四路明军总攻失败后，不独明朝东征军在隐瞒朝廷的情况下，私自做出与日军议和的妥协举动，就连大明朝廷内部也因东征军战败而感到灰心丧气，表现出了极其退缩的姿态。
明军战败的消息传到大明后，身患重病、卧病在床的内阁大学士赵志皋感到心灰意冷。万历二十六年十一月十一日，赵志皋向明神宗上疏，说明军接连惨败于日军，受日军耻笑，又面临多种现实上的困难，如兵力疲惫、粮食耗尽、国内叛民趁机作乱、塞外异族入寇等，明朝自救不暇，难以继续在朝鲜耗下去，提议将明军从朝鲜撤回国内。
在奏疏中，赵志皋针对明军自南原之战以来的一系列惨败，痛心地说：
臣卧病床蓐间，复闻东征大举败绩，不胜愤懑！……乃今不量彼己，不度劳逸，惟倖倖然以思一逞，先败于南原；乃整顿收拾，兵粮粗集，而去冬再败于蔚山；更整顿收拾，兵粮大集，而今冬三败于泗川。夫合水陆十万之师，四路一时并进，熟不谓智虑已周，谋画已定，可以制釜倭之命矣？何中路以被诱大败，东、西两路亦以攻城损伤？陈璘兵船又何以被焚掠耶？四路之师一时溃败，近又仓皇无计，敛迹退防，驾言以待查勘矣。是锐气既已阻消，辎重业已散失，又未知将何整顿收拾以图再举也！况东事自更局以来，又复二年有余，竭四方水陆之运，集远征调之兵，人情汹涌，海内骚然，前赴朝鲜，犹水趋壑，曾不能得釜山尺寸之地。三战三败，贻笑倭奴，耻辱中国亦已甚矣！岂朝廷之钱粮、百姓之膏血、数万之生灵，为博功名之儿戏耶？臣窃为用此忿。（《万历起居注》）
他又列举了明军不敌日军的原因：
兵原无胜理，盖倭集釜山，去日本一帆而近，彼之转输援救，顺流而下，朝发可以夕至。而我陆隔辽东，水绝大海，相距数千里，兵马不胜奔走之劳，粮饷不胜搬运之苦，此其不利者一。
倭坐据重城，三窟联络，或以逸待劳，或以近制远，而我裹粮束刍，野栖露宿，欲以仰攻其坚，此其不利者二。
有此二不利，安见其能胜也？（《万历起居注》）
赵志皋又指出，援朝战争让大明陷入战争泥沼，以致国力空虚，目前很难继续调兵进入朝鲜增援，粮饷也很难再运入朝鲜：
今丁壮已毙于锋芒，纵欲再调，不过柔弱之徒。况宣大、山西、蓟辽诸镇，连年征发，尺籍空虚。北虏乘机，时挟贡赏，其势绝难再调。若腹裹招募，率皆乌合。即如前赞画主事徐中素上疏自称，平日蓄有死士三千，比及东行，旋于京城内外招集市井佣贩之流，此辈目不识旌旗，耳不辨金鼓。泗川之败，正是此兵，言之令人可恨。兵可再调乎？东征岁费藏金数百余万，山东、浙直、闽广于常赋之外，又加于六七十万。闾阎穷民不胜剥削，加以旱涝之灾，重以开采之役，逃窜流离，人不堪命，饷可再运乎？（《万历起居注》）
在内外交困的环境下，赵志皋说出了对明军继续耗在朝鲜的担忧，认为大明国内既有河南叛贼作乱，又有“辽虏”入寇的威胁，大乱将至，自顾不暇：
及今以往，若不长虑却顾以图久远之计，将见：在朝鲜，则专借天朝为其报复，终无念乱图存之心；在中国，则兵疲粮竭，脱有奸徒乘机倡乱，如近日河南插旗之变，则在我非特不能救朝鲜，且自救之不暇矣。
于时东事从何结局？此臣所以伏枕而思，五内焦劳，不能已于言也。以臣愚谬之见，辽虏不时入犯，陨将丧师，尤为腹心之疾，是岂可舍近而求远？（《万历起居注》）
陈述完这些隐患之后，赵志皋说出了他的真实想法。他请求先让经略邢玠带着明军主力从朝鲜撤兵，回到辽东，防备对明朝威胁更大的“辽虏”，再将朝鲜之事交给经理万世德，让他带着留下来的一小部分兵力继续留守全罗道、庆尚道的要害之地。久而久之，在培养了朝鲜军的独立作战能力之后，再将剩下的明军也调回国内，让朝鲜军自己承担防务：
不若令督臣邢玠仍归本镇，与蓟辽抚臣一意制虏。而以东方之事悉以委之经理抚臣万世德，择一大将与之协同。而世德仍量加部衔以便节制，限以数年为期，先将已调集兵将逐一挑选，择其精健可用者，量留若干，其余徒耗军饷，悉令撤归。然后将所留之兵分布全、庆要害之处，因山为城，因江为堑，坚壁把守，互为声援。然后遍历朝鲜八道，择其膏腴之地，广其开垦，分委廉干官员，责成管理，仍不时查核，如某道辟地几何？秋收积谷几何？以定赏罚。久则彼食自足，我饷可以免运矣。一面调选八道精壮之人，分委晓畅将领，严加训练，如某道练马兵几何？步兵几何？练一队，则可撤我一队之兵，久则我兵可以渐撤，丽兵可以自守矣。（《万历起居注》）
明神宗收到赵志皋的奏疏以后，颇为动容，他坦诚地说，“东征未得取胜，朕心日夜悬注”，让赵志皋注意饮药，好好养病。随后，明神宗便认真考虑了赵志皋的意见，命令五府、六部、九卿、堂上、科道等官开会讨论东征军从朝鲜撤兵事宜。（《明神宗实录》）从这一反应来看，明朝朝廷因为东征的挫败，以及现实环境的制约，在武力征剿日军上遇到了极大的困难，显露出退缩的守势。
丁酉再乱中，明朝和日本，一定程度上都对对方造成了重大打击，相互使对方在战略构想上谋求退缩和保守。日军在此前的第一次蔚山战役中遭到了明军的严重冲击，因此想要将防线收缩至朝鲜沿海之地，进而撤回日本本土。而明朝在四路总攻失败后，也同样想要将防线收缩到大明国境之内。
不过，明廷最终还是坚持了以武力征剿日军的路线，并没有从朝鲜退兵。这是因为琉球世子尚宁派人寄信给福建地方，报告了丰臣秀吉确实已经身亡的消息，福建巡抚金学曾很快将这一消息上报朝廷。他认为日军内乱将起，可以趁着这个机会水陆夹攻，歼灭侵朝日军。明朝朝廷在准备召开会议讨论从朝鲜退兵之前，意外收到了这个消息，舆论为之一变。兵科给事中张辅之趁机上疏，认为关白已死，日军必生内乱，这是“天灭倭奴之会”，恳请明神宗让明军继续留在朝鲜，剿杀侵朝日军，“以收荡平之绩”。因为丰臣秀吉死亡这一消息足够振奋人心，明神宗同意了张辅之的意见，决定让明朝东征军“一意征剿，务收荡平之功”。如果明神宗这时候有所迟疑，那日军可能会在朝鲜盘踞许久，与明朝、朝鲜长时间耗下去，情况不容乐观。