2006年间，随着普京和他的强人集团着手加强对俄罗斯能源资源（其中有些属于外国公司）的控制，对俄罗斯的批评日渐增多。我们先前看到俄罗斯想将尤科斯卖给一家美国石油巨头，结果成了促成逮捕霍多尔科夫斯基，把他的资产收归国有的一个因素。现在，普京把注意力转向叶利钦和西方石油公司签署的所谓《共同生产协议》。根据这样的协议，外国石油公司负责出资进行勘探开发，一旦石油或天然气项目投产，该公司可以拿走初期收入以抵偿它投入的成本；此后的利润则由政府和公司（按商定比例）分享。
普京认为这些协议丧权辱国，只有自己没有技术能力采油的第三世界国家才做这种交易。1994年签署的第一份《共同生产协议》被称为萨哈林2号项目：一个叫萨哈林能源的财团，其中包括皇家荷兰壳牌石油公司（占55%的股份）和两家日本公司，三井集团和三菱集团，在俄罗斯远东的萨哈林岛（库页岛）附近开发巨大的油田和天然气田。协议中预计的开发费用为100亿美元，也就是说，项目投产后，在俄罗斯政府得到任何收入之前，壳牌石油公司及其合伙人先要扣除这笔钱。
然而，壳牌石油公司在2005年宣布说开发费用翻了一番，达到200亿美元。普京在当年11月访问荷兰时对壳牌公司的首席执行官杰罗恩·范·德·维尔进行了“狠批”。壳牌公司这么做就意味着俄罗斯要失去100亿美元的收入，这给普京推翻这个12年期的协议提供了借口。他在2006年期间通过阴谋策划和施加压力达到了目的。在政府战略的执行中起了重要作用的是一位环保积极分子，俄罗斯联邦资源利用监督局副局长奥列格·米特沃利。2006年5月，监督局远东地区代表来到莫斯科找米特沃利，向他出示了一些照片。“令人难以置信，”他回忆说，“从照片上看到大片的森林被连根拔起，山体滑坡，一片大规模的混乱。我问他们‘这是在干什么’，他们说是萨哈林能源在修造输油管。”[1]修造输油管的工程包括大约1000根管道穿过鱼类产卵的河流，阻断了鱼群逆流而上的水路。
米特沃利全身心地投入了抗争。他把记者带到萨哈林向他们展示当地受到的破坏。资源利用监督局估计只是清理阿尼瓦湾就要耗资500亿美元，因为对阿尼瓦湾的大规模疏浚毁坏了渔场（壳牌公司对此予以否认）。
当时大多数观察家都认为米特沃利是在奉政府之命，挖掘一切丑闻来支持政府对壳牌公司的指控。报纸称他为克里姆林宫的“鹰犬”。但是，他坚持说他的行动完全出于对环境的关心，他与绿色和平组织和其他环境团体的合作比和克里姆林宫的合作更为紧密。他甚至说他有一次接到了一位“高官”的电话，对他发表的过激言论“破坏投资气候”表示关注。和我交谈过的其他环保人士说他们相信他的话。他们也为森林和海洋生物遭到的破坏而感到震惊沮丧。他们知道米特沃利是真正的环保斗士，他在环保方面还有其他成就，包括帮助劝说普京禁止猎杀海豹。
即便如此，米特沃利如果没有最高层的支持，绝不可能对一个重要的外国投资者进行如此规模的抗争。壳牌公司的日子越来越不好过。12月，萨哈林能源在压力下屈服了，把51%的股权出售给俄罗斯天然气工业股份公司。普京成功地把这个世界上最大的石油和天然气混合项目重新收归国有。在签字仪式上，总统宣布可以认为环境问题“已经解决”。萨哈林危机结束了，但克里姆林宫的蛮横手法给俄罗斯吸引外资的努力造成了长期的破坏。
对普京来说，这只是把俄罗斯的战略能源留在或收归国家控制之下的大战略的一部分。俄罗斯欢迎外国公司参加合资项目，但它再也不会像叶利钦那么草率地把资源拱手让出。俄罗斯起草了新法，限制外国公司参与42个产业，其中包括军工和飞机、渔业、贵重金属和碳氢化合物。
普京对别国的战略资产却没有那么多顾忌。随着石油价格的上涨，克里姆林宫的钱袋被石油美元塞得鼓鼓的，于是俄罗斯开始寻求对外投资。俄罗斯天然气工业股份公司对购买英国最大的天然气供应商森特里卡表示了兴趣，随后又开始谈判，要购买位于奥地利鲍姆加登的欧盟天然气供应的主要分配中心——中欧天然气枢纽50%的股权。欧洲委员会阻止了这一行动。
2006年9月，消息传来，国家控股的俄罗斯外贸银行悄悄地购买了欧洲航空防务航天公司5%的股份。欧洲航空防务航天公司是世界最大的航空航天公司，主要生产空中客车飞机，还生产许多防务设备。普京的外交事务顾问谢尔盖·普里霍季科建议购买更多股份——比如25%——这样就可以对公司的重大决策拥有否决权。安格拉·默克尔听说后，明确地对法国总统希拉克说绝不能允许此事发生。9月底，希拉克和默克尔在巴黎附近的贡比涅会见了普京，告诉他这笔投资不受欢迎。
普京在10月份访问巴伐利亚时嘲笑西方的紧张：“干吗这么歇斯底里？来的不是苏联红军，是拿着钱来投资的俄罗斯商人。”
[1] Interview with Oleg Mitvol,14 April 2010.