义。人们宁要本民族主子的奴役，不要异族人带来的自由；宁要自己的落后文化，不要外国的先进文化。这是20世纪的观点，密尔时代的印度人并不这么想。而密尔亦明确宣称，一旦印度人学会了自治，外来的统治就没有必要了。在密尔看来，着眼于多数人的幸福，政治家应相机行事。密尔在印度问题上的主张，与他的功利主义哲学政治学完全一致。它本身也提醒现代自由民主政体之实行需要一定的社会条件与国民素质要求。即使边沁讲一人一票时，也不把文盲列入选民范围。选票上有名字，报纸上有各种政策辩论意见，一个选民连字都不认识，如何做选择？一个动辄拳脚相加的群体，何以能骤然实行代议制民主？但功利主义者那里并不存在对文盲群众的偏见，他们皆重视国民教育及文化普及事业。