过去的三四十年间，在美国高等院校，开展科研工作的方式发生了根本改变。虽然并非所有领域都发生了改变，也不是所有的改变都史无前例，但是这些变化的深度和广度，都足以称得上是一场真正的变革。
跨学科合作的“新科学”20世纪50年代至60年代，许多学术研究著作中纯理论研究与应用研究之间仍有严格的区分。理论研究的阵地主要是高等院校，研究人员只是为了探求新知，而并不考虑研究的实际用途。但是，他们发现，众多的理论研究成果往往可以启发应用科学家，帮助他们解决实际问题。继而，人类可以应用上述成果，研发治疗疾病的新药，改善商品和服务质量，推出全新产品，甚至开创新的工业领域。
如今，上述描述似乎不那么恰当了。以前，基础研究和应用研究之间的界限很分明，如今却越来越模糊。先进行基础研究，再进行应用研究，最后将技术运用于开发新产品的线性发展流程，再也无法准确描述当今科学领域的进程。以前，学术研究来源于高等院校研究人员自己的灵感。而现在，政府部门和产业实验室的科研工作也做得风生水起，它们甚至还向高等院校的研究人员提出问题和想法。即便是在基础科学领域，科学家也不是仅仅痴迷于科学发现本身，至少在一定程度上，他们也渴望自己做的研究能解决社会中的重大问题，或满足人类的诸多迫切需求。杰出的化学家斯图尔特·施赖伯（Stuart Schreiber）在哈佛—麻省理工博德研究所（Harvard-MIT Broad Institute）开展研究工作时，这样描述他和同事的工作：“我们喜欢聚在一起，思考如何才能更好地促进科学发展，造福人类社会。”如今，斯坦福大学以帮助解决世界重大问题为己任。而美国政府也通过为高等院校研究项目提供赞助来鼓励高等院校发展这类满足国家需求的科研项目，比如，众所周知的“向癌症宣战”项目和人类基因组工程等。
与以前相比，科学家的研究工作呈现出跨学科合作的特点。有一些研究致力于解决重大的人类问题，另一些研究涉及的领域则充满激动人心的机遇，例如，干细胞研究、纳米技术和环境问题的研究等。从事这些研究的学者都会发现，想顺利地进行研究，就必须求助于其他学科领域的同事。比如，如果想利用庞大的数据库，科学家们就要求助于计算机专家；如果生物学家想研究疟疾，他们就会希望和流行病学家或生物统计学家合作。互联网促进了科学家间的合作，现在，即使研究人员来自不同地区甚至不同国家，他们也可以通过网络并肩作战。
随着待解决的问题日益复杂且变得越来越大，参与到合作研究中的研究人员也越来越多。一些研究，比如基因序列研究、蛋白质组研究以及生物信息学等，都需要庞大的研究团队。而利用欧洲粒子物理研究所（CERN）(108)的直线加速器进行的高能物理实验，则需要来自不同国家、不同机构的科学家通力合作才能完成。自1980年以后，由于科研合作不断加强，越来越多的科技论文由20多名作者联合完成。而在今天的科技期刊中，许多论文则由100多位科学家通力完成，其中一些甚至是400多位科学家合作的成果。
科研工作中的合作也不再局限于学术界内部。现在，许多才华横溢的研究人员比以前更愿意为企业工作，或者至少把这作为他们工作的一部分。这主要因为许多新成立的公司会开展一些有趣的研究，一些公司会提供最为先进的研究设备，而且各公司也更愿意资助对公司本身有利的科研项目。因此，如今的科学家更加喜欢在企业附属实验室中寻找可以合作的研究人员。
许多从事学术研究的科学家都会经常与产业界，特别是生物医药公司交流。这样的互动有诸多好处。对高等院校的研究人员而言，通过与企业合作，不但可以赚取额外收入，还可以利用企业很有价值的数据库和研究资料来获得新的想法；对企业而言，通过和高等院校教授们密切合作，可以汲取前沿知识，开展有前景的项目研究，同时还能得到宝贵的建议以解决一些复杂的科学问题；对学生而言，通过参与这样的合作研究项目，可以有机会研究现实问题，同时获知未来的就业机会；而对高等院校而言，通过和企业展开合作，能够获得众多资金渠道：科研补助、专利费和商业合作伙伴利用这些科研成果而支付的经费等。另外，政府机构也通过划拨资金等方式，鼓励企业和高等院校之间加强合作，因为这种合作既能带来创新，促进经济增长，又能增加新的就业岗位。
为了进一步利用科研成果，并将它们转化为创新产品和工艺技术，美国国会在1980年通过了《拜杜法案》。该法案规定，对于由美国政府资助的研究工作所取得的成果，美国高等院校可以申请专利，并享有专利权及专利税。而自该法案出台后，各研究型大学纷纷成立技术转让办公室，在各自的实验室中搜寻可以申请专利的发明，同时开始申请专利，并将专利授权给企业。此外，高等院校还鼓励本校教职员工创业，帮助教职员工和风险投资人建立联系，投资由该校教授创办的企业，甚至还提供“孵化器”，支持开发有前景的发明，直到有外界投资进入使其可以建立有经营能力的公司为止。
伴随科学家越来越广泛地参与到商业领域，而且其科研工作也对社会产生了更为直接、切实可见的影响，他们受到越来越多社会团体的监管。例如，如果研究的对象是人类，那么该项目就必须事先得到美国机构伦理审查委员会（IRB）(109)的批准。另外，相关安全条例纷纷涌现，内容也更为翔实。根据这些条例，某些类型的研究无法得到批准，因为它们被认为会产生危害，甚至带来危险后果。美国前总统小布什曾批准了一项法令，严格限制政府资助干细胞研究。同时，研究克隆人类的实验同样已被完全禁止。可以说，如今在评价学术研究时，人们不再只关注学术价值，还会考虑其实际意义。诚如彼得·什托姆普卡（Piotr Sztompka）所言：“科学界正在受到不同利益群体的影响，这些群体包括政客、行政人员、营销专家还有说客等，他们的兴趣并非对知识和真理心无旁骛地追求。”如今，随着审查环节越来越严格，规章制度和流程也越来越烦琐，许多研究都被迫推迟。
上述发展趋势并非都是新出现的，如今，量变引起了质变，这些变化的累积足以从根本上改变科研的性质。在许多方面，高等院校和外界的联系已日益密切，我们不能再称高等院校为“象牙塔”了。现今，研究型大学肩负多重任务，在进行研究之外，它们还致力于促进经济发展，满足国家的其他需求等。当然，这种变化对科学也产生了一定影响，但我们还未能充分理解这些影响。
顺应跨学科研究的潮流尽管上述趋势有诸多好处，但是它们也给研究型大学带来了一些挑战。挑战之一在于这类科研项目的组织运作。当今的许多研究以“跨学科合作”为特色，而高等院校却基于不同学科划分院系，这就不利于跨学科研究的展开。然而，院系并没有消失，因为它们仍在高等院校中发挥了巨大的作用。其一，院系提供了合适的场所，让同一专业的专家一起共事，培养了新一代教授和研究人员。其二，在高等院校，院系最有资格评判教师的学术素养，从而决定哪些人能得到聘用，哪些人能得到晋升。其三，在全美范围内，同学科的院系可以提供相同的职业架构，指导研究生做好相应准备，以便日后到各高等院校任教。
虽然院系作用巨大，但是它们也妨碍了科学家顺应潮流，自由进行跨学科研究。首先，院系通常不愿聘用进行跨学科研究的研究人员，而更希望教师采用传统的研究方法，在自己的学科范围内搞研究。其次，院系方面也不鼓励教师跨学科教授课程，因为院系要考虑的首要问题是给研究生和本科生开设的专业课程配备师资。而年轻教师尤其容易受到这些来自院系的压力和限制的影响，在申请终身教职时，不管是他们所在院系，还是全美同学科院系，通常都不认可跨学科的教学经历及研究成果。另外，甚至是研究生也可能会受到影响，因为如果申请博士学位时高等院校不认可他们选修的专业领域之外的课程，他们很可能就不会选修跨专业的课程了。
值得庆幸的是，院系间的障碍并非不可逾越。来自不同专业和不同院系的资深教师可以建立一个跨学科的本科专业。因为在少数情况下，他们所在的高等院校会批准他们成立一个新的专业，而更多的时候，更为简便常用的方法是基于共同兴趣建立一个研究中心或联合委员会，来对环境工程和生物工程等跨学科的课题进行研究。
上述方法虽然能够起到一定作用，却难以消除所有妨碍跨学科研究的障碍。尤其是它们无法完全解决跨学科聘任的问题，因为跨学科聘用教师通常需要得到现有院系的批准，那么就会出现这样的情况：一个环境问题研究中心急需聘用一名经济学家，但是这样的人事调动必须得到经济学院的同意。然而，即使有足够的资金能够承担此类调动的成本，经济学院通常也不会答应。虽然理论上，可以创建一个新的跨学科专业来解决这一问题，但是事实上，高等院校极少批准此类请求，除非该项跨学科研究有长期重大发展意义。因为建系容易拆系难，即便该系所辖学科学术价值锐减，也是如此。
近年来，由于跨学科研究发展势头强劲，虽然需要巨大的资金投入，资深教师仍然强烈要求院系设法推动这一进程。在这样的需求压力下，各院系开始采取措施，放开了研究生选修其他专业课程的限制。于是，全校范围内，跨学科的研究项目得以兴起，新的院系也得以建立。这样，以高等院校为依托，教授们可以和兴趣相投的同事就干细胞、环境问题等新兴跨学科研究领域展开合作。
最激动人心的是，各高等院校都建立了一些新的机构，使得全校不同院系的科学家可以开展为期几年的合作，他们共同研究某一课题，并且在此期间还能得到不同形式的资金和技术支持。博德研究所就是一个成功的例子。它由私人资金资助建立，哈佛大学和麻省理工学院联合管理。该研究所设施齐全，能够支持庞大的研究队伍开展研究，其研究人员都来自波士顿地区的医院和高等院校，主要进行医疗卫生相关领域的研究。此外，几位资深教授还成立了一个指导委员会以便指导机构运行，选定有价值的研究课题和研究项目，并遴选出合适的研究人员进行为期数年的研究。获得该指导委员会批准的项目由临时研究小组展开研究，而小组成员则来自哈佛大学、麻省理工学院以及哈佛大学附属教学医院。另外，项目的研究人员在项目研究期间隶属于博德研究所，而项目完成后他们就会回到他们本来所在的院系。
还有一些高等院校的校领导鼓励各院系进行跨学科研究。比如，在威斯康星大学，教师组成跨学科小组，申请科研启动资金。随后，教务长会选择有前景的项目，并拨付启动资金。而在另外一些学校，产业界和州政府会慷慨相助，提供资金和场所，支持那些有可能促进当地经济发展的跨学科项目顺利进行。例如，亚利桑那州立大学得到了该州立法机构上百万美元的资助，以开展一个新的生物设计项目的研究。该项目研究人员虽然来自不同的学科，却一起致力于“开展基于实用的生物系统研究，进行有效的跨学科合作，从而改善人类健康，提升生活质量。”
有时，各高等院校还会兴建一些研究场所来促进跨学科研究合作。斯坦福大学的生物学交叉学科研究中心（Bio-X）便是最成功的例子之一。该中心与多个不同学科的院系毗邻而建，其指导委员会定期举办各类讲座、座谈会和研讨会。最大的亮点是它的自助餐厅，在这里来自不同院系的教授能不期而遇，围桌畅谈。由此，这个中心为跨学科的合作研究提供了场所，而项目结束后，参与研究的科学家们又都回到各自的院系继续工作。目前，已有数百名教授参与到该中心的各类跨学科的研究当中。
上述为了适应跨学科研究发展趋势而做出的努力，有助于克服传统院系体制下的种种不便，值得我们借鉴。然而，即便是像博德研究所这样资金充足的研究机构，也无法完全保证跨学科、解决实际问题的研究项目能顺利进行。例如，年轻教师如果想参与所学领域之外的研究，还是会面临一些风险。而在传统院系中，一些重要的研究人员加入跨学科研究小组后，也不再百分之百地投入到之前的工作中去，院系中教师间的摩擦可能就会由此而产生。
正因为有这些困难的存在，有些人认为，传统的院系设置阻碍了跨学科研究的发展，高等院校应该果断地撤销院系。然而，就目前来说，院系仍然发挥了很大的作用，一旦撤销院系，很多工作都将难以开展。最重要的是，现有院系提供了稳定的学术工作岗位，因此没有任何一个高等院校敢撤销院系设置，拿自己的年轻教师和毕业生的职业生涯来冒险。鉴于此，建立斯坦福大学的“生物学交叉学科研究中心”这样的跨学科研究中心可能是最有效的一种折中方式，因为它们可以在现有院系体制下，促进新研究的开展。
科研成果商业化随着科研环境发生的变化，除了上述组织机构的问题之外，其他问题也应运而生。伴随着我们日益重视将科研成果商业化，另一种类型的挑战随之而来，而这种挑战不仅出现在卫生相关领域，计算机科学、高分子材料研究、材料科学、经济学和语言学等领域同样面临着类似的挑战。
从许多方面来看，美国政府鼓励技术转让，并采取相应措施，为学术研究促进经济增长的良性循环提供了便利条件。自从1980年美国国会颁布《拜杜法案》以来，高等院校学术研究所获得的专利数激增。虽然就所有学科而言，高等院校获得的专利数仅占全美的2 %，但在生物科学领域，高等院校获得了16 %的专利，在新药研发领域，则拥有9 %的专利。以高等院校为研究基地的学术研究也催生了越来越多的衍生公司。1994年，只有241家此类公司，而到2007年，这一数字已上升到555家。得益于美国政府的大力支持，产学研的合作开展得如火如荼。
高等院校之所以愿意与商业公司展开日益密切的合作，主要是因为它们能从中获得资金支持。通过为企业提供咨询，收取专利税，或是成立与研究项目相关的公司，高等院校教授能够获得不菲的收入，更有部分高等院校在产学研的合作中收获颇丰：它们可以对企业进行专利授权，获取公司赞助的研究经费，还可以在本校教授成立的公司中持有股权。虽然美国国家研究理事会（National Research Council）强调，高等院校在经营相关研究项目时，应首先考虑公众利益，主要致力于促进科学知识的应用和普及，但是大部分主管技术转让的官员都承认，他们所主持项目的首要目的是盈利最大化。
商业化的风险随着高等院校与产业界的联系不断增强，风险也接踵而至，这一点是我们不容忽视的。教授们可能会因忙于成立新公司，而疏忽教学任务，或是根据商业价值而不是科学意义来选择项目。研究生们则可能会因为忙于完成导师布置的任务，或帮导师筹建新公司而分心，没有足够的时间和精力投入到那些对他们之后的职业生涯至关重要的实践活动中去。而高等院校在聘任教师以及评选职称的时候，也可能会更关注教授们获得的专利数量和创办的公司，而不再注重考察他们的教学水平和科研成果。
学术研究的商业化还导致了人们开始忽视其他重要的因素，而这些因素长久以来都被认为能够最大化地促进科学进步。杰出社会学家罗伯特·默顿（Robert Merton）在其著作里对这些重要因素作了最佳阐述，他认为，首先，科研工作必须公开，即科学家必须发表其科研成果，让每个人都能免费获得信息和资料，这样，其他科学家才得以利用前人成果，取得进一步进展。其次，研究人员必须做到公正，不受压力和诱惑的影响，一心探求真理。最后，研究成果应受到独立测试的验证以确保其有效性。
由于当下科研环境产生的新变化，科研成果日益商业化，默顿提出的重要因素无一例外都面临着威胁。首先，一旦得到公司资金支持，研究就不可能公开。高等院校教授们要履行承诺，答应在公司决定是否申请专利保护前，暂时不向外泄露其成果。其次，获得研究成果的专利后，高等院校领导和合作公司可能为了保护自身的商业利益，而拒绝分享相关资料、数据，并严格限制其他科研人员使用研究成果。最后，一旦和外界建立了商业联系，教授们可能就不再专注于研究本身。由于他们在一些公司担任顾问或持有股份，他们可能会自行进行试验检测，检验公司生产的药品。而由于一些公司付给他们的报酬颇丰，他们可能会通过向政府建议，发表文章等方式，证明那些公司产品的有效性和安全性。因此从诸多方面来看，商业化就是一块试金石，试探在无法两全其美，既恪守传统学术价值观，又得到丰厚收入的时候，教授和高等院校将如何取舍。
高等院校对商业化的反应尽管有诱惑的因素，高等院校仍然允许并鼓励实验室将它们的发现转化为实用产品与工艺，这是无可厚非的。与之相对，政府也早就释放出各种信号，希望校企加强合作。如果校企合作，政治家无疑会更多地考虑公众利益，应用研究来促进公众健康、刺激经济增长。既然高等院校每年都乐于接受美国政府几十亿美元的研究基金，那就有责任满足政府的要求，实现其应用价值，因为支持研究的资金来自纳税人。同时，高等院校对于自身和公众都有义务经营好校企关系，并保持学术的基本价值观。学术价值观长期以来都被认为是学术界健康和活力的保障。而如果忽略坚守学术价值观，则无异于杀鸡取卵。
鉴于与产业界合作的风险，高等院校学术界已经建立起保障措施，使教师能专注于学术工作。几乎所有高等院校早就有一条规定，教授们的外界活动每周不得超过一天，而这包括提供咨询、创办和监督营利性公司等。然而，高等院校对于该规则的某些模糊的方面并没有进行明确的界定。“一天”是否包括周末？还是只算周一到周五？这些规则是否适用于假期？去其他高等院校参会或演讲算作“外界活动”吗？在国家重要问题上为政府官员提供咨询又如何计算呢？此外，不管规定的用意是什么，很少有高等院校在规定的落实上花费精力，或去监督教授们的校外活动。许多高等院校要求教师定期提交校外活动记录，但其准确性很难核实，高等院校也很少去管。
科学研究要避免过度保密，尽管如此，人们普遍认为，企业赞助商应该选择合理的时机对资助的研究结果进行评估，以决定是否要申请专利。大多数观察家认为，60天期限足够完成专利申请。然而，最新研究发现，近半数的校企研究协议禁止资助者对研究结果的保密时间超过申请专利所需的时长。另一项研究表明，只有12%的高等院校实施了具体的时长限制，规定企业资助者对研究成果的保密期限。
许多高等院校也并没有严格执行规定，用以保证教授在业界资助的研究中享受学术自由。2003年，一项关于技术转让的调查显示，28%的受访官员承认，没有明确的规定禁止企业赞助商享有对教授的研究成果进行审查和否决的权利。但至少有半数的高等院校允许企业在发表前对受资助者的研究成果进行审查。此外，尽管企业坚决要求有权对已发表的研究成果进行否决，并控制相关研究数据的发布，有些高等院校仍然批准用业界资金进行新产品试验。
在经济利益冲突方面，高等院校的种种规定还极不完善。大多数院校都有规定，要求研究人员上报利益冲突，并且大多数生物医学期刊也坚持让作者将相关冲突披露给读者。然而，很少有院校或期刊规定违规惩罚的措施，或花费精力实施披露的规则。多数观察者认为，违规行为是普遍存在的。美国国会委员会曾公布了几位知名学术界科学家的违规案例，他们从业界收取演讲或研究费用，要远超于向校方披露的数字。但是确切的违规操作程度到底有多大，无人知晓。
高等院校本身也会有利益冲突。如果一所医学院与制药公司签订合同，以营利为目的测试新药物，那么它就有可能为了经济利益为客户提供积极结果，即使测试情况仅是接近或模棱两可。而一旦高等院校成为其教授创立公司的大股东（很多高等院校都采取此做法，以期创造出新的谷歌或微软公司），那么高等院校就获得经济利益，这很有利于这位教授的升职与休假，利用研究生为公司做事或其他人事决策。
即使没有偏袒的情况存在，利益冲突也可能引起人们怀疑，从而质疑学校行政流程的诚信度。(110)然而，高等院校还是很少颁布政策处理此类问题。事实上，高等院校是坚决抵制美国政府官员在冲突方面进行监管的，而如果在本校教师问题上强制执行利益冲突的规则，那么就很难提高高等院校的信誉了。
公正而论，确有几家高等院校付出了努力来维持学术价值观，且表现得比上述行为要好。这可能是因为现在规定越来越严格，保障措施也逐渐普及了。但许多高等院校官员在制定并执行利益冲突规定方面仍十分松懈。这大概是由于他们担心规定太严会失去企业赞助，或是造成知名教授流失的后果，因为那样一来就无法达到削减校外咨询或其他营利活动的目的了。简言之，无论如何，只要出现利益冲突，金钱通常都会战胜原则，这种情况着实令人不安。
商业化对学术研究的影响多数高等院校在保护学术价值观方面可能没有那么上心，但这并不能证明其已不再坚守学术价值观。科学家和学者们自有理由来坚持诸多价值观，这对学术研究尤为重要。因此，对技术转移的效果评估，需要判定学术研究人员的实际行为，而不应仅考察大学采取的预防措施。
有关商业化影响较为重要的一点是，幸亏还没产生什么不良影响。当高等院校开始积极为教授的科学发现展开营销时，批评家们担心会影响理论研究，唯恐科学家会抵不住诱惑，将更多的精力放在应用研究上，以获得丰厚的股份或专利版税。可喜的是，现在经过足够长的时间，评估出的结果显示，几乎没有迹象表明有这样的转变。尽管有相当多生物医学研究人员以这样或那样的方式与企业合作，但那些陷入商界的研究人员在教学中也同样富有成果，同样敬业和成功，在各自部门的工作中也同样活跃，一点也不比其他很少从商的同事逊色。对3 000余名生命科学家所作的一项研究表明，有52%的受访者承认与企业有联系，但他们的商业活动时间平均每周只占5.8个小时，远低于每周一天的从商上限。
最初有人担心申请专利会对课题的选择产生影响，但这似乎也只是空穴来风。对生物医学科学家的一项研究表明，在500多名被调查对象中，只有7人将申请专利列为选择课题的主要因素。其他研究发现，那些已获得许多专利的科学家，现在发表及被引用文章的数量与那些没有专利的同事一样多，他们的生产力也和申请专利前相差无几。还有一项研究甚至发现，仅限于工程学系，教授基于研究成果开公司，能继续发表更多的文章，积累更多地被引用数量，这是其他同行所无法相比的。总之，正如一名商科学生所说：“证据似乎恰恰与我们的论断相反，学术专利的增加根本不会将研究人员的时间、兴趣和精力从传统、规范的科学研究中剥夺。”2010年美国国家研究理事会的一份报告也得出了同样的结论。
高等院校积极为教授的科学发现申请专利的行为并没有像某些批评者担心的那样，对研究资料的获取产生许多干扰。虽然美国法院认同授予基因以及其他基本自然事实以申请专利的权利，但也明确表示这种权利并不是不可以侵犯的。企业和教授都可以在研究中使用有专利保护的概念和资料。的确，某些高等院校不仅申请了理论研究发现的专利，还花费精力保护这些权利，将使用费最大化。不过，根据最近的一项研究，受调查的生物医学研究人员申请获取受专利保护的信息和资料时，都没有遭到拒绝。几乎在任何情况下，向别的高等院校正式申请使用资料，都会获准。只有10%的申请，协商时间超过了1个月。而且无一例外，申请使用资料不会向任何人收取任何费用。
很明显，大多数研究人员没有感觉受到专利阻碍，但只是因为他们根本不知道有专利的存在。专利持有人也很少有申诉的，他们要么是因为不知道已经发生了侵权行为，要么是觉得不值得花很大精力诉之法庭。倘若真的有申诉的，调查人员也总能找到办法，解决拒绝使用的原因，而无须让申诉人放弃他们的项目。所以，一组研究人员在仔细审查了证据之后，得出结论：“结果表明，专利几乎不干扰研究工作，即使资料转移在大多数情况下也不会出现争端（针对从他方获取信息或研究资料的请求）。”在参照了其他研究之后，2010年美国国家研究理事会报告同意了这一研究结论。
在涉及与业界有关系的其他风险时，情况就不那么乐观了。就保密性而言，58%的企业赞助商在调查中承认，他们通常允许签约人延迟公布研究成果6个月以上，这就远远超过了决定是否要申请专利的时间。超过13%有行业资助的科学家在另一项调查中承认，出于商业原因，他们推迟发表研究成果6个月以上。另外还有一项调查显示，14%有行业资助的学术研究人员承认，他们将研究发现作为商业机密加以保密。当然，好几代以来，科学家有时会出于保留竞争优势而故意不透露研究成果。(111)即便这样，接受了公司赞助的教授对研究的保密程度还是要更高一些，他们可能比其他没有资助的同事要高出3倍。
总体来说，虽然科学家与业界签订的协议中规定的平均时长超过了必要的时间，但还算适度。而部分高等院校科学家由于有自己的动机，坚持及时公布研究成果。因此，2007年的一项公司赞助研究发现，推迟发表研究成果的平均时间是4个月，但这段时间太短，还不足以在研究进展上产生什么重大影响。
最严重的利益冲突问题，通常涉及一些接受了企业研究资助、咨询费或其他形式资助的科学家，企业与他们的研究成果有明显的利害关系。而此类冲突似乎相当普遍，尤其是对新药或健康产品的测试。但是，许多与企业签订协议的科学家好像事不关己并且很自信，认为与企业的利益关系不会影响到他们的科学判断。
很遗憾，这并不意味着我们就能心安理得。心理学家发现，哪怕是一份小礼物、小小的恩惠，都会让受益人偏袒赠予人。针对新药和健康消费品的效力研究，证实了这一结论。一项有行业资助或由与公司有经济关系的研究人员进行的临床试验研究表明，研究结果倾向相关企业的可能性要比独立试验高出3.6倍。另一项调查表明，由烟草行业赞助的二手烟测试中，94%的研究表示没有发现任何有害健康的影响。但在独立测验中，仅13%的研究得出相同的结论。类似结果的研究比比皆是。也有可能是烟草公司有意选择了倾向性的研究者，但很难解释二者的巨大差异。
在人类不是测试对象的情况下，对研究者来说，利益冲突的解决方式就是上报校方，一旦发表了研究成果，就向读者披露利益冲突。但很遗憾的是，在多大程度上能进行披露还不清楚。披露可能会提供一种警示，却并不能让读者评判出偏见是否已在事实上影响了研究结果，即便有影响，它也无法判断这个影响有多严重。相反，披露还可能削弱读者信心，让他们质疑科学家的工作。
更有一些研究表明，披露很难让读者保持警惕，实际上它只是增强了作者在读者们心中的地位，同时，由于已经警告过读者，作者也不会再那么谨小慎微地表达客观观点。而且，如果这些研究结果是正确的，那么要求作者披露利益关系又能换来什么呢？可以肯定的是，如果我们能指望有利益冲突的所有教授都进行披露，那么读者至少能了解发表的内容里哪些是有所偏颇的。尽管如此，遵守现行的大学规定，这个方法并不完美，披露信息甚至没有产生过多益处。
由于对利益冲突进行公开披露并不能完全解决问题，所以，如有利益冲突，校方官员通常采用其他方式来防止偏见产生。得到经济利益冲突报告后，校方可以坚持对研究进行监督，以避免偏见影响研究结果。偏见影响研究的方式多种多样，因此真正有效地进行监督，实际上需要严格审查。或者，校方官员也可以要求研究人员与其他没有利益冲突者共同合作（如果能够找到的话）。但如果这个保障措施也行不通，校方完全可以叫停这一研究。
大多数调查和宣传都涉及医学研究领域的利益冲突，这不足为奇，因为大多数合作基金都来源于与健康相关的公司。还有其他一些调查领域，经济利益冲突十分普遍，校方在重要研究中却并没有严格坚守学术价值观。社会科学家为利益方撰写政策要文，获取丰厚回报。在能源领域，美国政府与石油公司合作，给高等院校提供几亿美元作为研究资金，从而产生相当常见的利益冲突，而且这类项目对研究结果保密的时间限制比美国国家卫生研究院建议的更宽松，项目资助也没有经过独立的同行审查。据报道，在营养学领域，教授通常受到企业阻挠而不能发表负面的科研结果，而学术研究人员经常进行的研究则是针对企业产品的积极效果进行的。
更有甚者，企业竟公然影响它们赞助的学术研究，如此一来，对其产品的安全性和有效性进行测试的结果，真是令人不安。某些学术健康中心与业界签订合同里有些条款规定，允许赞助公司修改手稿，甚至它们可以决定研究结果能否发表。一项研究显示，809份公开发表的药品与保健产品报告中，名义上11%是研究人员写的，但实际上这些报告全部是由赞助公司代表代写的，出版署名的作者只不过对公司的文章进行了编辑而已。而在某些情况下，高等院校研究人员甚至不能得到数据，只能得到摘要，或得到赞助公司提供的编辑版本。企业对产品研究施加了如此大的影响，很难想象，是否还有比这更不专业的行为吗？然而，2007—2008年的一项研究表明，70%的学术医学中心没有明确规定禁止这种行为。
商业化影响的总结在总结商业化对学术研究质量和诚信的整体影响的过程中，令人感到欣慰的是，从有商业价值的科学发现中营利的机会，似乎对高等院校研究人员的生产力影响很小，或者说不明确。从基础研究转向应用型或营利性研究的趋势并不是很明显，商业或咨询活动也没有导致科学家发表的文章，在质量或重要性上明显下降。当然，这些结果不能排除金钱诱惑最终会造成恶性影响的可能性。尽管如此，像麻省理工学院、斯坦福大学等几十年来一直鼓励创业活动的高等院校，其学术声誉没有遭到任何损伤的事实可以表明，如果高等院校保持警觉、认真对待，就能有效处理技术转移问题。
另一方面，由于多数高等院校还一直缺乏严格的利益冲突规则，而很多其他高等院校目前的规定又不能得到贯彻执行，人们不免对研究人员发表的成果表示质疑，其中包括他们发表的研究报告、讨论其他科学问题或一般性问题的评论文章。随着越来越多记录学者经济利益纠葛的研究和文章出现，公众会开始质疑研究的客观性，同时对教授们在一系列问题上的公开声明也失去信心，如：新药物、医疗、饮食建议、全球变暖、职业安全等。谁知道这些学者会不会有偏见，有没有受到未披露的企业经济利益影响？一个民主社会迫切需要高级知识分子提供可信任、无偏见的信息以便能够启发决策者，引发公众辩论。倘若学术研究的客观性不再是理所当然，那么国家的损失将十分巨大。
总而言之，商业化的结果似乎喜忧参半。罗杰·盖格（Roger Geiger）教授在《知识与金钱》（Knowledge and Money）一书中对商业化影响做了简明扼要的总结。他认为“市场为大学带来了更多的资源，有更大的容量传播知识，在美国经济中扮演着颇为重要的角色。但同时，市场化也减弱了大学活动的自主权，削弱了大学服务公众的使命，而通过日益增长的商业联系，至少树立了高等院校作为知识独裁者的特权”。
简言之，即便技术转移和校企合作的影响不像早期批评者描述的那样可怕，也并非完全是正面的。就坚守学术价值观而言，其应主要归功于科学界自身传统规范的力量或来自外部的干预。高等院校官员很少与教师一起努力建立有效的保障机制，并教育教授们严格遵守规定。尽管其中也有例外，如学科带头人整体对于政府的严格监管表示抵抗，但他们既没有建立起适当的机制监督科学家的行为，也没有采取适当的措施处理违规行为。因此，在支持技术转移的过程中，高等院校虽然对创新和经济增长有所贡献，但是在坚守学术价值观和学术诚信方面，还有很多的工作要做。