湘军的创立，是曾国藩一生功业的基础。但湘军从筹创到发展，不但有触及清朝原有军政体制而引发的外部矛盾，而且其营垒内部亦非一帆风顺。湘军初期，曾国藩与王珍的矛盾就颇为尖锐，以至于曾国藩不得不将王珍清出门户，并得出“勉强合作，肝胆变楚越”的结论。客观而言，王珍在湘军初期贡献颇大。王珍本是罗泽南众多弟子中的佼佼者。他比罗泽南小十六岁。少时便自视甚高，他的启蒙先生曾经对他做过这样的评论：
王珍读书，穷极圣贤义理，志量宏远。尝书数语于壁上，谓“置身万物之表，俯视一切，则理自明，气自壮，量自宏。凡死生祸福，皆所不计”。
先生还说他体貌清瘦，目光炯炯射人，声大而远，说话如在瓮中，而滔滔不绝于词。二十四岁那年，王珍考中秀才，并转拜罗泽南为师。罗泽南一见王珍，便觉此人颇不一般，因此耐心督教，希望他将来能光耀师门。而王珍对罗泽南也十分崇拜。他曾这样评价罗泽南：其学行才识，为当时所罕见。续千载之坠绪，辟吾道之榛芜，倡明绝学，通达时务，诚为苍生而出。
王珍治军极严，常令士卒脚上缚铁瓦练习越濠，所演练的阵法都是自己亲自编制。每临阵多以奇计制胜。士兵们演练阵法时，耳听鼓声，目视帅旗，穿梭往来，变化无穷，却一点声音都没有。与太平军交战时，太平军曾将贵重匣箱置于地上，以为诱饵，但王珍的兵士都将它丢弃一旁，“莫敢启视”。一次追击太平军至嘉禾，途中粮草乏绝，不得已掘百姓山薯充饥，但士兵们都将铜钱藏入穴中，“以偿其值”，百姓大为感动，民间有为王珍立生祠者。没有战事时，王珍教士兵读《孝经》、《四书》，一时书声朗朗，俨然是童子习课。可见，王珍是知识分子治军的典型。而曾国藩初创湘军，也多得益于王珍的经验。
曾国藩在衡州练军时，把罗泽南、王珍、李续宾等人请来，一同定立营制章程，通过讨论、折中，最后通过了曾国藩手订的规制。曾国藩坚持“别开生面”，对营制的原则性看得异常重要，所谓没有规矩不成方圆。但王珍一则性格傲慢，自视甚高，二则手下有一大批得力人才，加之他认为自己是最早带勇的湘乡人，因此，并不完全接受曾国藩的约束。曾国藩将湘军的营地搬到衡阳后，立即写信给王珍，请他“即日来衡，共商一切”，并说：“募人之多寡，筹饷之有无，概待足下来商。”可见曾国藩最初很尊重这位对团练颇有经验的乡党。曾国藩还在给江忠源等好友的信中，称赞王珍是忠勇男子，是中流击楫的祖逖一类英雄。并说王珍每写信函，“热血激风云，忠肝贯金石”。但王珍回到湘乡后，十分张扬，出入都要敲锣打鼓，乡人为之侧目，又将勇丁多招至三千人。曾国藩听说后，立即去信制止，说新招的人最多不要超过三营，“不然，恐一到衡城，无粮可发，大为难事也！”按湘军规制，三营只是一千多人，这当然不为王珍所接受。
曾国藩主张“招一人即收一人之效”，即精兵厚饷之策。由于衡州没有多少饷银，因此王珍从巡抚骆秉章处请来一万银两后，去信给曾国藩表示仍招六营即三千人。曾国藩不得已表示同意，但坚持这些新招之勇必须训练，以免重蹈援江失败的覆辙。他提出，最好将队伍拉到衡州一同训练，如果实在来不及，也必须在当地训练一个月。即使湖北失守，亦不能将没有训练的队伍开赴前线。以后曾国藩又多次分别给骆秉章和王珍写信，坚持兵贵精、兵贵练的原则。他“并非不知兵勇宜多”，但恐两个月后，无饷可发，那时就成大包袱。
事实上，王、骆都没有采纳曾国藩的劝告。而且，更令曾国藩气愤的是，王珍带着这三千勇丁到长沙，与骆秉章来往密切，并渐渐流露出自成一军、不再听曾国藩指挥的倾向。
由于曾国藩对王的张扬、轻敌早已厌烦，现在又出现不听约束，另搞一套的事情，因此曾国藩考虑是否能与王珍共事，是否将王开除湘军之外的问题。咸丰三年十月他在写给骆秉章的信中说王“意气满溢，精神上浮，言事太易，心窃虑其难与谋大事”。又说王“血性可用，而近颇矜夸，悲其气不固，或致偾事”，当王珍意欲将刚招来的新兵派赴援鄂时，曾国藩“特作一书严切规之”。由于王招募的新勇要取自官帑，须纳入国家管辖的范围，这是曾国藩所不能允许的。
曾国藩所强调或坚持的是有一兵即有一兵之效，而且既然是“义师”，就不应仰食官府。因为一旦靠省里出钱，就必须为省中大僚所调遣，那样就会乱了湘军的大局。因此曾国藩写信给王珍详细辨明这一层，希望王珍能理解。
王珍对刘蓉十分钦慕，二人交往较早，曾在长沙一同论学。湘乡知县朱孙治初办湘勇，刘蓉极力推荐王珍。曾、王矛盾出现后，刘蓉写信给曾，劝其与人和衷共济，信中有“道路传闻，颇乖夙望”，“惟尊兄扩虚公之量以涵育群伦，推忠诚之心以奖掖未俗”，“若其不然，将人人秦越，步步棘荆，拂意之遭，不止一端而止”。曾国藩回信给刘蓉为己辩白。由于曾、王之间的事闹得很大，一时成为湖南省文武大吏谈论的“热点”。为了息事宁人，曾国藩采取低调处理。十一月初六，又写函刘蓉，说自己“作一密书与璞山，求吾弟亲携示璞山，字字皆心血结成，璞山能如吾之约，则一一照办，破釜沉舟，以图一举；若璞山必不肯从吾之约，则璞山当自成一军，而吾当补招三四营，别为一军。”
他请刘蓉所携给王珍的密信内容是：
近日在敝处攻足下之短者甚多，其来尊处言仆之轻信谗谤、弃君如遗者，亦必不少。要之两心炯炯，各有深信之处，为非毁所不能入，金石所不能穿者，别自有在。今欲多言，则反以晦真至之情，古人所谓窗棂愈多，则愈蔽明者也。特书与足下约，计必从鄙意而不可改者五条，不必从仆，听足下自为屈伸主张者三条，仆自密办，而不遽以书告足下者二条，并具于左。
曾国藩所写的“必从鄙意，而不可改者五条”是：
一、各勇宜操练两个月，体弱者、艺低者、油滑者，陆续严汰，明春始行远出。
二、每营必须择一营官，必划分出营数，全数交付营官，不必由足下一手经理。
三、器械必赶紧制办，局中窳脆之件，概不可用。
四、战船能多更妙，纵使不能，亦当雇民船百余号，与陆路之兵同宿同行，夹江而下。
五、凡兵勇扎营，即以船为市。所发之饷，即换吾船之钱。所换之钱，即买吾船之货。如此展转灌输，银钱总不外散，而兵勇无米盐断缺之患，无数倍昂贵之患。
年底，曾国藩又致信王珍，谈及太平军不过乌合之众，但其官职、营制，人数之多少，旗帜之分寸，号令之森严，尚刊定章程，坚不可改，何况湘军是奉朝廷之命而兴的君子之师？怎可参差错乱，彼立一帜，此更一制，不克整齐而划一？他要求“所定条款，务望遵从。即小处或有不当，亦当委曲商酌，不可遽尔违异”。
这是要王珍必须在遵守湘军的营伍制度与脱离曾国藩的湘军系统之间做一明确的选择。曾国藩所强调的不可更改的五条之中，最为关键的就是要求王珍自己只能统带其中的一营，其他各营由曾国藩另行委派营官统带，各营勇丁的数量也必须遵守湘军统一的营制，不得自行其是。勇丁在招募入营后，必须经过至少两个月的训练，才能开赴战场打仗。一句话，王珍必须听从他的指挥，否则，他就不承认王珍继续做他的部下。为了争取王珍，曾国藩写信请王到衡州商量各事，并约刘蓉同来。
王珍此时以为自己追随湖南巡抚骆秉章比跟着曾国藩走更有前途，便对曾国藩的警告不予理睬。骆秉章也趁机拉拢王珍，表示他所统带的三千勇丁可以不裁撤，并继续驻守在省城长沙。曾国藩看到局势已无可挽回，便与王珍一刀两断。
曾国藩与罗泽南关系和睦，属早年结交的乡友之一。考虑到这一层，曾国藩不愿与王珍闹翻，因此留有分寸。而这次曾、王之间的分歧，也是曾国藩与湖南省中大吏矛盾的继续。它反映了骆秉章急欲直接掌握一支部队，不愿在军事上完全依靠曾国藩。事实上，在此之前，曾、骆在调遣方面就有过不止一次的冲突。田家镇败后，太平军西上，骆令驻浏阳之邹寿璋营移防岳州，但曾却令邹原地防守，拒绝骆对湘军的指挥，且几次暗示骆的指挥昏庸，几同儿戏！省中官场对此不能不感到愤怒。长沙知府仓少平就致书曾，指责他的行为造成“号令纷歧”。骆自然更耿耿于怀，支持王珍，使王感恩不已，不仅可以一泄怨气，更重要的是王从此只能更依靠他，更听他的指挥。
由于王珍已不再归属自己统辖，因此曾国藩于咸丰四年初，复骆秉章信中曰：
璞山之勇，若归我督带，即须受我节制，此一定之理。侍于去年十月箴规璞山一函，业抄稿呈阅矣。厥后璞山复书，但求乞放还山，腊底侍又与以一书，兹抄稿呈阅。璞山复书，亦但乞假还山，而于侍书各条，并不一一答复。此其意岂愿与侍同事者乎？既不能受节制，自难带以同行。今日大局糜烂，侍岂复挟长恃势，苛人小节以自尊？又岂复妒才忌功，不挟健者以自卫？惟一将不受节制，则他将相效，又成离心离德之象，故遂决计不带也。
曾国藩终于说出了心里话。如果湘军多出几个王珍，那么，曾国藩“赤地立新”的原则就不能实现。那时，练再好的军队也只能像女大不由娘一样，远走高飞。这一点是曾国藩无论如何也不能接受的。他后来多次讲如果凑合共事，将来有大的事变，势必“肝胆变楚越”，仇怨相加，不可收拾，不如及早分开做事。当然，关键还是在由谁“节制”这个原则问题上有分歧。
以下我们看曾国藩一次一次拒绝出师，实际上也是基于他的建军原则。