在艾滋病蔓延的最初5年里，最光明的时刻往往只不过是在提醒人们未来会有多黑暗。这一点，在淋巴结病相关病毒和人类嗜T淋巴细胞病毒3型被广泛认为是艾滋病病因的头几个月里得到了前所未有的印证。抗体测试让研究人员第一次了解到感染艾滋病病毒的美国人究竟有多少。过去的流行病学只能通过出现全部症状的艾滋病病例描绘疫情的发展过程，这意味着研究人员实际上追踪的是病毒几年前的传播轨迹。通过艾滋病抗体测试，科学家们能了解病毒目前的走向。这种进步给1984年夏天带来了一堆坏消息。
在疾控中心，唐纳德·弗朗西斯在他的病毒学实验室指导着这项惨淡的工作。最近在旧金山性病诊所验血的215名男性中，有65%——即140人——携带淋巴结病相关病毒抗体。此外，这些人中有相当一部分已出现免疫疾病的症状，最常见的是淋巴结肿大。对于未出现艾滋病早期症状或艾滋病相关综合征的126人，当地卫生官员检测了他们的血液，发现有55%感染了病毒。虽然，他们出现在性病诊所意味着他们的性行为活跃程度要高于一般的旧金山男同性恋，但这么高的感染率意味着病毒已在旧金山的同性恋群体中大面积蔓延，而且极有可能已殃及其他大都市。罗伯特·加罗的实验室对东海岸的男同性恋进行了检测，发现35%的人携带人类嗜T淋巴细胞病毒3型抗体，而在巴黎进行的类似筛查发现感染率为18%。
对通过血液——如使用非法药品或输血——接触病毒的人进行检测，得出了更令人沮丧的结果。在纽约市一家戒毒所检测的86名静脉注射吸毒者中，有75人（即87%）感染了淋巴结病相关病毒。对没有艾滋病症状的25名血友病患者的检测显示，72%（即18人）携带淋巴结病相关病毒抗体。每月注射一次以上第八因子的严重血友病患者有着更高的感染率，达到90%。疾控中心在对输入了高危献血者血液的人进行研究后，发现感染率相似。这表明，随着那些艾滋病马拉松比赛的落后者逐渐接近终点，未来的输血感染病例将呈指数级增长。
这项检测还澄清了人们对艾滋病与不明原因的免疫异常之间关系的疑惑，这种免疫异常在滥用毒品者的子女身上更为常见。由于疾控中心有严格的指导方针，长期以来并未将许多这样的婴儿计入官方的艾滋病统计数字中。埃尔·鲁宾斯坦正在治疗贫困的布朗克斯区的128名病人，他认为他们患的就是艾滋病。但为了符合疾控中心的分类要求，只将其中10%到15%的人纳入了统计数据。然而，当鲁宾斯坦对他们进行人类嗜T淋巴细胞病毒3型抗体测试时，发现所有人都感染了艾滋病病毒。这样的结果引得多方立即要求疾控中心扩大艾滋病的定义。毕竟，纽约和旧金山的许多人从未被算作艾滋病患者，却因感染淋巴结病相关病毒／人类嗜T淋巴细胞病毒3型而奄奄一息。然而疾控中心拒绝了这一要求。
抗体测试使科学家对艾滋病感染的过程有了初步的了解。参与1970年代旧金山肝炎疫苗研究的男同性恋在本项研究中再次证明了自己的价值。6月，唐纳德·弗朗西斯穿上秋衣秋裤和滑雪外套，从冷库里取出了从6 800名男性那里收集的血液进行疫苗研究。他选取了1978年抽取的110个血样和1980年抽取的50个血样。在1978年的血样中，只有1人携带淋巴细胞相关病毒抗体，而两年后的人群中有25%被感染。从那时起，感染率翻了一倍多。这项回顾性检测证实了一种假设，即1976年或1977年在旧金山的男同性恋中出现了一种新的病毒因子，并迅速传播，在1980年肯·霍恩第一次看到胸部的紫色病变之前就已在整个城市蔓延开来。从那以后，这种病毒就更猖獗了。
当美国国家癌症研究所的鲍勃·比格医生6月返回丹麦，对他1981年为艾滋病前瞻性研究招募的男同性恋进行体检时，他惊讶地发现其中9%的人已携带人类嗜T淋巴细胞病毒3型抗体。尤其让比格感到苦恼的是，这群男同性恋并非来自大城市哥本哈根，而是来自奥胡斯。奥胡斯是峡湾以北的偏远城市，格蕾特·拉斯克曾就读于那里的医学院。比格开始提醒同事这种感染率暗藏的“恐怖”含义。虽然目前他的丹麦研究对象中感染艾滋病者很少，但旧金山的研究证实，相当数量的病人与首个出现的感染病例之间会相隔数年之久。其他科学家告诉比格，在他开始宣扬这个危言耸听的消息之前，得再多研究几组男同性恋。
比格的研究也使得感染途径渐渐浮出水面。例如，在丹麦，受感染的男同性恋往往去过纽约。同样，比格还发现使用了欧洲生产的第八因子的丹麦血友病患者体内并没有人类嗜T淋巴细胞病毒3型抗体：而体内携带人类嗜T淋巴细胞病毒3型的血友病患者使用的是美国生产的第八因子。
巴斯德研究所在非洲进行的抗体筛查确定了艾滋病传播的最早途径，根据他们的检测，巴斯德的研究人员估计扎伊尔的艾滋病发病率大概是每百万人250例。相比之下，美国是官方报道的艾滋病感染率最高的国家，艾滋病发病率为每百万人16例。比格检测了他从金沙萨北部偏远的扎伊尔丛林村寨中抽取的血液，发现当地居民中有12%感染了人类嗜T淋巴细胞病毒3型。这些统计数据使研究人员得出结论，即艾滋病来自赤道非洲的某个地方。当然，没有人问是不是美国男同性恋最近去了那里的热带草原。但是，这种关于艾滋病起源的理论让非洲各国政府感到不安。作为进入扎伊尔的一个条件，当局要求美国和欧洲的研究小组保证不公布艾滋病数据。
在没有与非洲各国政府直接联系的情况下，麦克斯·埃塞克斯医生可以随意地公开假设艾滋病是如何开始的。他自己在马萨诸塞州和加州研究了类似于艾滋病的疾病是如何在猴类中间爆发的，由此他开始研究猿类艾滋病（SAIDS），并发现了猿类嗜T淋巴细胞病毒3型（STLV-Ⅲ），其蛋白质与人类嗜T淋巴细胞病毒3型的蛋白质非常相似，这使得埃塞克斯相信，艾滋病可能在某些灵长类动物种群中潜伏了数千年，然后才转移到了人类身上。
鉴于近年来赤道非洲突然产生的社会混乱，要拼凑出故事的其余部分相当容易。一个偏远的部落可能感染了这种病毒，当地被殖民化后迅速都市化，病毒可能只是最近才进入金沙萨这样的大城市。这种病毒从非洲蔓延到欧洲，在1970年代末有规律地发作；也传到了海地，在整个1970年代，通过被派到扎伊尔工作的海地行政官员带到了海地。很快，欧洲和海地来的病毒在美国首次亮相，又在1980年代初通过同性恋游客带回欧洲。
尽管抗体测试让人们洞悉了很多东西，但在1984年中期仍有大量谜团。最重要的问题就是人类嗜T淋巴细胞病毒3型抗体的存在意味着什么。有这么多人感染艾滋病病毒或许意味着它不如科学家想象得那么致命，一些研究人员心存这样的希望。例如，早前对淋巴结病患者的前瞻性研究发现，其中发展成艾滋病者的数量相对极少。一些人认为，这也许意味着艾滋病相关综合征只是感染艾滋病的轻微表现，而艾滋病相关综合征患者可能会遇到的最糟糕的情况也不过是淋巴结肿块和少量皮肤病问题。其他科学家希望，也许其中一些抗体能够保护身体，起到中和艾滋病病毒的作用。尽管许多患者携带的艾滋病抗体表明情况并不总是如此，但目前对抗体的了解还不足以得出有决定意义的结论。
对于艾滋病病毒——无论称之为淋巴结病相关病毒，还是人类嗜T淋巴细胞病毒3型——是单独行动，还是与另一种感染共同导致了艾滋病，相关争论仍在继续。这可以再次解释为什么有些人感染了艾滋病病毒以后会出现所有症状，而另外一些得了艾滋病相关综合征的人，却没有任何不适。至于艾滋病的协同因素，最受怀疑的是巨细胞病毒和爱泼斯坦－巴尔病毒；但也有人认为是胃肠寄生虫。
尽管还存在不确定性，但戴尔·劳伦斯对艾滋病潜伏期的研究具有更为迫切的重要性。以平均潜伏期5.5年计，1984年不必出现很多病例也能证明艾滋病病毒是致命的。据他计算，因为病毒在1980年之前并未进入很多美国人的体内，所以1985年年底之前也不会出现大量的艾滋病病例。尽管如此，疾控中心在1984年自始至终都没有公布劳伦斯这项令人不安的研究。
劳伦斯发现了其中的模式。一直以来，该机构都习惯性地拖延至少6个月再公布新的发现。其他研究者在研究静脉注射毒品者及其女性性伴侣时，也遭遇了这样的拖延。疾控中心的科研带头人向记者保证，“没有证据”表明艾滋病是一种传染病，尽管他们已准备好公开“零号病人及其集群”的故事。关于异性恋也可能传播艾滋病的警告也被搁置了，部分原因在于卫生部助理部长布兰特不相信异性恋也会感染艾滋病。
劳伦斯理解这种谨慎的必要。如果该机构在关键的国家卫生政策问题上鲁莽行事，可能会有损其信誉。尽管如此，劳伦斯仍然担心全国各地的卫生官员利用两年潜伏期的估计来支持乐观的分析，即由于最近同性恋行为发生了变化，艾滋病将很快进入停滞期。他知道，那些不是基于理性规划做出的统计。然而，自从1983年12月那天劳伦斯第一次告知詹姆斯·科伦他的研究情况，到科学家了解艾滋病病毒的可怕真相，中间过去了16个月。
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唐纳德·弗朗西斯非常明白逆转录病毒潜伏期的难以预测，很快从有关艾滋病高危人群患病情况的各种研究中得出了一些令人沮丧的结论。他看得出，大都市的男同性恋正受到这种疾病的严重打击；血友病患者将大量死亡；静脉注射吸毒者将跟他们的性伴侣和婴孩一起死去。而赤道非洲人的死亡将堪比大屠杀的规模。隧道尽头的灯光，其实是一辆迎面而来的火车。
这些残酷的预言对艾滋病的蔓延来说并不新鲜。弗朗西斯的新烦恼是罗伯特·加罗和巴斯德研究所之间的恩怨：发现艾滋病病毒是谁的功劳？宣布发现人类嗜T淋巴细胞病毒3型，非但没有解决争端，反而把事情闹大了，以致严重影响了弗朗西斯在疾控中心的工作。由于加罗仍对疾控中心在哈克勒的新闻发布会前夕泄露有关淋巴结病相关病毒的消息怀恨在心，他不愿向疾控中心提供大剂量的人类嗜T淋巴细胞病毒3型。5月，国家癌症研究所提供了极少量病毒，但疾控中心实验室难以培养，因而詹姆斯·科伦要求再多给些。
疾控中心知道这种病毒总量不少。5月，癌症研究所已为获准制造血液筛查试剂的5家私营制药公司提供了25升的病毒。然而，国家癌症研究所只是象征性地给了疾控中心一丁点人类嗜T淋巴细胞病毒3型，便拒绝再给任何东西。加罗深信疾控中心没有把最好的血样提供给他的实验室，并怀疑疾控中心在与他作对，因而不肯与疾控中心合作。直到年底，癌症研究所才有所让步，最终与疾控中心达成了购买100升人类嗜T淋巴细胞病毒3型的协议。
加罗还坚决不许疾控中心把人类嗜T淋巴细胞病毒3型和法国人的淋巴结病相关病毒进行基因比对，并承诺会亲自比对，但迟迟不见结果出来。弗朗西斯知道，通过比对可以确定这两种病毒是否相同；如相同，谁最先发现艾滋病病毒的问题便会见分晓。弗朗西斯认为，加罗不希望解决这个问题，因为结果将证明他输掉了20世纪这场重要的病毒之争。弗朗西斯预计加罗会用一年时间发表大量有关人类嗜T淋巴细胞病毒3型的论文。之后，当国际社会公认他是病毒的发现者时，他就会承认人类嗜T淋巴细胞病毒3型和淋巴结病相关病毒是同一种东西。加罗认为这是正常的科学竞争的一部分：弗朗西斯则认为这是虚情假意。
在巴斯德研究所，法国研究人员一边气愤被人当作觊觎功劳的伪君子，一边等着罗伯特·加罗确认他们宣布的那个令人垂涎三尺的发现是正确的。在国际上，致力于艾滋病研究的科学家被迫选择站在法国人这边，还是美国人这边。在宣布发现病毒的那一周，弗朗西斯参加了在法国举行的一次科学会议，会上与哈佛大学的研究人员、加罗的盟友威廉·哈塞尔廷医生发生了激烈的争论。
威廉·哈塞尔廷冲着弗朗西斯喊道：“你怎么能把血样给法国人，却不给罗伯特·加罗呢？”
在场的其他科学家沉默不语。弗朗西斯惊呆了。这意味着加罗曾给哈塞尔廷看过他在国家卫生研究院内部流传的抱怨疾控中心的私人备忘录。
弗朗西斯也大声回敬道：“你不了解情况就不要指手画脚，别蹚这趟浑水。”
因为里根政府要依靠加罗来消除艾滋病带来的政治压力，所以卫生部和公共卫生署的高级官员都支持癌症研究所，甚至一度命令疾控中心在其论文中不许将病毒称为“淋巴结病相关病毒”，而要用加罗命名的“人类嗜T淋巴细胞病毒3型”。这个要求很荒谬：疾控中心的所有研究用的都是法国人提供的淋巴结病相关病毒，归根结底就是因为加罗不愿提供人类嗜T淋巴细胞病毒3型。最终，疾控中心说服政府高官接受了折中方案，即称为“淋巴结病相关病毒／人类嗜T淋巴细胞病毒3型”。
发表研究成果也困难重重。在聘请卡利医生一事上发生争执时，加罗曾对弗朗西斯放下狠话说“你们永远也别想发论文”。弗朗西斯还以为他不过是嘴上说说罢了。
随着这场纠纷愈演愈烈，弗朗西斯注意到，优秀的病毒学家正在避开艾滋病研究，以免陷入科学界政治斗争的泥沼。那年夏天，弗朗西斯在日记中写道，艾滋病研究已变得“和政治一样肮脏，科学所具有的全部乐趣和刺激荡然无存”。
这种阴谋的背后，是屡见不鲜的资金短缺问题。当然，到1984年夏天，弗朗西斯的实验室技术人员正在研究大量致命的淋巴结病相关病毒以及从艾滋病患者身上提取的大量组织。可是，他那老旧不堪的实验室并没有配备用于消毒实验器皿和仪器的高压灭菌器。因此，技术人员只能将被污染的托盘和仪器送到走廊另一头的实验室进行清洗。这就要求工作人员在用他们戴着被污染的实验室手套转动门把手时，另一只手要小心地端稳实验材料。1984年夏天，门把手问题正是弗朗西斯因资源不足而绝望的真实写照。
由于担心病毒泄漏或艾滋病纯病毒通过受污染的门把手传播，唐纳德·弗朗西斯要求施工人员把门改成双开式弹簧门，这样他的员工可以倒着退出实验室。可这种门太贵，要几个月才能批准。随后，弗朗西斯又要求以医院常用的欧式挂钩式门把手代替旋转式门把手。那样的话，实验人员可以用胳膊开门，而两只手拿住感染了艾滋病的材料。
弗朗西斯写了申请，但杳无音讯。他又写了很多备忘录，并在每次员工会议上讨论安全问题，还是没有任何回音。总之，弗朗西斯折腾了4个月，最后总算为实验室的门争取到两个价值2.75美元的挂钩。
弗朗西斯认为他近90%的时间都耗在了经费问题上。例如，他曾遍寻全国，想再找一名病毒学家，以减轻其员工的负担。一旦录用，这位科学家得等两个月才能开始工作，因为实验室没有足够的空间给他。弗朗西斯放弃了自己的办公室，想把它改造成一个实验室，但是因为疾控中心没有足够的人员来施工，他又等了3个月。
弗朗西斯和他手下的科学家被迫在四楼走廊的桌子上做文书工作，而他们的实验室在地下二层。不断出现的问题对实验室人员造成了不良影响，每个人天天都工作到凌晨两点。那年夏天，病毒学实验室的一名研究人员因溃疡住院；另一个得了严重的高血压。
对唐纳德·弗朗西斯而言，为政府工作所取得的回报是影响。虽然没有高薪，没有豪华的办公室或者政府科学家的优厚福利，但你可以有所作为。弗朗西斯击败了与他交过手的每一种病毒；这就是影响。他参与消灭了天花和可怕的埃博拉病毒；可是，当体制成为人类病毒的帮凶时，他束手无策。1984年夏天，弗朗西斯渐渐感到被彻底击败了。
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资源问题阻碍了各个方面的艾滋病研究。到1984年底，只有两名科学家获得了研究逆转录病毒和艾滋病病毒的资助——国家癌症研究所的罗伯特·加罗和哈佛大学的麦克斯·埃塞克斯。然而，即便是卓有成就的加罗也没有新员工可用，无法如他所期待的那样加快实验室的艾滋病研究。加罗经常向其他科学家抱怨这些问题，大家都笑笑，但没人相信。
然而，最突出的问题还是艾滋病治疗的研究经费不足。淋巴结病相关病毒／人类嗜T淋巴细胞病毒3型的发现为测试实验性抗病毒药物开辟了道路。疾控中心的一位医生想测试利巴韦林（ribavirin），这是一种对流感病毒相当有效的药物。不过，为了测试药物的功效，医生需要在受试者的血液中进行病毒培养。只有这样，才能确定这种药物能否降低受试对象血液中的病毒水平。唐纳德·弗朗西斯不得不拒绝他的申请，因为疾控中心实验室每周只能做15个病毒培养，而这必须留给更紧迫的工作。
在国家癌症研究所，萨姆·布罗德医生负责治疗方案，而他也对开发抗艾滋病药物没什么兴趣。毕竟，过去几十年里发明的“特效药”都是用于治疗细菌生物，细菌是独立的生命形式。但病毒和逆转录病毒并不是独立的生命形式，而是作为感染细胞一部分的遗传物质片段。杀死病毒意味着杀死细胞。目前的科学尚未研发出任何成功治疗病毒性疾病的方法。疫苗可以产生抗体，保护人们免受感染，但那不是治疗。鉴于过去在抗击病毒方面缺乏成功先例，一些科学家认为，不会找到任何治疗艾滋病的方法。布罗德极力主张至少去探索一下可能性。他说：“如果你宣布病人患了绝症，又不进行任何治疗，那他必死无疑。”
与此同时，爱德华·布兰特意识到公共卫生署上上下下都对艾滋病经费的事不满，但他无能为力。他5月25日提出的扩大艾滋病研究的申请仍搁在哈克勒部长的办公桌上，没有回应。
旧金山克里夫·琼斯的脖子后面出现了带状疱疹，并蔓延到前额右侧，覆盖了额头和右眼上方。另一次发作是在肩膀，还有整个胸部。风吹过头发，也会让他疼痛难忍。当他走进医生办公室时，简直要发狂了。
医生问：“你知道这意味着什么吗？”
“什么？”
“我所见过的有这种问题的年轻人最终全都得了艾滋病。”
克里夫挣扎着来到最近的同性恋酒吧喝酒。几天前，他去萨克拉门托参加集会，有人宣布当天休会，其间他听到一个熟悉的名字——弗兰克，长滩的一位律师，1982年克里夫与他有过短暂的恋情。那天之所以休会，就是为了纪念刚刚死于艾滋病的弗兰克。而另一个男友也于几周前去世了。1980年夏天才与克里夫发展出恋情的民权律师费利克斯·维拉德－穆尼奥斯也患上了肺囊虫肺炎。
费利克斯、弗兰克和克里夫三人一起为同性恋创造了一个新世界，现在一个死了，另一个也注定会死。克里夫想知道这个噩梦什么时候会吞噬他。他又喝了一杯伏特加汤力：他知道这个下午他得喝醉。他觉得自己漂泊无依，没有出路。
克里夫的迷茫反映了同性恋群体对这种流行病的困惑。浴场的争议没有解决方案，变成了一场旧金山独有的、充满意想不到的曲折的政治纷争。6月初，有消息称，范斯坦市长已派警方调查人员进入浴场，让客人围上浴巾，并书面交代在浴场的活动。“利特尔约翰的倡议”出来以后，她在3月委托开展了这项调查，大概是为了获得资料，以便与犹豫不决的公共卫生主管沟通时更具说服力。然而，3个月后公布的调查结果却把市长的朋友和对手统统激怒了，因为它让人想起当年警察袭击酒吧和浴场以强制接受爱尔兰天主教教义的情形。
为反击她的批评者，范斯坦直接要求希弗曼“拿出勇气来”在即将到来的同性恋自由日游行之前关闭浴场。“你去艾滋病病房，看到年轻人正在死去，会感到压力巨大。”她说，“希弗曼医生应该带上医疗信息，下定决心，然后付诸行动——而不是观望哪种做法更讨喜。”
建议将浴场许可证的发证机关从警察部门变更为卫生部门这一条，仍在监事会悬而未决。在听取了一些知名公共卫生专家的证词后，监事会决定推迟做出任何决定。这些专家来自湾区律师个人自由协会和美国个人隐私协会。建议推迟7周实施的是监事理查德·洪基斯托，就是他在3月说应该关闭浴场，因为他花了太多时间去参加同性恋朋友的葬礼。洪基斯托正考虑在1987年参加市长竞选。
尽管同性恋政治领袖把浴场问题视为他们的头等大事，但同性恋社区对这些场所的支持力度却在稳步下降。随着顾客人数大幅减少，北加州浴场主协会的会员俱乐部在同性恋报纸上登了整版广告，还提供半价优惠券，报纸背面还刊登了该组织的《关于客观应对艾滋病的决议》一文。然而，生意下滑对许多浴场和私人性爱俱乐部来说都是致命的。“温室”“玉米洞”和“自由浴场”都歇业了。“斗牛犬浴场”的隔间也锁起来不用了。“大锅浴场”宣布举办“最后的打飞机派对”并附赠吊索。
“苏特罗浴场”的停业活动节日气氛最浓；这是市里唯一一家“双性恋浴场”，无论什么性取向都欢迎。6月初，超过500人参加了为期三天的告别狂欢，共同追忆“苏特罗浴场”开业之初无忧无虑的日子。当5个因为浴场关闭而失业的人在舞台上站成一排，把艾滋病宣传册丢进烧烤架焚烧时，现场气氛达到了高潮。
“苏特罗浴场”的老板说：“如果不能把它们分发出去，我们也可以把它们烧掉。”当然，这种逻辑对于大多数人而言是难以理解的。那年夏天，浴场员工公开焚烧艾滋病预防指南的画面成了艾滋病泛滥的旧金山同性恋社区在人们脑海里挥之不去的印象之一。
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随着夏天的到来，人们对流行病的兴趣整体急剧下降。1984年7月至9月，美国主要纸媒只发表了266篇关于艾滋病的文章，这是自1983年第一季度以来疫情报道的最低水平。相比1983年夏天媒体的闪电出击、高度关注，此时同一出版物的报道数量只及当时的三分之一。
死者或将死之人的数量却在上升。1984年6月的最后一周，美国的艾滋病患者超过了5 000例。疫情已蔓延至46个州，近2 300人死亡。