太平天国的最后阶段，洪仁玕于1863年底奉命出外寻求救援，所以洪秀全死时，在天京的太平天国最重要人物是李秀成。李秀成当即拥护洪秀全的儿子洪天贵福继承天王王位，一般史书都称为幼天王。洪天贵福当时只有十六岁，不能主政，守城的事还是全靠李秀成。李秀成命严密封锁洪秀全去世的消息，所以直到湘军攻入天京，曾国藩、曾国荃还不知道洪秀全已死。
湘军攻破天京城这天，李秀成见势已无力抵抗，便辞别老母妻子兄弟，趁乱只保着幼天王突围。他见幼天王骑的马不好，就把自己久经战阵的坐骑给了幼天王，自己骑幼天王的马。选择什么地方突围呢？湘军最初是从天京城东方向攻入城的，城北江面上有湘军水师，如果按照一般人的想像，突围的太平军可能会从西或南两个方向冲出。可李秀成偏偏选择了人们觉得最不可能的地方，也就是湘军炸毁的城墙处冲出。这最不可能的地方，恰恰是湘军防备最薄弱之处。突围的太平军真的冲出来了！
我们仅从突围这件事，就可以知道李秀成其人。第一，他是个大忠臣。洪秀全已死，李秀成还能不顾老母妻子，保着幼天王突围，这样的忠臣千古少有。第二，他是个大智大勇不可多得的将才，选择了置之死地而后生的突围地点，真是虽败不乱。
但是，由于李秀成骑的是一匹劣马，又经过一天的征战，李秀成掉队了。天明以后，李秀成藏在一个破庙里，被附近村民发现。两天以后，村民因为分配李秀成所带的财宝不均，向湘军告密，李秀成被俘。太平天国璋王林绍璋以及萧朝贵之子幼西王、冯云山之子幼南王等都被追兵杀死，但幼天王终于逃脱。
7月23日，李秀成被押到曾国荃大营。曾国荃把刀和锥等兵器刑具放在面前，准备一刀一刀割死与他终日苦战、让他损兵折将的李秀成。有人将此事告诉了赵烈文。因为就此杀死李秀成，会有些麻烦，甚至如何向朝廷证明确实抓住了李秀成都有问题，所以赵烈文赶紧赶到曾国荃营帐劝诫。曾国荃开始时盛怒不听，让士兵割李秀成臂上之肉，鲜血一下子流出。李秀成默默忍受，不出一声。过了一会儿，洪秀全之兄洪仁达被带到，曾国荃命士兵也同样割洪仁达，洪仁达此时倒也表现得像一个大丈夫，与李秀成同样默不作声。赵烈文见无法劝解，便悄悄退出。但曾国荃忽然领悟赵烈文的用意，命将李秀成监禁，然后找赵烈文商量说：“此人缓诛亦可，吾恐有献俘等事，将益朝廷骄也。”最后决定，等曾国藩来到再作打算。
7月28日，曾国藩到了金陵。他面临的第一件事是如何处理善后，这我们以后再说。第二件便是找到洪秀全遗骸，以便证实洪秀全确实已死。7月31日，经一洪秀全天王府宫女指点，找到了洪秀全尸身。曾国藩见到这位老对手时，只见其全身用绣龙黄缎包裹，头秃，胡须微白稀疏。说也奇怪，上午本来还晴朗朗的天，曾国藩验完洪秀全尸身后，暴风骤雨突然降临，半个时辰后又突然停止。也许是这位在金陵坐了十一年的天王不甘心自己的失败，他的冤魂一定要看看打败自己的老对手究竟什么样，才终于归天，投入给了他精神力量的他的天父上主皇上帝的怀抱。
曾国藩的第三件事是如何处置李秀成。按照曾国荃原来的想法，本就想将李秀成立即就地处死，但这却是个十分敏感的问题，朝廷的意思是要将李秀成押送北京献俘，但由于路途遥远，曾国藩杀了李秀成四天以后，朝廷要求将李秀成和洪仁达押送北京的上谕才到达。曾国藩来到金陵以后，先让李秀成把自己参加太平天国造反的经历写下来。李秀成用了几天时间，共写了五万字以上，其中叙述了自己参加太平天国的经过，并总结了太平天国失败的教训，他自己称作“天朝十误”。对于李秀成的处置办法，曾国藩曾秘密征求亲信的意见，别人的意见现在已无从考察，赵烈文说：“此贼甚狡，不宜使入都。”最后，曾国藩还是决定，在李秀成将自述写完后，于8月19日，即同治三年的七月初六日，将李秀成处死。由此却留下了好几个千古之谜。
第一个谜是，李秀成想投降吗？
第二个谜是，李秀成被俘以后究竟对曾国藩说过些什么，曾国藩究竟为什么冒朝廷不满甚至责备的危险，将李秀成就地杀死，而不是押送北京。
第三个谜是，李秀成在他写的供词即自述中究竟都写了些什么。
这三个问题是互相关联的。
先说第一个谜，即李秀成投降与否，这已是一件历史公案。
李秀成被押到曾国荃大营的当晚，赵烈文曾与他有一次长谈。谈到最后，据赵烈文观察，李秀成有“乞活”，即求生之意，并说，现在各地都有他的部将活动，希望能写封信遣散他们，免得继续战争而被杀害。8月18日，也就是曾国藩杀李秀成的前一天，曾国藩亲自讯问了李秀成。据在场的赵烈文的记述，又说李秀成当时有“乞恩”之意。还有，李秀成在自述中又写了十条的“收齐章程”，其核心内容是愿说服太平天国的残余兵将放下武器，以免战斗不息，戕害生命，但要求清方不要杀害他们，让他们解甲归田。由此引出后人对李秀成是否要投降的猜测。以毕生精力研究太平天国史的著名专家罗尔纲先生一直认为，李秀成是假投降，行的是缓兵之计，苦肉之计，为的是能够设法再进行反清斗争，或掩护幼天王脱逃。罗先生的意见没有为多数学者接受，这本是一个学术问题，不同见解之间尽可争论，但早在“文化大革命”前，罗先生就被加上美化叛徒的罪名受到不公正的批判。点燃批判的第一把火的，便是后来著名的批判整人专家戚本禹。连带到曾家后人处拍照李秀成供词的吕集义先生和与罗尔纲先生观点相近或为罗先生辩护的茅家琦先生、苑书义先生（当时都还很年轻）都受到批判。至于文革中间，就更无法进行真正的学术研究了。直到如今，投降与否都缺乏确切的证据，遂成为千古疑案。
对于这个问题，我们也想提出一些看法，以向读者和历史学同行就教。一般来说，避死求生，是一个普通正常人的本能，但显然李秀成不是一个普通人，他参加反清战争十四年，一生都是在枪林弹雨中度过，他屡立战功，并成为太平天国领导层核心成员，这样一个李秀成要向清朝心悦诚服地投降，向他一直反抗的大清朝臣服，看来是缺少心理准备。但是另一方面有个关键，自从太平天国内讧以后，在太平天国的高级领导层中间，天国的理想、对皇上帝的信仰都已经破灭了。在此以后，李秀成只是凭着传统的对君上愚忠的观念效忠洪秀全，而洪秀全似乎又不是一个明君。现在，这个令人不能满意的君上也已经归天，李秀成要效愚忠的对象已不存在。因此，在理想破灭、君上归天，兵败被俘的情况下，想寻求新的出路，可能性是存在的。这并不只能用贪生怕死来解释。既想投降另寻出路，又不甘心臣服清朝，就可能有第三种选择。这要由我们介绍的第二个谜来寻求答案。
第二个谜是曾国藩为什么就地杀害李秀成，而不献俘北京。
曾国藩在讯问李秀成时，李秀成说了些什么，让赵烈文得出了“此贼甚狡，不宜使入都”的结论。我们认为最大的可能，是李秀成说曾国藩大有才干，手下兵强马壮，如今的清朝气数将尽，东南半壁已是湘军的天下，如果曾国藩想造反，自己愿效犬马之劳。当然李秀成这话不会是明明白白说的，而是相当婉转隐晦地说的。李秀成对曾国藩的印象相当不错，这在自述中多处可以见到。李秀成死前，曾国藩派人告知他要处死他的事，李秀成竟对来人说：“中堂（曾国藩）厚德，铭刻不忘，今世已误，来生愿图报。”这句话是赵烈文在日记中记下来的。临死之人，却向他的敌人说来生图报，从这字里行间，我们猜测，李秀成本来今生就要“图报”的，就是辅佐曾国藩干更大的事业。这便是李秀成的第三种选择——既不臣服清朝，也不再恢复太平天国的第三种选择。曾国藩既不想造反，当然不能让李秀成入都。另一方面，在曾国藩看来，李秀成在曾国藩面前极力赞美曾国藩，如果到京城，又何尝不可以在朝廷搬弄是非，让朝廷加深对曾国藩的猜疑，逼迫曾家兄弟造反。即使朝廷不完全相信李秀成，猜疑肯定会加深。金陵既然攻下，太平天国已算灭亡，曾国藩与清廷的关系已经十分微妙，这时候不能出新的问题。这就是赵烈文“此贼甚狡，不宜使入都”一句话的最好注脚。除此之外，曾国藩还有一些事情隐瞒了朝廷，如洪秀全本来是病死的，可曾国藩奏报却说是服毒自杀，等于是欺骗朝廷，这件事也不能让李秀成到北京说破真相。
第三个谜是李秀成供词之谜。
前面说过，李秀成在被害前写了五万余字的供词，现在一般称为《李秀成自述》。李秀成写完后，曾国藩立即予以删改，在李秀成被杀后，曾国藩将经他删改后的供词抄送北京朝廷一份，同时又在安庆刊刻向社会公开，后来书商曾据安庆刊刻本大量重印。但送军机处的也好，在安庆刊刻的也好，都是经曾国藩删改过的，李秀成写的原稿真本一直密藏在曾家，并且一直秘不示人。这引起人们很多猜测。到了1944年，正是抗日战争期间，广西通志馆为搜集太平天国历史资料，由吕集义先生到曾国藩后代家里借阅李秀成供词原稿，并有选择地拍了一些照片。照片拿回后，由罗尔纲先生作了一些考证后出版。出版后，引起了史学界的极大兴趣，并发生了许多争论。吕集义先生拍的照片并不是全文，次序也不免颠倒，因此，猜测比没有出版原稿前更多了。1949年，曾国藩的后人曾约农先生迁居台湾，将李秀成供原稿也带到了台湾。直到1962年，也就是李秀成写下供词的九十八年以后，曾家后代才将这部原稿真迹在台湾由世界书局影印出版。由于真迹的出版，对照当年曾国藩公开刊行的《李秀成供》，发现曾国藩对李秀成的供词作了不少篡改。这里仅举两类为例。第一类是隐瞒了洪秀全死因，李秀成自述原稿说：“天王斯时已病甚重，四月廿一日而故。此人之病，不食药方，任病任好，不好亦不服药也，是以四月廿一日而亡。”曾国藩改为：“因九帅之兵处处地道近城，天王斯时焦急，日日烦躁，即以五月二十七日服毒而亡。”第二是删去李秀成颂扬曾家兄弟的文字，如有一段说：“清朝有福，曾帅大人坚心耐苦，将士齐心，曾家亦有厚福，而辅清朝，得此城（金陵）而威扬天下，实中堂（曾国藩）之谋，九帅（曾国荃）之才谋算，将相用命，而成全功也。”被曾国藩改为：“清朝有厚福，而成全功。”又有一段讲曾国藩祁门被围时说：“中堂在祁门，被天朝（太平天国）之兵围屯。此非中堂不可，别人祁门不能屯稳也。此亦是清朝之福，中堂之福。”在真本影印本上可以看出，曾国藩先是删去“此亦清朝之福，中堂之福”，刊刻时，又将这段话全部删去。第一类篡改，是因为曾国藩未来金陵之前，在安庆向清廷的奏报中已说洪秀全系湘军攻城紧急时服毒而死，为使奏报前后一致，并显示湘军猛烈进攻的功劳，索性将李秀成自述改为一致。第二类显然是删去李秀成颂扬曾家兄弟的语言，以免引起清廷的猜疑。但是，曾家后人最后公布的真本也不是完全的，看样子可能被曾国藩毁掉了一些。曾国藩毁掉的当然是可能对曾家兄弟不利的内容，但究竟是什么呢？我们以为最大的可能是婉转劝曾家兄弟造反。这也是曾国藩要就地杀死李秀成的重要原因。因为曾国藩既不想造反，就决不能让李秀成到处乱讲。
然而，曾家后人最后公布的是否李秀成的原供词，学术界也有不同的看法。罗尔纲先生认为，曾家后人于1962年公布的李秀成自述是真的，是李秀成写的原稿，但曾经过曾国藩的删改、撕毁，目前史学界多数人接受这一说法；而另一位著名历史学家荣孟源先生却坚持说，它不是李秀成的原供，是曾国藩毁掉李秀成原稿后，参照李秀成原自述的内容，命人模仿李秀成的笔迹伪造的。两种意见大相径庭，却又各有道理。这样，李秀成自述就成为千古之谜。