虽然捻军声势已远远比不上太平天国，但也绝不是轻易可以消灭的，僧格林沁的败亡便是例证。所以围剿捻军，首先要有个总的战略，僧格林沁就是没有可行的战略，而只是紧跟捻军寻求决战，所以吃亏的。
曾国藩的战略，用他自己的话来说，就是以有定之兵，制无定之“寇”。
捻军依赖骑兵，行动迅速，每日常奔驰三百里以上。湘淮军不能紧跟在后面追击，如果紧跟追击，也恐怕走僧格林沁的老路。所以，曾国藩不用紧跟追击的办法。他制定了以堵截为主，以追击为辅的战略。1865年7月13日，曾国藩奏报，以四镇为驻重兵的根据地，这四镇是：安徽的临淮关、江苏的徐州、山东的济宁、河南的周家口。四处不但驻有重兵，还要多多储备粮草、弹药。力图把捻军圈在安徽、江苏、山东交界一带。四处互相配合，一处告急，三处往援，往来迅速，呼吸相通。军队分配，淮军刘铭传一军、潘鼎新一军都可以独当一路；淮军张树声和周盛波两军合起来当一路；湘军刘松山和易开俊两军合起来当一路。恰好构成四路。另外命李鸿章之弟李昭庆训练马队，训练好以后与僧格林沁残部马队合为一军作为游击之师。后来刘铭传部改作游击之师，而易开俊因为眼病开缺，所部交刘松山统带。
依照朝廷和某些地方官的见解，曾国藩的方略太过迂缓，他们还是希望像僧格林沁那样跟踪追击，寻求决战；甚至河南反对捻军的民众绅士，习惯了僧格林沁那种表面上极为勇猛的追敌方式，见曾国藩远离战场外调度，也表示不理解。但曾国藩坚持自己的见解，只能以拦截为主。后来捻军分为东西两支，曾国藩的战略也略为变通，着眼点还是堵截。他8月28日上奏说：
臣虽至愚，岂不思步步进逼，急图殄灭之方。惟臣细观贼情，已成流寇行径，若贼流而官兵与之俱流，则节节尾追，着着落后。假令此时追至汝、洛，待贼南趋光、黄。又折而追至光、黄，或贼东趋徐、兖，又折而追至徐、兖，虽终岁奔波，终无大损于贼。
臣之愚见，常欲坚持初议，于捻匪必经之途驻扎重兵，如刘铭传驻周家口，贼若回窜扶沟、鄢陵，即自周口（即周家口）迎头痛击之。张树声等驻徐州，贼若回窜永城、萧、砀，即自徐州迎头击之。推之贼窜蒙、宿，则刘松山等自临淮迎头击之。贼窜曹、单，贼潘鼎新自济宁迎头击之。变尾追之局为拦头之师，以有定之兵，制无定之寇，庶几渐有归宿。皇上如以臣议为可采，则于臣驻兵四处之外，请旨饬下湖北、河南巡抚，于豫之巩、洛、宛、邓，楚之随、枣、黄、麻，各驻劲兵一支，与诸将坚约，重在拦头迎剿，不重在贼退尾追，似亦制胜之策。
曾国藩的战略，综合了敌我各个方面的情况，是适宜的，未败敌而己先立于不败之地。只是这一战略看起来相对迂缓，一旦偶尔失利，各方的责难就会增多。
军事上的布置如此，但是曾国藩不光着眼军事筹划，他还要双管齐下，在政治上也孤立捻军。曾国藩分析，捻军似流寇，又不全像流寇。安徽凤阳、安徽颍州（今阜阳）、江苏徐州、河南归德（今商丘）、河南陈州（今淮阳）一带，是捻军经常活动的地区；而安徽的蒙城、亳州是捻军的老家，捻军颇为眷恋这个老家。而上述地区的民圩仇视官兵，对捻军反倒多有同情。现在既要在四处设重兵遏阻捻军，又要查办民圩以消除捻军的根基。重点是亳州、蒙城、宿州、永城四地。捻军首领藏身民圩的，查访确实，勒令该圩交出，如不肯交，即将该圩剿洗；交出的，只斩捻军首领，其他人一概不问。圩首并非捻党，但圩首之下有捻军同党的，令圩首捆送一二人斩之，其余不问。曾国藩还写信告诉刘铭传，说是“杀一捻即除一害，清一圩即少一患”、“临阵擒斩百人，不如清圩时斩数人之得当也”。为了清圩，曾国藩还命各军及地方官大力动员地方绅士。对于与捻军没有联络的民圩，则命其坚壁清野，对抗捻军。有的地方还实行了保甲连坐之法，即五家具保结给圩长，有事五家连坐；圩长具保结给州县官，有事则圩长连坐。曾国藩还特地上奏，请表彰从前力抗太平军七年、最后于1862年冬被太平军摧毁并被杀八九万人的安徽宁国府宣城县金宝圩，以便鼓励民圩抵抗捻军。查圩的办法是成功的，在此以前，每隔一段时间，捻军都要跑回老家转一转，或略作休息。自从曾国藩查圩之后，捻军就再也没能回来。
曾国藩所指挥军队的后勤保障，全靠接替他署理两江总督的李鸿章。为了联络方便，曾国藩奏请由李鸿章另一个弟弟李鹤章总理营务处。这样，李鸿章兄弟六人，几乎都与曾国藩发生了密切关系。