捻军杀僧格林沁后，并没有乘胜展开大规模军事行动，而是向南回到老家淮北休整。曾国藩离金陵北上的时候，捻军正将安徽布政使英翰围在雉河集，英翰率二十余骑突围出外求救，命部下史念祖率兵坚守待援。曾国藩遂命淮军周盛波部、刘铭传部分头增援雉河集。清军援军聚集，捻军缺粮，赖文光等遂采取运动战的老办法，分两路向西进入河南。曾国藩随后进驻徐州。
不久捻军又冲入湖北。恰好旧历十二月初二日驻湖北的湘军成大吉部哗变，成大吉不仅弹压不住，连他本人都受了伤，捻军乘机与哗变的湘军结合，声势大振，占湖北的黄冈、黄安、黄陂、孝感等地，蔓延数百里，并在黄陂杀毙清军总兵梁洪胜。省城武昌震动，官文飞书求援。曾国藩这边急调刘铭传援黄州，而清廷再次命曾国荃出山并任湖北巡抚，以便加强湖北的防卫，尽快消灭捻军。曾国荃这回不再犹豫，正式出山，他召集旧部，募湘勇六千人赴任。
但待清军援军云集，捻军又用运动战的老战术，迅速退出湖北，长驱入山东。等清军援兵来到，捻军又转向河南。在这期间，曾国藩的老部下鲍超和另一支淮军刘秉璋部也投入剿捻战斗，曾国藩指挥的总兵力已超过八万，这与打太平天国时总是以少胜多真是大不相同。问题是捻军的流动速度太快，又分成多股，曾国藩把游击之师从刘铭传和李昭庆两支增加到六支，但因捻军行动迅速，曾国藩始终找不到决战的机会。他的军队也曾多次打败过捻军，但捻军一败就走，一日夜行百里以上，清军想要聚歼捻军时，捻军早已走得远了。
到了1866年6、7月间，曾国藩再一次调整战略。这时捻军各股聚集到河南省沙河、贾鲁河以西以南，曾国藩根据刘铭传的建议，制定了防守沙河、贾鲁河的计划。这一计划的要点是将捻军阻遏在沙河、贾鲁河以南以西，然后将其逼向河南、湖北交界山多田少的山区，再聚集湘淮军将其消灭。这叫防河之策。但是沙河自西向东长千余里，贾鲁河又泥沙淤积，湘淮军人数不足，只好补充以河南的豫军。因为湘淮军不及捻军行动迅速，所以这是个没有办法的办法。曾国藩希望此举奏效，但也没有完全指望成功，他事先奏报清廷，说贾鲁河上游朱仙镇以北到省城开封四十里，开封再往北到黄河岸三十里，全部豫军只守这七十里的地段，虽然地段很短，但这七十里全是沙地，挖濠筑墙都很难。将来如果得胜，守这七十里的豫军一同论功行赏；如果整个防河计划不成，他愿独自承担责任，而请朝廷不怪罪河南巡抚李鹤年。防河之策部署一个月后，湘军刘松山、张诗日部在河南周家口西北的西华、上蔡一带击败捻军张宗禹（清方称张总愚）部，杀捻军五千余人。捻军赖文光、任柱试图向东突围，被淮军潘鼎新部击退。南部战线，鲍超自湖北枣阳向淅川、内乡，防西路；郭松林防湖北北部东路。另有彭毓橘、刘维桢各部支援。一时间，似乎已把捻军包围。
但是，各路捻军再一次会合后，很快发现贾鲁河上游河南豫军防守的开封南北一段，是清军的薄弱环节。中秋节过后，八月十六日之夜（1866年9月24日），捻军毁掉豫军濠墙，冲过贾鲁河，豫军三营没能堵住，等到驻朱仙镇的刘铭传发现时，捻军已冲过贾鲁河，直奔山东。虽然淮军在追击中杀伤不少捻军，但防河之策还是失败了。
这时捻军赖文光、张宗禹、任柱、牛洛红各股合一，直奔山东，试图冲过运河。自受命攻打捻军以来，曾国藩一直身体欠佳，心绪不好，捻军冲破贾鲁河防线，虽然并非完全意外，但此后曾国藩身体更差。曾国藩想请朝廷派左宗棠和李鸿章其中一人接办剿捻，并写信告诉了曾国荃。随后细想，若左宗棠来，则淮军、自己统率的湘军、曾国荃部下以及鲍超，都不大容易与之合作，还是李鸿章比较妥当。于是一面布置防堵，一面于1866年10月1日奏请命李鸿章驻徐州，负责东路及山东防务。
捻军虽然冲破了沙河、贾鲁河防线，但在向东进军的时候，却没能冲破曾国藩布置的运河防线。捻军不得已又转回河南省。捻军经常是分兵作战，10月中旬，捻军在河南中牟一带又分成两支，一支由张宗禹、邱远才统率，向西进入陕西，被人们称作“西捻军”；另一支由赖文光、任柱统率，仍活动在河南、山东等地，被称为“东捻军”。这以后东西两支捻军再也没有会合。