日军右军从忠清道撤退后，朝鲜朝廷和明军终于解除了危机。明军放开胆子，展开追击。万历二十五年九月十六日，朝鲜接待都监报告：“摆、柴两游击，追击斩贼十八级，方乘胜追击云。”（《宣祖昭敬大王实录》）九月十八日，又报：“提督分付摆、彭、柴三将，追击倭贼于锦江之边，昨日又斩四十六级。且镇川之贼，已过荆川而去云。”（《宣祖昭敬大王实录》）从这两份奏报来看，最迟在九月十六日，明军游击摆赛、柴登科与参将彭友德便在提督麻贵的命令下南下追击日军右军，并一直追击到了忠清道的锦江之边。
除了朝鲜官方史料《宣祖昭敬大王实录》外，锦江之战在其他的明朝、朝鲜史料中并没记载，但这一战却意外得到了日本史料的印证。根据《毛利家记》的记载，毛利秀元在稷山之战后，本想继续北上，一直打到明朝辽东，但在此期间接到了丰臣秀吉要求退守庆尚道釜山浦的命令，于是开始从忠清道公州撤军。从朝鲜古代地图《海东地图》来看，公州边上正是锦江，毛利秀元必须渡过锦江才能从忠清道撤向庆尚道。由此可见，《宣祖昭敬大王实录》中提到的摆赛、彭友德、柴登科追击倭贼于锦江之边，当是指追击正在撤退的毛利秀元军，也就是日军右军本队。
《毛利家记》记载，毛利秀元从公州撤退以后，到了忠清道的文义，结果四五万朝鲜、大明军队紧追不舍，毛利秀元因此展开还击，击杀数千人。这一描写虽然不免夸大实情，但透露出了两个重要情报：一是毛利秀元从公州撤退以后，被明军追击确属事实，与追击而来的明军发生“锦江之战”很可能是真的；二是毛利秀元从公州撤退后，又与明军在文义打了一仗。《毛利家记》记载的这一文义之战，在明朝史料中找不到记载，但却可以从朝鲜史料中找到蛛丝马迹，证明此战可能也是存在的。
根据朝鲜文献《同春唐集》的记载，锦江的边上是荆江，而荆江流经文义；又据《宣祖昭敬大王实录》记载，彭友德、摆赛、柴登科三将在追击日军于锦江后，又“追贼至荆江，接战连捷”，与日军在荆江流域作战。综合这些史料来看，明军很可能追到了荆江流域的文义，与毛利秀元在此发生交战。不过，从明人事后未有只言片语提及文义之战来看，此战的规模应该不会很大。文义之战后，毛利秀元军又撤到了与文义一山之隔的怀仁，“倭自稷山，退保怀仁”（《万历邸钞》）。之后，毛利秀元遵从秀吉的军令继续南撤，经庆尚道的大丘、密阳，于十月八日撤到庆尚道南部的釜山浦。
日军右军大将毛利秀元从忠清道撤兵时，日军右军的黑田长政也在忙着率部从忠清道南撤，但他避开了与明军交战。据《黑田家谱》记载，稷山之战结束后，黑田长政军在稷山停留了10多天。不过这个说法并不正确，据一手史料《黑田家文书》记载，九月十四日到十六日，黑田长政军已经离开稷山，出现在忠清道的清安杀戮朝鲜人，并两次割取他们的鼻子，一次150个，一个457个。在清安大肆杀戮后，黑田长政军一路南下，在青山杀戮朝鲜人，割取鼻子242个。之后，黑田长政军继续南撤，于九月二十日经过庆尚道开宁，割取鼻子300多个；九月二十三日，经过庆尚道玄风，割取鼻子223个；十月八日，撤向庆尚道南部的梁山、东莱。
与此同时，日军右军的加藤清正也在九月十五日开始率军从忠清道撤退。据朝鲜史料《乱中杂录》记载，加藤清正在忠清道的清州分军三路南撤：一路经忠清道的青山、黄涧，自庆尚道的星州南下；一路经由庆尚道的咸昌、尚州，自仁同、大丘南下；一路经由庆尚道的闻庆、比安、军威南下。而锅岛直茂部队从忠清道的清州退兵到庆尚道的尚州，途中与加藤清正的数万兵马在忠清道右路纵火，之后渡河经过全罗道右路，大肆烧杀抢掠。
但这一记载并不完全是事实，锅岛直茂当时并没有跟随日军右军大部队北上忠清道，而是与日军左军一同留在了全罗道，因此并不会从忠清道清州撤军。
撤兵途中，加藤清正军经过忠清道报恩赤岩一地，在大雾中与朝鲜将领郑起龙相遇。郑起龙只有400人，人数远远少于加藤清正部队。据朝鲜史料《宣庙中兴志》记载，郑起龙不慌不忙，在马上射杀数十名日军，加藤清正在大雾中看不清对方形势，以为朝鲜人有备而来，很久都不敢动。郑起龙见加藤清正军吓得不敢动，就缓缓引兵撤去。由于加藤清正军被吓住，不敢有所动作，庆尚道、全罗道的数十万百姓逃过一劫。
但是，这一记载从内容上看，完全是夸大其词，根本不足为信。原文其实很隐晦地描写了郑起龙一方因为人数过少最后主动撤走的事实，根本谈不上什么辉煌的胜利。提到郑起龙与加藤清正在大雾中遭遇的报恩赤岩之战的，还有朝鲜史料《锦石集》，但此书的记载更加夸张，称郑起龙以数十人设伏于报恩赤岩，大破加藤清正军。这一番言论，显然更不可信。
报恩赤岩之战结束后，加藤清正军继续南撤，途中经过青山一地。据说明军与毛利秀元军在文义打过遭遇战后，也一路南下，追击日军右军至青山，并与加藤清正军在此爆发战斗。对此，《宣庙中兴志》记载，“杨镐又遣参将彭友德，追败清正于青山”，指出彭友德在青山之战中将加藤清正击败。
除此之外，青山之战在史料上留下的笔墨并不多，具体过程更是不可得知。明人徐希震的《东征记》对青山之战是如此记载的：
令参将彭友德、杨登山，游击摆赛、柴登科、牛伯英、颇贵，内丁麻代，副将李芳春、吴惟忠，各取捷路邀击，追次青山。贼失措，散亡，斩级一百十五颗，夺衣、马、器械四百十五件，杀伤遁者无算，救回被掳人、畜千余。
明朝官方史料《明神宗实录》对青山之战更是只有寥寥数语：
……嗣是九月，副将解生等挫倭于稷山，参将彭友德等追倭至青山，共获级一百五十二颗，军声渐振……
……今我兵于青山等处屡战屡捷，有转虚为强之势……
而朝鲜官方史料《宣祖昭敬大王实录》并没有提及青山之战，只是记载了在交战地点和斩级数量上比较接近的荆江之战：
接待都监启曰：
当日彭、摆、柴三将先回，而追贼至荆江，接战连捷。柴游击军得十四级，摆游击手斩四级、军丁获三十六级，彭中军军丁得三十六级，提督内家丁斩三十五级，及他将军丁，亦有所获，合诸营一百五十五级。
从《宣祖昭敬大王实录》的记载来看，明军当时最远只追击到了荆江，并没有继续南下追到青山。另一朝鲜官方史料《事大文轨》也只是记载说，“天兵追击于清州、文义、公州、镇川等处，连斩数百级。节据哨探员役驰报，忠清道地方已无贼兵”，全然没有提及青山之战。此外，日本史料当中也未提及此战。
结合《毛利家记》的记载来看，明军最远只追到了荆江流域的文义，之后没有再继续追击。青山之战虽存在于明朝文献中，但完全不见于日、朝一手史料，很可能并不存在。实际情况应是明军高层在战报中，略微夸大了明军追击日军的最远地点。而后世的朝鲜史料《宣庙中兴志》，则在此基础上衍生出了彭友德在青山之战中击破加藤清正的传说。
虽然青山之战很可能并不存在，但明军高层仍然重视宣传“此战”的成果。经略邢玠在《买补东征马匹疏》中，特意对明军骑兵在丁酉再乱中的表现做了高度评价，认为日军在稷山之战、青山之战以及后来的蔚山之战中，被明军的骑兵打得抱头鼠窜：
据此看得，弓马为中国之长技，横鹜飙驰，风雨骤至，势非倭之跳跃踌蹰者所能支。此不特稷山之堵截，青山之追逐，蔚山战克，历可指数。近日贼之首鼠而不敢出，出而无不歼者，皆以马之力。而屡获生口自供，倭所深畏而不敢前者，亦惟马耳。
今经理抚臣得于目击，知马兵之得力而为倭所畏，则马诚征倭必用者。
无论青山之战存在与否，加藤清正都率军从忠清道一路南撤。途中，加藤军经过庆尚道的星州、永川、庆州，击破沿途朝鲜军，俘虏许多朝鲜将官，但其自身的伤亡亦颇为惨重。（《朝鲜日日记》）十月八日，加藤军进入庆尚道南部的蔚山城、西生浦等旧垒。（《乱中杂录》）至此，日军右军完成了从忠清道撤向朝鲜沿海的计划。
虽然日军右军全都退到了朝鲜沿海，但在撤军途中不改残酷本性，沿途杀害了大量朝鲜人，连小孩也不放过，以致道路上堆积了大量尸体。《宣祖昭敬大王实录》记载道：“倭贼则清州、公州两处大阵，尽为奔还。或入湖南，或从鸟岭，四散而逃。今此之贼，逢人辄杀，道路村墟，积尸如山，孩提不遗云。”