一 乱世功名，尤为难处
按照曾国藩事先的吩咐，打下金陵后，曾国荃便先行上奏报捷。他满以为劳苦功高，奏上便会得到奖赏。不料7月29日接到谕旨，不但没有表扬，反倒严厉指责曾国荃不应在攻破外城之后就马上返回老营，应该一鼓作气，将全城拿下，并生擒太平天国首领。甚至说什么：“倘曾国荃骤胜而骄，令垂成之功或有中变，致稽时日，必惟曾国荃是问！”这简直是一记闷棍，打得曾国荃晕头转向，心中气愤异常。曾国藩这时已赶到金陵，马上竭力劝说曾国荃宽心对待。曾国荃手下将领们曾怪罪是奏折起草人赵烈文没有写好，心思缜密的赵烈文一面喊冤，同时细加考虑，他马上联想到：“至此次廷寄忽加严责，其中别有缘起，余知其约略，而未敢臆断。”这“缘起”，便是清廷的疑忌。而这疑忌的根本原因，便是曾家兄弟手里握有天下第一的重兵。
8月19日，江宁将军富明阿来金陵，他托言是查看金陵原驻八旗兵的旗城情形，实际是僧格林沁写信让他来查访擒获李秀成的真伪及曾氏兄弟的虚实。富明阿泊船水西门，恰好见到湘军纷纷从城上吊出木料、器具，所以颇有不满之言，逢人便询问湘军抓住的是否是真的李秀成。这天富明阿拜访了曾国藩，次日曾国藩又到船上拜访富明阿，少不了好言拉拢。赵烈文在日记中说，幸好当时没有马上杀死李秀成，而是留了半个多月，写了口供，见过李秀成的人很多，甚至还有外国人，否则朝廷追问真假，倒真不容易说清楚。至于富明阿怎样向僧格林沁和清廷报告，就不得而知了。
1989年在两江总督署东高楼遗址下挖掘出的一块石碑。上书“勋高柱石”四字。右边小字为“同治九年十月赐”，左边有小字“太子太保武英殿大学士两江总督一等毅勇侯臣曾国藩”。
疑忌归疑忌，剿灭太平天国毕竟是一大功劳，而且是无可替代的大功劳，清廷不能不有所表示。传说咸丰皇帝活着的时候，曾说过一句话：谁打下金陵就封他为王。但是自清廷平吴三桂等三藩以后，从无给汉人封王的事，而且那些疑忌曾国藩的廷臣们，也决不愿封曾国藩为王。于是便把爵位一分为四，给曾国藩和打金陵的三个功臣分别封爵。曾国藩为一等毅勇侯，世袭罔替，即可以代代世袭侯爵，又加太子太保衔；曾国荃封一等威毅伯，加太子太保衔（封侯时未定具体名称，“毅勇”等名称系1865年赐）；曾国荃部将、攻下金陵半月后就病死的提督衔李臣典封一等子爵；另一部将、提督衔萧孚泗封一等男爵。为曾国藩封爵的事还有一段故事，据说后来左宗棠平定新疆，朝廷中有人议封公爵，慈禧太后说，从前曾国藩克复金陵，仅获封侯，左宗棠系曾国藩所荐举之人，随左征西的老湘营及将领刘松山，都是曾国藩派遣和推举的，所以左宗棠的封爵不能超过曾国藩。于是封左宗棠为一等恪靖伯，再晋二等恪靖侯。李鸿章封爵，也是一等肃毅伯，死后才晋封一等侯爵。
曾国藩是8月26日（七月初十日）接到封爵的谕旨的。曾国藩还在与康熙年间平三藩时的封爵比的时候，在返回安庆的船上，又连续接到谕旨。一个是幼天王逃出金陵的事。这时北京朝廷接到左宗棠的奏报，说是幼天王洪天贵福逃出金陵，听说现在已到湖州，于是命曾国藩查办防范不力人员，并要求“从重严办”，其气势可谓咄咄逼人。正如赵烈文在日记中说的，李鸿章攻占苏州的时候，李秀成事先脱走；左宗棠攻占杭州的时候，全城太平军都突围而出。奏报上去以后，都获得朝廷的嘉奖。现在朝廷纠缠洪天贵福的问题，完全是与曾国藩兄弟为难。另一个是金陵的财物问题。上谕中先转述御史贾铎的奏疏，写道：“据御史贾铎奏，请饬曾国藩等勉益加勉，力图久大之规，并粤逆所掠金银悉运金陵，请令查明报部备拨等语。”然后说，如果金陵真有巨款，自然应该交给国家，作为军饷、赈灾用。但是，这道上谕的重点不在这里，重要的是其中借题发挥的几句话：
曾国藩以儒臣从戎，历年最久，战功最多，自能慎终如始，永保勋名。惟所部诸将，自曾国荃以下，均应由该大臣随时申儆，勿使骤胜而骄，庶可长承恩眷。
如果说前一个谕旨已是咄咄逼人的话，后一个谕旨更直点曾国荃之名，简直是丝毫不留余地。清廷并不是真的在乎金陵存有多少太平天国财物，其真实意图是借此压迫、贬低和威胁曾国藩：不要太得意，不要太自满，如果违背朝廷意旨，或有不轨的行动，朝廷随时可以将你们一免到底，甚至可以实行更严厉的惩罚。
这两道上谕，如果是在1857年曾国藩丁忧以前，很难想像他会作出什么反应，或气成什么样子。但现在的曾国藩再也不是从前的曾国藩了，他的性格更老到，他的经验更丰富，他的思想也更成熟了。对于这些指责甚至威胁，他的心里早已有数，也已有消解与清廷矛盾的办法，可谓成竹在胸。他是在8月25日、26日接到这两道谕旨的，他只在日记中淡淡地写道：“接奉廷寄二件，谕旨一件，内抄御史折片三件。”这一天，他照样办事，照样见客，晚上居然还温习《古文·传志类》一书，只不过一再劝解曾国荃宽心。
清廷是如此横蛮，对此，曾国藩有大的退让和保全之道，这我们留待后面再说。但是，他也不能完全让步。如果什么事都退让，那就成了柔弱可欺的懦夫稀泥软蛋了，长此以往，可能会任人宰割，这也不是曾国藩，他的倔强之气以及湖南人特有的蛮劲儿，虽然历经风霜雪雨，但并没有完全消弭。对这两件事，曾国藩都顶了回去。
对于洪天贵福逃出金陵，朝廷要他查办防守不力员弁的事，他斩钉截铁地回答“碍难查参”，他说：“是夕贼从缺口冲出，我军巷战终日，并未派有专员防守缺口，无可指之汛地，碍难查参。”他又举例说：“杭州省城克复时，伪康王汪海洋、伪听王陈炳文两股十万之众，全数逸出，尚未纠参。此次逸出数百人，亦应暂缓参办。”他还强硬地说：“向使破城之夜，该逆大开十三门，每门冲出数百人，不仅由缺口一路，官军亦未必能悉数截剿。向使李秀成不因乡民争匿，羁延时刻，官军亦未必能既脱复擒。”其言外之意，假使那样的话，你又能把将士怎样？
对于金陵太平天国府库财物之事，曾国藩推得干干净净，说是没有发现任何太平天国国库。并说：“然克复老巢，而全无货财，实出微臣意计之外，亦为从来罕闻之事。”历史学家大多认为曾氏兄弟将太平天国的财物私吞了，但是并没有凭据。赵烈文在日记中记述了湘军抢掠的行径，但没有涉及太平天国国库的情况，他既然记下湘军抢掠的情况，如果曾国荃有私吞太平天国国库的事，他应该知道，应该有记载。所以，这件事也算是一个无头案。
清廷方面，也觉得不能把曾国藩逼得太紧，假使真把曾国藩逼上造反之路，那也不是好玩的，要知道曾国藩手里握有全国最精锐的军队，周围有全国第一流的人才，长江流域几乎都是湘军的天下，曾国藩本人又威望甚高，真的造起反来，鹿死谁手，还很难说。所以，清廷有时打他一记闷棍，有时再给他一个甜枣。
对于金陵是否有太平天国大批财物，清廷表示不再追究。对幼天王逃走的事，也只是让各路军队尽快剿捕。又命凡同治三年六月也就是攻破金陵以前各路军队的用款，可以不必造册报销，只需开一个简明清单上奏。换句话说，就是这些年曾国藩花多少钱就算是多少钱，朝廷不予过问，当然，这些钱大多是曾国藩和支持他的地方官自己设法筹来的，清廷乐得做一个人情。对这一条，曾国藩在家信中也说朝廷体恤大臣。