1866年12月25日，曾国藩派人将钦差大臣关防送到驻徐州的李鸿章处，算是把剿捻的事正式移交给李鸿章，这时他还驻在河南周口。在周家口过了旧历的新年后，他于同治六年正月初六日（1867年2月10日）离周家口赴徐州。2月23日，在徐州，李鸿章将两江总督关防交还给他，李鸿章还担心他的老师辞职，会导致剿捻的军队缺粮缺饷，当晚又来劝他回金陵任两江总督。这时清廷对南方各省的人事又作了一番调整，除曾国藩仍任两江总督外，由李鸿章任湖广总督；李鸿章之兄，也是从前为曾国藩办粮台的李瀚章任江苏巡抚，在李鸿章未赴湖广总督任以前暂行署理湖广总督；李鸿章的亲信丁日昌为江苏布政使；与曾国藩关系很好的刘韫斋（刘崐）为湖南巡抚。这对曾国藩是个安慰，他在日记中写道：“从此诸事可以顺手，而沅弟（曾国荃）亦得安其位，为之喜慰。”曾国藩又给老九写信说：“少荃宫保（李鸿章）于吾兄弟之事极力扶助……弟于渠兄弟务须推诚相待，同心协力，以求有济……大约淮湘两军、曾李两家必须联为一气，然后贼匪可渐平，外侮不能侵。”
曾国藩的确曾打算就此辞掉官职，回故乡颐养天年。但是为了顾全大局，最后还是回任两江总督。用他自己的话来说，是位高权重，难以息肩。
在把李鸿章送走以后，曾国藩也于3月21日离徐州南下，回金陵两江总督任所。
自1865年6月出师，到现在已有一年半多的时间，这段时间里，曾国藩周历江苏、安徽、山东、河南各地，亲眼见到了战火破坏之后民间的苦况，他在日记中写道：“余自北征以来，经行数千里，除兖州略好外，其余目之所见，几无一人面无饥色，无一人身有完衣，忝为数省军民之司命，忧愧实深。又除未破之城外，乡闾无一完整之屋。”他又联想到，老家来信说修整房屋用了七千串钱，心中“尤为惭悚”，其实一个堂堂的协办大学士、总督，修理房屋用了七千串，实在已是很少很少，但一向主张节俭的曾国藩为此很不安，他写信责备儿子曾纪泽：
富圫修理旧屋，何以花钱至七千串之多？即新造一屋，亦不应费钱许多。余平生以大官之家买田起屋为可愧之事，不料我家竟尔行之……余将来不积银钱留与儿孙，惟书籍尚思添买耳。
1867年4月4日，曾国藩的船到了扬州，恰好官文也乘船来到这里，曾国藩便于次日特地到官文的船上拜访。两人都谈了些什么，曾国藩的日记没有多写，家书中也没有说，想来那场面一定非常尴尬吧。
1867年4月10日，曾国藩回到金陵城。金陵城的百姓对他还是欢迎的，在他的路经之处，民间家家用香烛爆竹表示对他回任的欢迎。因为没有剿平捻军，没有给百姓带来一个真正太平安定的生活，曾国藩的内心在感到安慰的同时，却又非常惭愧。
曾国藩回到金陵两个月后，6月10日，清廷将他的协办大学士升为大学士，大学士在清末已少有实际的权力，但却是最崇高的头衔。曾国藩于心情郁闷之中，这也总算是个安慰。
这时候，除了李鸿章在中原地区负责剿捻外，清廷已命左宗棠任陕甘总督，左宗棠的任务是剿平西捻军和甘肃的回民造反，将来还要进兵新疆。因为南方作战和西北作战特点不同，左宗棠对他部下的军队需要作大幅度的整编。而原属曾国藩的湘军刘松山部已入陕西，也就归左宗棠指挥，刘松山的部队在后来驱逐阿古柏侵略势力的过程中立了首功。
捻军分为东西捻军后，总的情况是对清朝方面有利，但是就在曾国藩把钦差大臣关防交给李鸿章的时候，东捻军甩脱山东一带的淮军，直奔湖北。淮军千里追来，湘淮军在湖北与捻军打了三次大仗。第一仗在1867年1月，淮军郭松林部遭到东捻军的伏击，大败，郭松林也多处受伤，接着淮军张树珊部孤军进攻捻军大败，张树珊战死。第二仗在2月，淮军刘铭传部与湘军鲍超部合击捻军。刘铭传贪功，不等到约定的时间就发动进攻，结果为捻军所败。鲍超军赶到，从捻军侧后发起进攻，这才转败为胜。刘铭传不感谢鲍超，反倒怪鲍超误期，李鸿章又袒护刘铭传，鲍超一怒之下，托病退职，曾国藩屡劝不听，只好将鲍超所部三十多营遣散。第三仗在3月，曾国藩的表弟彭毓橘率曾国荃任湖北巡抚以后新募的湘军三千人在蕲水被捻军包围，彭毓橘也战死。但是这以后捻军就没有再取得大的胜利。
6月以后，捻军冲进山东，突破运河防线，这本来是捻军的一个胜利，但是李鸿章反倒趁机调整部署，将捻军逼在运河以东，黄河以南地区，然后堵住四面。此策称为“倒守运河”，实际上仍是原来曾国藩所用的防河之策，只是地点不同而已。不过因为运河地段太长，各军尤其是刘铭传、潘鼎新两军太过疲劳，最初曾国藩都怀疑能否成功，曾劝李鸿章放弃。幸好李鸿章坚持这倒守运河之计，因为一放捻军过运河往西，捻军可以活动的地面更大，这也是没有办法的办法。捻军左冲右突，但始终没有冲出包围。1868年1月，捻军首领赖文光在江苏扬州东北被俘，东捻军覆灭。
西捻军进入陕西后，一直在陕西境内盘旋。1867年6、7月，左宗棠分兵三路入陕，合先已入陕西的刘松山及其他清军，压迫西捻军到陕北，想把西捻军聚歼于陕西。不料西捻军利用年底天气寒冷，黄河封冻的时机，踏冰冲过黄河。1868年2月，西捻军进军直隶，抵近保定，京师震动。左宗棠随着率军到直隶，李鸿章率淮军也来参战，清廷命由李鸿章总统各军。几经周折，捻军于4月又渡运河到了山东、直隶交界一带。李鸿章再次用歼灭东捻军的办法，把西捻军压缩在黄河、运河和直隶沧州以东的减河这三角以内。恰好这时各河水涨，清军将运河水灌入减河，又将黄河水灌入运河，结果清军水师能够驶入黄河、运河，捻军被围死在这三角地带。1868年8月，捻军最后失败。
捻军不是在曾国藩手里剿灭的，但是所用的战略，实际上还是曾国藩的重点防御，另以游击之师追剿的办法。防河的地点虽然不同，但做法与曾国藩的几乎一模一样。
对于李、左两人的军事行动，曾国藩全力支持，当然这主要是在军饷方面。5月10日，曾国藩奏请将江海关的进口税原解户部的四成，留下二成，一半充作前线淮军的经费，一半为上海的江南制造局专造轮船用。剿灭东捻军后，李鸿章要求以银五万两赏军，若两江总督是别人，很可能打个折扣，曾国藩不但不打折扣，反倒要五万给了六万。
自1851年太平天国开始造反，至此时捻军被剿平，天下大乱整整十八年，几乎所有的省份都遭受战乱：广西、湖南、湖北、安徽、江苏、浙江、福建、广东、贵州、四川、河南、山东、陕西、山西、直隶，这还仅仅是清军与太平天国及捻军交战的主要战区，不包括其它小规模造反波及的地方。人民遭受的苦痛是文字语言所难以形容的。现在，动乱终于基本结束，清统治者自己也说这是“同治中兴”。
按照以往的历史，战乱之后，和平来临，该是让人民休养生息、恢复经济的时候了。但是，曾国藩、李鸿章、左宗棠等这些“中兴名臣”，又遇到了更大的难题，那就是携带着洋枪洋炮东来的西方列强的步步进逼。这不仅是曾国藩等人和大清王朝面临的难题，也是几千年以来中国从来没有过的难题，面对这样的难题，曾国藩等人是如何处理的呢？