发出放弃北上攻打王京、从忠清道撤兵这一命令的，是日军右军大将毛利秀元，而他只是忠实地执行了丰臣秀吉的指示。据《毛利家记》记载，九月份，毛利秀元驻兵忠清道公州时，收到了丰臣秀吉从日本发出的御朱印状，指示诸将退往釜山，坚守诸城。从当时的交通状况和送信时间来看，丰臣秀吉发出这一道指令，必然是在稷山之战爆发前。毛利秀元遵照丰臣秀吉的要求，向日军右军发布了这一命令，随后便从忠清道退兵了。除此之外，日军难以忍耐朝鲜严寒的天气，也是退兵的重要原因之一。
在明军渡江阅兵前的九月九日，日军右军另一路的加藤清正从忠清道清州北上，驻兵于镇川，召开军事会议，与诸将商讨下一步行动。镇川军议的结果非常重要，如果加藤清正等人坚持北上，则朝鲜王京有很大概率将会沦陷。
军议上，军监太田一吉提议放弃攻打王京，他说：“闻王城四面皆大河，时将冱寒，割冰涉水，人马恐冻死。不如引退，俟春阳攻王城，败之不难。今犯寒徒死，无益也。”（《大河内秀元朝鲜记》）
太田一吉提到朝鲜王京周围有大河相阻，随着天气逐渐变冷，渡河难度将大幅度提高，日军如果强行前进，恐会冻死许多士卒。与会的日军诸将同意了这一提案。与此同时，日军右军大将毛利秀元收到御朱印状，向麾下各部传达了收兵南撤的指令。
因为难以忍受寒冷天气而决定退兵，并非是日军右军在稷山之战中“战败”才找的借口。林罗山的《丰臣秀吉谱》一书便记载：“日本兵以寒气既甚，故先皆纳兵。”江木戬的《加藤清正传》亦记载：“时天渐寒，清正退守蔚山。”除了日本史料这么说以外，明朝的官方史料也有相同的记载。《明神宗实录》提到，日军之所以退兵，原因是“倭性畏寒”，“倭贼焚舍弃寨，退守釜山。部议倭奴进退诡秘，或因冬寒暂示蛰伏”。
《明神宗实录》的记载，与日本史料的说法不谋而合，可见明朝官方史料认为，日军退据朝鲜沿海，是由于忍受不了寒冷天气，而不是因为稷山之战的影响。从日军阵营中出逃的朝鲜俘虏金应砺，也提到日军“初意欲犯京城，闻京中空虚，日气尚寒，兹以卷还”（《宣祖昭敬大王实录》），同样是因为天气寒冷才撤退的。在这一点上，明朝、朝鲜、日本史料不谋而合，说明事实确实如此。
实际上，早在九月之前，丰臣秀吉就屡次向侵朝日军下达退兵到朝鲜沿海地带的命令。据《宣祖昭敬大王实录》记载，加藤清正麾下有一名叫作福田勘介的将官，他在撤退途中被朝鲜忠清道兵使李时言俘虏。他在供词中交代：小西行长、加藤清正原本打算分兵三路直冲朝鲜都城王京，但丰臣秀吉派人传达了不准进犯王京的命令，限定九月之内随日军在其所到之处厮杀，但十月必须退到朝鲜沿海的西生浦、釜山浦一带；所以日军在杀到距离王京只有三日路程的时候，就撤退了。福田勘介的原话是：
当初行长、清正之意，欲分三道直冲京城。关白遣人传令：勿犯京城；限九月，随其所到处厮杀；十月内，还来西生浦、釜山等窟穴云。故到京城三日程，旋即还归，全罗道亦无留住之意。
福田勘介所说的丰臣秀吉派人向侵朝日军传令退据朝鲜沿海一事，发生在八月二十五日的全罗道全州军议上。参与会议的日军诸将对直捣朝鲜王京跃跃欲试，但丰臣秀吉派来的使者向日军诸将传达了退兵命令。由于秀吉的命令，再加上天气寒冷这一重要因素，日军诸将决定分兵掳掠一番之后，就执行秀吉的撤退命令。此事记载在庆念的《朝鲜日日记》中：
宇喜多秀家、毛利秀元在全州，留数日休士马、治伤痍，会秀吉使者来命退军。诸将初欲直冲京城，以天渐寒，且有秀吉命，停前议，欲分徇郡邑然后退。
又据《宣祖昭敬大王实录》记载，早在稷山之战发生三个月前的六月份，宗义智的家臣要时罗就和朝鲜人暗中通气，称日军将在“十月晦间则还镇于沿海……事过之后可验矣”。同一时间，锅岛直茂的部将丰茂守在和朝鲜战士郑承宪的谈话中，也透露了丰臣秀吉下令日军在抢掠全罗道、庆尚道等地后退兵沿海一事。丰茂守说，“六七月间，大兵渡海，先击庆尚、全罗等道后，还驻沿海”，“（关白）令此诸将曰……汝等为先锋，蹂踏庆尚、全罗、济州等地后，退兵宜宁、庆州等处屯据”。
再据《宣祖昭敬大王实录》记载，在稷山之战发生的三四个月前，丰臣秀吉就在文书中对日军诸将下达过焚荡全罗道之后就退兵沿海的命令：
今则兵粮难继，不可深入。焚荡全罗之后，即为还兵。自镇江到迎，沿海结屯，以问朝鲜和不和，且休马。积年之久，而朝鲜又若不肯，时时窃发，扫荡朝鲜军民，聚集富饶之处，则我国军马不劳，而朝鲜军民自尽。不可以日月为期，我虽死后，又有子孙，诸将等尽力，必朝鲜乞和而后已。
从《宣祖昭敬大王实录》的记载来看，丰臣秀吉在同年五六月，就已做出相关指示，要求侵朝日军在攻打全罗道、庆尚道后退兵朝鲜沿海，原因是他考虑到日军的兵粮终究有限，所以下令不可深入。
从以上这些史料可以得出结论，丰臣秀吉早在五六月就已经制订了退兵朝鲜沿海的计划，并且知会了日军诸将，又在八九月连续从日本派遣使者向侵朝日军传达退兵命令，让他们不要进攻王京。由此可见，侵朝日军打到忠清道以后南撤，是丰臣秀吉早就定下的既定方针，实与稷山之战无太大关联。朝鲜史料《东阁杂记》就直截了当地说：
或云：“寇至忠清而止，乃秀吉之令云。”
其实在更早之前，丰臣秀吉制订第二次侵朝战争的战略计划时，就在军令中明确提到过此次行动的目标是：
赤国（全罗道）悉收而施治，青国（忠清道）以下随宜进取。（《高山公实录》）
在军令中，丰臣秀吉只是命令诸将把全罗道拿下，忠清道以北则见机行事。从上述事实可以看出，丰臣秀吉在制订的作战计划中，把日军的作战区域限定在京畿道以南的朝鲜半岛南部，避免日军因兵粮不足、过于深入而出现不利情况。
当然，退兵朝鲜沿海虽然是丰臣秀吉的既定战略计划，但并不是说稷山之战对日军完全没有一丝震动。日军退兵后，除了加藤清正的部下福田勘介被朝鲜军俘虏以外，还有一名不知道具体姓名的毛利军士卒被明军俘虏，他的供词也反映了当时日本人对撤军的看法。这名毛利军士卒，因为生病掉队未能撤走，在清州被朝鲜人俘虏，他在供词当中交代了自己的出身和日军撤退的原因，他说：
原系倭将毛利（秀元）管下奴丁，回到清州，得病落后，九月二十四日被擒。而当初关白分付诸将：“尽杀朝鲜男女，鸡犬不遗，然后再听分付云。”故攻陷南原时，倭子战死者百余人。将欲进犯王京，到稷山地，为天兵所杀死五百余名，千把总死者二十余人。以是清正令负红旗人传令，使之撤还。关白亦传令曰：“若已抢全罗、忠清二道，急急撤兵，十月初二日上船，二十日内，当到日本，而违则当斩云。”故各营将领，恐其违期，仓皇退回云云。（《宣祖昭敬大王实录》）
被俘的毛利军士卒提到，日军在南原之战中被明军杀死100多人，在稷山之战中又被明军杀死500多人，加藤清正见部队受损严重，于是下令撤军。福田勘介也招供说，“稷山之战，甲斐守（黑田长政）之军多死，耻而隐讳云”，同样提到黑田长政军在稷山战死许多人。可见，在日军右军队伍中，无论是加藤清正麾下的小军官福田勘介，还是毛利秀元麾下不知名的士卒，都认为日军在稷山之战中付出了相当大的损失。
不过由于这名被俘虏的毛利军士卒身在底层，因此对某些细节表述存在错误。比如他对日军的指挥系统就存在错误认识，说因为日军在南原之战、稷山之战中死伤惨重，加藤清正才传达退兵命令。但当时加藤清正隶属日军右军，右军大将是毛利秀元，并非加藤清正。加藤清正既然不是右军最高统帅，和黑田长政一样只是右军部将之一，自然无权下达撤退命令给与他平级的黑田长政和上级毛利秀元了。这名毛利军士卒又说，丰臣秀吉下令日军直接撤回日本本土，这一点也不符合事实。但他说秀吉曾给日军下达撤军命令，倒是与其他史料的记录相符。
可以明确的是，无论是否爆发稷山之战，日军右军都会在九月份、十月份撤军到朝鲜沿海，这是丰臣秀吉既定战略计划的一部分。
丰臣秀吉之所以做出保守的战略计划，限制日军的作战区域，一再传令退兵至朝鲜沿海，是因为他很清楚日军的兵粮经不住深入敌境带来的巨大消耗。他吸取了第一次侵朝战争的惨痛教训，将日军兵力集中在补给稳定的后方。在第一次侵朝战争中，日军就是因为前线兵粮不足，后方也并不稳定，在还没完全打下朝鲜半岛南部的庆尚道、全罗道、忠清道的情况下过于深入，结果自釜山浦至王京之间，不断有朝鲜人反抗，导致日军补给路线受到严重破坏，兵粮难继。即便日军在第一次平壤之战、碧蹄馆之战中击败了明军，也没有换来战略优势，因为前线兵粮断绝，最后只能从王京撤离，退据朝鲜沿海，与明朝议和。
正是因为过去的教训，丰臣秀吉才对第二次侵朝战争做了很大的战略变动，严格限制日军的作战区域，以被动换取主动，步步为营。他之所以这么做，显然是从根本上意识到了自己不可能轻易吞并朝鲜、对抗明朝，这是日本当时的国力所决定的。