这位总指挥官感觉不太对劲儿。在哈利法克斯港那个寒冷的夜晚，他划着船查看船队时不知染上了什么病，反正一直不见好转。有好几次，他都担心自己可能就这么死掉了。船队起航时那种1月中旬温和到有些古怪的天气，随着北美洲最后几块岩石消失在地平线上，也一并消失了。[1]现在，大西洋上的寒冬正在以它的全部威力侵袭着整个船队，而且似乎要击垮克拉克森那瘦弱的身体，用疾病把他包围起来，搞得他一会儿发烧，一会儿出汗，一会儿又瑟瑟发抖。剧烈的疼痛在他的头颅中翻腾，他的大脑仿佛在被钳子不停地撕扯。而与此同时，他还得竭力指挥不断遭受暴风雨威胁的船队，以及同样受到风暴蹂躏的身体。离开哈利法克斯四天后，暴雨开始猛烈地捶打“卢克丽霞号”，然后又变成冰雹，把甲板当鼓敲，疯狂地砸在那些挣扎着控制左右支索的水手们的脸上。两天后，一场狂飑突然袭击了船队。那些他之前在恶劣天气中也能竭力使其保持在视线范围内的船只，现在彻底消失在了从天空斜插下来的雪幕当中。所以克拉克森只能被迫来领航，然后以枪声为信号，希望它们能穿透呼啸的狂风，告诉船队应该改变航向了。有一段时间，船队确实设法躲过了最坏的情况。但在1月20日，海上又刮起了一场极其猛烈的大风，于是克拉克森便命令船队全体右舷抢风缓行，等待风暴过去。但在用望远镜扫视地平线时，他发现有两艘船不见了，情急之下只得让自己的船倒行回去，并命令其他船稍微拉近一些距离。
可次日天刚亮，克拉克森便发现又有三艘船不见了。他发出信号，示意余下的船只中速度最快的“费利西蒂号”靠近到高声呼喊所及的范围内，命令其船长萨缪尔·威克姆将船调转四十五度，沿路去寻找失踪船只。然后，他便支撑不住了，因为身体太不舒服，他不得不离开甲板，下到船舱里去。随后，他命令威克姆要不惜一切代价保证船队都在一起，并且向速度快一些的“塞拉利昂号”和“玛丽号”发送信号，叫它们收帆缓行。下午4点钟时，威克姆告诉克拉克森，其他船只均已归位，但“萨默塞特号”在前夜暴风雨最猛烈的时候失踪了，至今还未找到。克拉克森时而感到宽慰，时而又焦虑不已，而且他的头痛依然很严重，所以他便把朋友查尔斯·泰勒找来，就是那位随船医生，问他自己该怎么办。泰勒的意见是，他在这种天气情况下指挥船队于他自己的恢复不利，于船队也不利。所以，克拉克森便把日常的指挥权交给了萨缪尔·威克姆。对此，他在日志中写道：“在身体状况好转之前，我不会干涉船队的管理。”
那之后，克拉克森的私人日志变成了航海日志，而他记录下的——且不论有多简要——则是那种只有大西洋在其最无情的时候才会制造的海上灾难。在他移交船队指挥权两天之后，先前的强风已升级为巨大的暴风雨。一系列程度各异的天灾，现在似乎凑到了一起，形成了一连串让人魂飞魄散的气象灾害。航海经历已经够丰富的波士顿·金本以为这辈子已经见识过大西洋最可怕的一面，但当他在另一条被困的船上目睹如此滔天巨浪，看到一条条白色的泡沫在一堵堵或黑或绿的巨型水墙上翻滚时，也禁不住感到吃惊和害怕。他写道：“有些在海上生活了一辈子的人也说他们从来没见过这么吓人的暴风雨。”[2]金在这狂风暴雨之中眼睁睁地看着一个自由黑人被巨浪拍到海里，丢下了伤心欲绝的妻子和四个孩子。金自己的妻子维奥莱特当时病得非常重，重到他已经接受了她会死去的现实——他心里的唯一愿望只是妻子能再坚持一下，因为他对海葬深恶痛绝。“我怀着一颗赤诚的心恳求上帝能仁慈些，至少等我们上岸后再带走她，好让我给她安排个体面的葬礼。”上帝做了一件更好的事：“耶和华看到了我的赤诚之心，便让她恢复了健康。”
1月22日，一道巨大的闪电击中了“卢克丽霞号”的后桅，虽然没有把它完全劈烂，但把顶部的主帆撕成了碎片，导致乔纳森·考芬上校不得不下令收起其余的后桅帆，顶风停航。船上的黑人大部分都生了重病；其中一人在25日去世，这是船队自离开哈利法克斯以来的第二次海葬。很多海员尽管身经百战，但也被如此艰险的浪涌撩到了；另一些海员则和克拉克森一样患上了热病，所以在风力减弱之后，考芬连把修好的船帆扬起来的人手都凑不够。船队被这场狂风暴雨吹得七零八落，想再集结到一块儿是没什么希望了——十五艘船中只有五艘现在还在彼此的视线范围之内。不过，几艘稍微大些的船都还在，如“费利西蒂号”“维纳斯号”“埃莉诺号”，所以风势弱一些后，考芬便派小船把几艘船上那些身体还健康的人接到“卢克丽霞号”上，修补好损毁的主帆，终于又将它升了起来。
但对这些磨难，约翰·克拉克森并不晓得，因为他已是个行将就木之人，反正查尔斯·泰勒医生是这么认为的。克拉克森发着烧，躺在自己床位上瑟瑟发抖，时而清醒、时而糊涂，一直语无伦次，常常昏迷不醒。泰勒进来看望他时，见他虽然盖着毯子，可身体仍在打哆嗦、抽搐，便明白克拉克森还有一口气，但某天，他惊恐地发现克拉克森的身上起了四个水疱，也许是天花的不祥预兆。紧接着，在海平面的高度降下去后，克拉克森的生命体征也弱了下来。他就那样躺在床上，一天一夜都纹丝未动。泰勒试了试，但既没摸到他的脉搏，也听不见他呼吸，只得宣布他已经病逝。[3]船员们将克拉克森的遗体抬到甲板上，放入一个用帆布缝成的装尸袋里，并把国旗盖在上面，准备为他举行海葬。
可正当两名扶灵人准备把那口一头开口的棺材抬起来，将尸体沉入大海中时，有人突然注意到帆布下面似乎有什么轻轻动了一下。原来，克拉克森还不打算就这么葬身大海。于是，大家赶紧把仍处在昏迷状态的他抬回了他位于船尾的房舱里，好把身体暖和过来。
但事实证明，这里并不是个适合他待的好地方。天气稍微平静一些后，船员和乘客都以为这表明暴风雨即将过去。可结果却是，他们遭到了残酷的欺骗，这场海上灾难将会无情地持续两个多星期，中间偶尔缓和一下，给船员和乘客们一点希望，然后再变本加厉地袭击他们。1月29日，又一场强风以令人恐惧的速度突然袭击了“卢克丽霞号”。但这一次并没有伴随雷电，只有越吹越猛的狂风在船帆间呼啸而过，掀起一波又一波高到让人目瞪口呆的巨浪。“卢克丽霞号”不断地爬上高大的波峰，又猛地跌向陡峭的波谷，整条船的骨架不断地嘎吱作响。铁灰色的海水翻滚着冲过甲板，船体倾斜得非常严重，滔天巨浪完全遮住了天空。这种情况下总会有东西支撑不住，而在“卢克丽霞号”，这个东西是船尾的舷窗内盖，就在克拉克森房间的正前方。在强风那震耳欲聋的咆哮声中，他不知从哪来的力气，竟然在神志不清的情况下从床上爬下来，正跌跌撞撞地往外走。这时，一个巨浪打在船尾上，将整条船掀了起来，船头直直地指向天空，船尾则插入海浪之中。舷窗和内盖一下子全被撕成木屑，翻腾的海水猛地涌进来，卷跑了再次失去知觉的克拉克森。幸运的是，他没有被卷进海里。感受到冲击力之后，“卢克丽霞号”的船长冲下船舱，扯着嗓子命令船员抢险。如果不赶紧把舷窗的破损处修补好，这艘船一定会沉没。考芬冲进克拉克森的房舱，看到这位海军上尉正躺在地板上，无助地从一边被甩到另一边，在墙之间撞来撞去，遭受了严重的擦伤和割伤，“浑身都是鲜血和海水”。[4]
最终，“卢克丽霞号”和克拉克森九死一生，他们的拯救者考芬船长则未能幸免。在2月第二个星期，当风暴基本上消下去后，大家统计了一下损失情况。处在视野范围内的船仍然只有五艘；“卢克丽霞号”的桅杆虽然出人意料地躲过了一劫，但索具和帆布损毁严重，可因为船员的人手不足，一时还无法修理；能够履行职责的只有身体还算健康的大副和船长，其他人都病倒了，而原因不光是暴风雨，还有船上现在正流行的某种热病；“维纳斯号”“埃莉诺号”“费利西蒂号”上的人被叫来帮忙，但也很快病倒了；“维纳斯号”上有四十多名乘客和船员已经虚弱到了性命垂危的地步，威克姆只得派查尔斯·泰勒先去那边救人。
到2月15日，大风已经减弱为和煦的微风，但乔纳森·考芬却染上了热病，不得不回到甲板下面，成了第二位被迫因病移交船只指挥权的船长。克拉克森现在大部分时间都处在清醒状态，能同船员、乘客沟通了，但身体还没有完全恢复到原先的状态，四肢还是软弱乏力、颤抖不止，仿佛得了瘫痪，而且最糟糕的是，他那可怜的脑袋不是被钉刺一样的剧痛折磨，便是有一种奇怪的沉闷压抑之感，好像大脑额外长出了一层膜，将之同外界隔绝开来（有可能是得了脑膜炎）。但让克拉克森感到最痛苦和最丢脸的地方，是他丧失了短期记忆和一部分长期记忆，导致他时常堕入痛苦与恐慌之中。几分钟前刚听到的信息，几分钟后他就想不起来了。而在回想自己掌握的航海技术时，他又惊恐地意识到自己已经完全记不得当初在海军学校学过、后来又在十艘船上付诸实践的那些知识。事已至此，他只得叫来其他船的船长，老老实实地解释了自己的处境，并请他们为了各自船只的安康，尤其是黑人乘客的福祉，承担起更多的责任。“这病把我搞得很紧张，还时常导致身心虚弱，所以我要求在座的各位船长在我们应当走哪条路的问题上，随时都能畅所欲言，因为我发现自己完全不记得任何有关船舶航行的东西了。”[5]
雪上加霜的是，曾在克拉克森陷入严重昏迷时精心照顾过他的黑人仆人彼得·彼得斯（Peter Peters），在2月18日病逝了，克拉克森难免感到自己难辞其咎，因为彼得斯“可能是从我这儿染上了热病”，因此他大部分时间都沉浸在自责和忧郁当中。不过，他终于能出去透透气了，但因为连踉跄着都不行，更别说正常地走路，所以他一般会躺在床垫上，再由萨缪尔·威克姆和另一名水手抬到甲板上；与此同时，他的舱室里则会被人用滚烫的醋擦洗一遍，再用沥青和火药球进行熏蒸，以便祛病消毒。
可热病还是悄悄溜到了其他地方。2月22日，也就是把克拉克森从水中救上来三个多星期之后，乔纳森·考芬也去世了。现在，克拉克森受到了一种更无情的内疚感煎熬，因为彼得斯死后，考芬上校便经常到他这儿来坐一坐，陪他度过不稳定的康复期，结果也不可避免地染上了热病。克拉克森悲痛地写道：“他是一个可敬可佩的好人，他的离世会让他的主人悲痛不已。”[6]差点儿葬身大海的克拉克森，现在不得不为考芬举办同样的仪式。他又被抬到甲板上，“作为对他最后的一点缅怀，我竭力想把悼词念好，但我既站不起来，又握不住书。”《圣经》从他手中滑落下来，然后，考芬的遗体被推入了大海。
这时，查尔斯·泰勒感到必须想办法给克拉克森提提气，防止他悲伤过度，便提议说，他要是能出去露个面，看看船队，无论是对他自己，还是对整个船队的士气，都会有好处。咸湿的空气非但无碍，反而有益。“于是，我被抬到一条小船上，然后随它一同被慢慢降到海上。我每靠近一艘船，已经集结在甲板上的黑人乘客便会拿起他们的步枪，朝天打三枪，再欢呼三次，因为我的康复对他们来说至关重要，而在此之前，他们已经完全放弃了这个希望。”
后来，克拉克森认为这一时刻可以算作整个航程的转折点。那之后，天气无疑好了很多，气温升高，风变得清爽，海水从暗灰色变成了南大西洋的深蓝色，而先前失踪的“萨默塞特号”也终于归队了。于是，在2月的最后一个星期，克拉克森觉得身体恢复得差不多之后，便把所有船长都召集到“卢克丽霞号”上吃了一顿午饭。不过，他有时候还是会工作过度。比如有一天，他试着在船上布道，想念一段主日祷文，结果突然觉得疲劳不堪，好几天都没缓过来。到28日，身体恢复得差不多之后，他坐在椅子里，轮着被吊到各艘船上，又巡视了一番。在“埃莉诺号”上，他同雷德曼上校一起吃了午饭。雷德曼告诉他，有位黑人乘客特别想见他。此人是一个一百零四岁的目盲老妪，小时候曾被奴隶贩子从塞拉利昂掳走。在新斯科舍时，她曾恳求克拉克森带她回去，好让她“魂归故里”。虽然他当时极力想确保乘客都身强体壮，能吃得消这场艰苦的横渡大西洋之旅，但最终还是同意了。而现在，她来到了甲板上，正欣喜若狂握着他的手，恭喜他身体恢复了健康。[7]
他们现在离目的地已经不远了。鲸在叫，鱼在飞，明亮而平静的海面上吹拂着足够温和的风，使得黑人可以坐着小帆船到各自的船上拜访。有的人互相拥抱，有的人默默流泪，有的人失声痛哭。对于其中一些人来说，已近在眼前的非洲，重新唤起了快乐与恐惧交织的童年记忆。3月4日，离塞拉利昂还有几天航程时，另一艘名叫“玛丽号”的船从他们旁边驶过，只不过这艘船是开往安纳马博的“布里斯托尔的玛丽号”，像往常一样要去取运它们的“活货物”。克拉克森觉得这正是个好机会，便拿出自己的全部力气，向“卢克丽霞号”上的黑人发表了讲话，表示虽然他们自离开北美后，这一路上经历了许多暴风骤雨，但表现始终良好，所以自己感到十分欣慰。翌日，他又到其他处在视野范围内的船上重复了这段充满长辈式慈爱的讲话。“大看起来全都兴高采烈，并保证上岸后一定会继续服从指挥。看着他们那一张张幸福而满足的面庞，我甚是开心；他们此时此刻对我表达的尊重和感激让我十分欣慰，也深受感动。我衷心希望，他们马上要做出的改变，到最后既会有利于他们自己，也能造福后代。”[8]
两天后，他命令速度最快的“埃莉诺号”加速向前，开始测量水深，如果水深变为八英寻，就用大炮发信号。尽管身体依然虚弱，但克拉克森已经望眼欲穿：“不管别人怎么劝，我就是不想到甲板下面去。”3月7日凌晨2点，他听到了“埃莉诺号”发出的炮声；不久之后，“卢克丽霞号”也测到水深已到七英寻。海水越来越浅，意味着海岸也不远了。那之后，克拉克森终于回到了床上躺下，但发现自己因为又焦虑又期待，根本睡不着。辗转反侧到早上7点后，他干脆下了床，来到了甲板上。天有些阴，黎明的薄雾还未散去。他焦躁不安地迈着大步子，在甲板上走来走去，一会儿打开他的望远镜，一会儿又合上。终于，在东南方约五里格*处，他第一个瞥见了塞拉利昂角。随后他便听见另外两艘船用大炮发出信号，接着是整个船队的欢呼声，以及隆隆滚向前方海湾的一连串枪响。
但过了一会儿，就在这欢喜的氛围中，饱经世事的约翰·克拉克森又像以前一样，心头突然涌上来一种奇怪的感觉。“我无法描述此时此刻的感受，因为接下来的几个小时会发生什么，我一无所知。加上几乎一夜没合眼，内心还十分焦虑，所以我现在身心俱疲，脑子里满是阴郁的念头。”[9]突然之间，他脑子里残酷又清晰地浮现出到达哈利法克斯的第二天晚上在约翰·帕尔的餐桌旁听到的那番谈话，以及自己如何断然驳斥了土著人敌视移民的谣言。可万一那个法尔茅斯的船长说对了呢？万一真就又发生了一场袭击呢？而且考虑到他自离开英格兰之后便再也没有收到董事会成员的只言片语，万一他们根本就没收到他的信，因此也没有做出任何迎接这些黑人的适当安排呢？万一他们仍旧以为只会有一两艘船载着一百名黑人过来，甚或更少呢？“尤其是想到船上的供给本来就没有多少，就算有需要，运输船也不可能补充物资（虽然厉行节约，但吃穿用度也已捉襟见肘一个月了），再加上我们还不知道海岸和附近的居民是什么情况，即便需要我指挥什么行动，我现在这样也无力做到，所以我会忍不住去想这些令人沮丧的事情——要是身体健康的话，我可能根本不会想这些。”
正午时分，船队过了豹子岛（Leopard's Island）。现在，他们已经可以清楚地看到半岛上那些林木葱郁的山峰在一点点地变高，就像从水里慢慢冒出来一样。大卫·乔治写道：“那高高的山脉看起来就像云彩。”[10]然后，让克拉克森感到“高兴到难以形容”的是，先头船发出信号，示意有许多船停在河的上游。克拉克森拿出望远镜，看到一支小船队，根据其中一艘船的大小，他立即辨认出那是塞拉利昂公司派出的补给船队。等近到能分辨出船上的旗子时，他看到绿色的旗面上有一头狮子和一黑一白两只紧握在一起的手——正是塞拉利昂公司的商标。他心里总算舒了一口气。“英国的物资支援已经抵达。”终于，克拉克森心想，这场航行终于结束了。然后，他容许自己稍微奢想了一下：“希望我的焦虑和疲劳能快点儿过去。”
* 1里格（league）为3海里，即5556米。5里格距离约为28千米。