荆扬再启衅
桓玄割据荆、江两年，坐观下游朝廷与天师道的鏖战。他不向建康朝廷交纳税赋，甚至不允许商人向下游贩运粮食、物资。朝廷财政极度匮乏，只能用糠麸、橡子做军粮。桓玄还屡次向朝廷报告，说荆、江二州频频出现各种祥瑞，暗示自己有龙飞之兆。
孙恩从建康城下撤走后，丞相司马道子派人把战报送给桓玄，称当今朝廷有栋梁之材，希望他的野心降低一些。但桓玄给司马道子回信，语气极为放肆：“贼兵此次至京城，只是遇逆风不能进兵、下雨不能纵火，粮尽而去，并非被朝廷击败。如今朝廷的重臣，哪个有一点点才能声誉，而敢自称栋梁？简直令人无法置信！今日江东之祸，都是多年来执政者姑息殆政造成的，朝中君子惧祸，不敢明言，桓玄身在远州，才敢说两句实话而已！”
随着天师道势力逐渐远去，掌控朝廷的司马道子产生了错觉——严格说，是司马道子的儿子司马元显。元显此时年方十七岁，却有了取代父亲的趋势，朝臣私下都称他“小郎君”。司马道子终日酗酒，醉多醒少，朝政实际落入司马元显手中，元显觉得有北府兵可以依赖，想一举除掉割据上游的桓玄。
402年正月，小郎君司马元显通过傀儡皇帝堂兄发布诏书，历数桓玄罪行，宣布由自己领兵讨伐，以刘牢之为前锋都督。但元显和四年前的王恭一样，瞧不起军人出身的刘牢之，刘牢之也同样不信任这个骄狂的黄口小儿，他担心一旦除掉桓玄，自己难逃兔死狗烹的命运。这两人的经历、性格差异太大，完全没有共事的可能。
桓玄有堂兄在建康做官，他将司马元显的计划密信告知桓玄。桓玄没料到朝廷会这么快和自己决裂，顿时大惊，准备坚壁清野，固守江陵城。部下劝他：建康内部人心不稳，刘牢之未必甘心服从司马元显，所以不能坐等下游来攻，应该先动手直取建康。
桓玄听从这个建议，一边集结军队准备东下，一边发布檄文，宣扬司马道子、元显父子的罪状，声称要带舰队顺江而下，入京清君侧之恶。
看到桓玄起兵檄文，司马元显同样吓破了胆。他本以为桓玄得知朝廷宣战，会不战而屈，急忙投降，没想到却引来一场大祸。现在他只能学习乃父，靠酗酒逃避即将到来的战争。刘牢之几次找他商议军情，司马元显都在大醉昏睡之中。
二月，朝廷西征的舰队就要出发，白痴皇帝司马德宗在弟弟德文的陪伴下，亲自为司马元显饯行。送行宴结束，司马元显登船，紧张得说不出话来，竟不能下达启航的命令。出征像儿戏一般中止下来。建康百官在惊恐无措中等待着来自上游的命运。
刘牢之再倒戈
桓玄率荆州军自江陵启航后，一直瞻前顾后，精神紧张，数次想掉头西还。他的部下知道这是在对抗朝廷，也士气低下，怨声载道。但一路直到寻阳，都没有见到迎面驶来的朝廷舰队，荆州官兵士气开始振作起来——看来朝廷不敢迎战。
十八日，桓玄前锋终于遇到了一艘逆流而上的船。船上是朝廷派来的齐王司马柔，他手持象征皇帝急令的驺虞幡，向桓玄军人传达诏命，要荆、江二州将士罢兵返航，朝廷定将做出宽大处理。
桓玄军队顿时一片欢腾：这是司马元显彻底屈服了。士兵把司马柔按倒在船舷上，砍下了脑袋。
二十六日，桓玄舰队抵达豫州治所历阳城下。这里的刺史是倾向朝廷的宗室司马尚之。桓玄军焚烧了停泊在岸边的豫州舰队，登陆冲向历阳城。司马尚之出城迎击，但他的部下临阵逃散，司马尚之被俘，其弟司马休之逃亡后秦。
刘牢之正带北府兵驻扎在下游不远的溧洲，负责堵截桓玄。刘裕也在刘牢之麾下，他和刘牢之的儿子刘敬宣、外甥何无忌一起，请求援救司马尚之，但刘牢之犹豫不从。他觉得不值得为司马道子父子作战。
桓玄趁机派人游说刘牢之，劝他倒向自己。刘牢之颇为动心。刘敬宣、何无忌、刘裕等都强烈反对，认为桓玄一旦得势，将大不利于北府将士。刘牢之大怒道：“我难道不知道这个？只是除掉桓玄之后，我怎么能跟小郎君相处！”他在矛盾中权衡，觉得倒向桓玄对自己比较有利。
三月一日，刘牢之派儿子敬宣赴桓玄军营请降。桓玄大喜，设宴招待刘敬宣，取出自己收藏的书画名作共同观赏，还任命刘敬宣为自己幕府的僚属。席间作陪的荆州僚属、军官都已经看出，桓玄得势后肯定要除掉刘牢之，而刘敬宣尚浑然不觉。诸僚属都偷偷相视而笑。
刘牢之的北府兵被桓玄解除了武装。得知桓玄占据豫州、收降刘牢之，小郎君司马元显没有退路，再一次准备出征，又再一次气馁退缩。桓玄军此时开到建康，在城南的新亭码头登陆。
司马元显率军在建康南门外列阵迎战。军中忽然传开消息，说桓玄军队已经从侧翼包抄，占领了秦淮河浮桥。元显又不敢前进，准备退回建康宫城固守。惊恐纷乱中，桓玄前锋军出现在视野里，他们拔刀大呼：“放下兵器！”
朝廷全军顿时溃散，元显逃入司马道子的丞相府中，父子抱头大哭，直到被赶来的桓玄军人分开。
桓玄从新亭开进了建康，举行朝见皇帝司马德宗的仪式。
三十年前，他父亲桓温也是从这里在朝廷百官的战栗簇拥下进入建康，朝见今上的父亲、孝武帝司马德明。三十载春秋轮回，恍如一梦。不同的是，当年的桓温已是风烛暮年，而今日的桓玄年方三十四岁。
就像傀儡从一只手换到了另一只手一样，皇帝诏书任命桓玄为丞相、扬州牧，其他诸州刺史也都由桓玄的堂兄弟们担任，其中任徐州刺史、掌控北府兵的是桓修。诏命将司马元显、司马尚之等弃市，在建康市场中砍头示众。司马道子随后也被害死。
桓玄还需要熟悉朝廷事务的人，他选择了高门出身的王谧。王谧是东晋开国丞相王导的孙子，桓玄刚刚举兵时，他曾作为皇帝特使到荆州，劝说桓玄不要兴兵，私下却对桓玄俯首称臣，桓玄因此很信赖他，任命他为中书令，这是为皇帝起草诏令的官职。至此，桓玄已完全控制东晋朝政，成了南国的新主人。
清洗北府
控制建康政局后，桓玄任命刘牢之担任会稽内史（太守），这是将他调离北府兵大本营京口。刘敬宣向桓玄请示，说要去军营劝导父亲，让他接受这个现实，桓玄同意。
刘牢之这才明白桓玄要对自己下手了，儿子劝他举兵突袭桓玄，刘牢之犹豫不决，叫来刘裕偷偷商议，说准备投奔在广陵的女婿高雅之，割据江北抗衡桓玄，问刘裕是否愿意同去。
刘裕说：“将军当初有劲兵数万，却甘心望风投降。如今桓玄已经得志，朝野都没人敢作对，您到广陵又能有什么作为？我如今只想回京口当个百姓了。”他预料到刘牢之必将失败，收拾行装准备回家。
何无忌也来向刘裕咨询：主帅此举能否成功，自己应当何去何从？刘裕劝他：现在举事肯定不能成功，不如跟自己回京口静观时变，以图后举。于是两人离开军队，回到了家中。
刘牢之还不甘心，准备拼死一搏。他派敬宣秘密回京口迎接家眷，一边把所有部属僚佐召入帐内，讲了自己的计划，询问诸人意见。
追随他三十余年的老部下刘袭首先反对：“最危险、大逆不道的就是反叛。将军您往年反王恭，近日反司马郎君，现在又要反桓公。一人三反，怎么能成功！”说完起身出帐，其他部属也纷纷起身离去。
刘牢之在士族的内战里左右摇摆，把握不住自己的命运，这导致部属们对他丧失了信任。他的犹疑失策，并不只是个人的性格弱点，也是历经百余年士族专政之后，军人阶层被彻底边缘化的结果。
刘牢之是士族专权时代成长起来的职业军人，文化不高，几乎不识字，对一切和“文字”有关的公文、朝廷运作都抱着敬畏的心态，从没有过染指政坛、取代士族的野心。毕竟，士族专权已经百余年，除了靠宗教凝聚信徒的天师道，还没有出现能和士族们抗衡的政治势力。刘牢之曾一度有这种实力，但他没有驾驭局势的能力和信心。在这个时代，从职业军人到政治家，中间的鸿沟实在太宽。
刘牢之感觉大势已去。到了约好的时间，刘敬宣还未带家眷赶来，他以为风声已经泄露、敬宣已被桓玄捕杀了，就带少量亲随渡江北逃，行至江中的新洲时，他在绝望中上吊自杀。刘敬宣随后带家人赶来，看到的只是刘牢之的尸体。他们急忙逃奔广陵，在那里与高雅之会合，西上投奔了后秦姚兴。
老部下殡殓了刘牢之的尸体，运棺木回到京口。桓玄下令剖棺斩首，陈列在京口示众，以此震慑全体北府将士。
解决掉刘牢之后，桓玄再无敌手。当年桓温废晋称帝的梦想，现在看来已是触手可及。桓玄要做的是让这个过程更顺畅一些。他仿效父亲当年故技，也离开建康坐镇姑孰，靠家人和亲信控制朝政。
趋于熄灭的天师道势力，此时又在抬头，开始袭扰海滨。据说孙恩在一次作战失利时落水淹死，信众推举他的妹夫卢循为首，他们相信孙恩没有死，而是化作了“水仙”，继续保佑他们作战。桓玄希望招安卢循，但卢循频繁劫掠浙东沿海。
为扑灭天师道，桓玄想到了刘裕，任命他为徐州刺史桓修的中兵参军。当时刺史的军府中，指挥州府直属军队的军官为中兵参军，指挥郡县地方军队的为外兵参军。刘裕受命赴浙东与卢循作战。
但对于刘牢之的北府旧部，桓玄仍充满了警惕。特别是那些在淝水之战时就已上阵立功的老将，他没有信心驾驭这些武人，只能罗织罪名大肆诛杀。当初不肯随刘牢之起兵反桓玄的刘袭及其弟刘季武，已经逃奔后秦的高雅之之父高素等，都被桓玄逮捕处死。
刘袭兄长刘轨此时正驻军北境山阳，他愤然起兵反抗桓玄。北府旧将纷纷赶来投奔，已经逃到后秦的刘敬宣、高雅之、司马休之等人，也赶到山阳参与起兵。
桓玄急忙调兵进剿，他用的是已经投靠他的北府老将、刘裕的第一位上级孙无终。孙无终军队迅速攻克山阳。刘敬宣等只好投奔南燕慕容德。
但两个月后，孙无终也被处死，桓玄决心清除篡晋之路上的任何潜在敌人，北府旧将都将难逃厄运。这些人也和刘牢之一样，只会带兵打仗，没有政治眼光和判断力，最后的结局是自相残杀和被清洗。
桓楚帝业
作为士族中人，桓玄的文采颇高。当年他占据荆州时，冬雪始降，下属五府贺雪的简牍同时送至，桓玄坐在厅上，取笔在简牍后面依次作答，五篇答书各不相同，都不假思索而粲然成章。闻知同党王恭兵败身死时，他正在江陵城楼上观景，凭栏沉吟片刻后提笔濡墨，一篇华丽的诔文瞬时而成。
数年来，朝野对司马道子、元显父子的昏庸腐朽已怨声载道。桓玄入京后斥退了司马道子提拔的小人，另选了一些有声誉的门阀人士进入朝廷，颇有一番新气象，人们希望桓玄能有一番作为。
但桓玄利用堂兄弟们控制朝廷和诸州后，提出的都是一些毫无实际意义的政策，比如废止钱币、用谷物和丝织品交易，以及恢复肉刑等，而且朝令夕改，法度无常。这年扬州再次发生大饥荒，浙东一带尤其严重，许多百姓饿死，其余的只能投靠天师道，以到处抢掠为生。
桓玄的奢靡丝毫不亚于前任，而且还有符合士族口味的精致讲究。他喜爱珍宝、字画，听说谁有此类收藏，便要千方百计搞到手。不好意思直接索要时，就以赌博为借口强夺。他尤其喜欢幽雅的园林宅邸，不仅强占他人宅院，还派人四处寻找珍异的花卉、竹树，不远千里也要掘运到自己府中。
桓玄唯一对自己缺乏自信的方面，就是武功。他没打过仗，当初他以一介士人取代殷仲堪、夺取荆州，又下扬州控制朝政，都顺利得如同儿戏。这些成功只是因为他对手太低能，此时连王导、谢安甚至桓温那样的所谓人才都没有了。但桓玄不想在这方面示弱。他向朝廷上表，请求北伐姚兴的后秦，随后马上失去自信，不愿北征，又暗示朝廷下诏阻止——此时替他控制朝廷的，是他的堂兄桓谦。
为显示自己的出征决心，桓玄还命人修造轻舟，专门装载自己收藏的书画、宝物。有人不解，桓玄解释说：“战事凶险，万一有意外，便于运输。”这些言行在朝野逐渐传为笑谈。
403年，卢循的天师道军两次侵入浙东沿海，都被刘裕击退。刘裕没有穷追，而是回师驻防山阴。他要提防桓玄，避免兔死狗烹的下场。
何无忌自从离开刘牢之后，一直在京口家中赋闲。他通过朝廷中人向桓玄传话，希望能获得一个荒远县令的职位，以此试探桓玄是否愿意放过自己。结果桓玄没给任何回音。何无忌感到性命难保，情急之下，偷偷前往山阴前线见刘裕，劝他趁兵权在手，起事反抗桓玄。
刘裕也一直在警惕着，他在担心天师道平定后的处境，请山阴当地的富豪孔靖来一起谋划。孔靖以前曾多次资助刘裕军队的军饷，两人关系极好。他给刘裕分析：山阴距离建康太远，贸然起兵恐怕难以成功；从桓玄的举动看，近期肯定会篡位称帝，所以应该等到他野心彻底暴露，再在京师周边起兵，最能得地利、人和。刘裕因此暂时中止了起兵的想法。
这年九月，桓玄操纵朝廷策命自己为楚王、相国，加九锡。桓温到死都没等来的九锡象征，现在他也轻易到手了。此时，刘裕受命留部队驻扎山阴、自己赶回京口复职，继续担任徐州刺史桓修部下的中兵参军。
到京口后，主持朝政的桓谦赶来见刘裕。此行名义上是表彰刘裕平定卢循的战功，但他负有桓玄嘱托的要事：试探刘裕对自己称帝的态度。
两人单独相处时，桓谦说：“如今楚王（桓玄）功勋卓著，群臣之情，都觉得晋帝应当禅让大位。不知您以为如何？”
刘裕没有表示异议：“楚王是功臣之子，又有安定天下的大功，晋朝微弱已久，民心已去，改朝换代有什么不对？”桓谦大喜：“这是大事，但只要有你支持，就真可行了！”
这一年，江南的冬天格外寒冷。肃杀寒风中，桓玄代晋称帝的行动正在紧锣密鼓地进行。他让亲信拟好了禅位诏书，逼白痴司马德宗自己动笔抄写一遍，正式召集百官发布。但白痴皇帝对传国玉玺十分迷恋，把玉玺的绶带缠在自己手腕上，抱在怀里不愿交出。司徒王谧连哄带吓，给皇帝解下绶带，拿到了玉玺。他带着百官、捧着玉玺乘船到姑孰，向桓玄劝进。桓玄在姑孰举行祭天仪式，正式宣布称帝，建立楚王朝。
随后，他带百官到建康，正式入居宫城。他体重太大，第一次坐上朝堂的御床时，居然把床坐塌了。群臣都不禁失色，觉得这不是个好兆头。被桓玄杀死的殷仲堪的堂弟、此时已变节投靠的殷仲文①大声说：“这恐怕因为是圣德深厚，大地不能承载吧？”桓玄和群臣这才释然。
随后，司马德宗一家被送往寻阳囚禁。司马氏的晋王朝至此成为历史。
404年正月，桓玄的楚王朝迎来了第一个新年。各地官员和宗室诸桓都赶到京师朝觐，刘裕也随府主桓修来到建康。桓玄留他们在京师住下，他还多次让刘裕参加自己和皇后召集的宴会。
有人劝桓玄：刘裕不是久为人下之辈，应当早做处理。但桓玄对这个中年军官总有种莫名敬畏。刘裕身上有桓玄最缺乏也最羡慕的经历——战功，那衣服掩盖不住的遍体伤疤，打量人时先留心脖颈的不经意习惯，都让桓玄感到隐隐的威慑。
桓玄想通过刘裕向北府将士释放宽容、和解的信息；另外，他和堂兄桓修关系不好，也需要有人牵制桓修。所以桓玄迟迟没有除掉刘裕，还发诏书表彰刘裕平天师道的战功，承诺要为伤亡将士记功颁奖。
建康的天气似乎预示着桓楚王朝命运惨淡。正月里，建康连日大雪，常绿的竹林都被压垮。阴云中时而传来隆隆惊雷。二月二日夜间，海潮倒灌入长江，又冲入秦淮河口，这里停泊着上千艘各地贡使及商旅的船只，全部被惊涛打翻。破碎的船板杂物和尸骸布满水面，惨叫声响彻夜空。江南历史上还未有过如此惨烈的涛水之灾。①
夜空里的惨叫喧哗声传入皇宫，惊醒了桓玄，他还不知道是水灾，惊恐地说：“奴辈果真造反了！”
桓玄努力撑起身份，使自己一举一动像个合格的皇帝。但刘裕仍察觉到了桓玄的紧张和不安。就像猛兽嗅到了猎物惊恐的气息一样，这会刺激它杀戮的冲动。何无忌此时也在建康，在偷偷联络对桓玄不满的官员。刘裕觉得时机已到。桓修起身返回京口时，刘裕称自己旧伤发作，不能骑马，要单独乘船返回，他密约何无忌同船，两人一路上商定起兵计划。
北府密谋
刘裕举事，首先要夺取京口。同时，广陵与京口只有一江之隔，是桓修之弟、青州刺史桓弘的驻地，要和京口一起夺取。刘裕的幼弟刘道规正在桓弘手下，职务和刘裕一样，也是中兵参军。
青州主簿孟昶也是京口人，是刘裕旧友，颇有文采。桓玄曾准备提拔他做尚书郎，向孟昶的同乡刘迈询问：“此人声誉如何？”刘迈说：“只听说他们父子二人，整天写诗互相唱和。”桓玄一笑之下放弃了此念。孟昶见仕途无望，决心与刘裕、刘道规兄弟同谋。孟昶妻子周氏，此时正在家中哺育幼子，她家中富裕，看到丈夫整天忙于奔走联络，猜到有大举动，把钱财都交给孟昶支配，购买军资器械。
此外，刘迈的弟弟刘毅，以前也是刘牢之部下军官，曾担任刘道规的副职，此时正在京口的家中服丧。他轻侠好赌，与何无忌是旧交，但与刘裕不熟。何无忌找到刘毅，经过言语试探，把他也拉到了密谋团体中。刘毅受命秘密潜回广陵，准备和刘道规、孟昶一起举事。
刘迈在建康朝廷供职，在桓玄面前取笑孟昶的就是他，此时也随弟弟加入了密谋团体。他和王元德、王仲德兄弟密约，准备和刘裕等一同起兵占领京师。王氏兄弟本来是北方人，苻坚败乱后南迁投奔桓氏家族。王元德提出：桓玄最近经常出宫游猎，禁卫疏忽，可在都城街道设伏，一举除掉他。
此外，刘裕还争取到了琅琊人诸葛长民。侨立的琅琊郡在京口近郊，他们也是老相识。诸葛长民胆大有勇力，为恶乡里，名声很坏。他曾在豫州军府任参军，因贪污被免官，此时正在家居。和刘裕等密谋后，他悄悄潜回豫州治所历阳，准备杀掉刺史刁逵，起兵造反。刁逵也是京口人，且是当地豪强，父子两代追随桓氏，很有势力。
在广陵、建康、历阳起兵的安排之外，最重要的是在京口举事的部署。刁逵的弟弟刁弘正给桓修担任司马，掌握徐州兵权，是刘裕起事最大的障碍。
刘裕往年征讨天师道的战斗中，提拔了一些作战勇猛的农民、乡党。这些人现在都乐意随他起兵。二弟刘道怜也加入了密谋。
刘裕妻子臧氏的两个兄弟，哥哥臧焘一直读书教学，不愿参与战争；弟弟臧熹本来也读书治学，但自从天师道兵乱以来，他觉得书生在乱世里最无用，开始放弃读书练习战斗，有追随姐夫立功的志向。此时臧熹得到通知，也带着三个堂弟和侄子赶来。
北府军将檀凭之和刘裕素来交好，他可能是老将檀玄的后人，参与过平定天师道的战争，现在正在家中服丧，也带着五个侄子加入刘裕团体。
此时在京口追随刘裕的，还有吴兴沈氏家族的五兄弟。
沈氏兄弟和刘裕的结缘颇有戏剧性。这个家庭是吴兴大族，世代修炼天师道。五年前，孙恩的天师道军起兵时，五兄弟的祖父沈警、父亲沈穆夫都积极起兵响应，被孙恩任命了官职。年底时天师道军被刘牢之击败，沈穆夫也战败身死。沈警想带子孙们逃窜山林，被仇人告发，他和五个儿子都被俘处死，头颅送往建康示众，只有孙子辈的沈林子五兄弟逃出，躲入山林避难。
刘牢之等军队都以抢劫为务，当地人非常害怕，只有刘裕部军纪较好，受乡人欢迎。这时浙东地区陷入大饥荒，百姓多易子而食，仇人对沈家五兄弟也追捕甚急。十四岁的沈林子自思难逃一死，居然找到刘裕军营，垂泣坦承自己家世和遭遇，愿意归罪请命。这个主动投到军营里的少年让刘裕十分吃惊，他赞赏沈林子的勇气，决心为沈氏兄弟提供保护。沈氏家族世代奉道，刘裕不想让他们和昔日的教友作战，就送五兄弟到京口，安置在自己家旁边，以防仇人追杀。此时，刘裕准备起兵，已长大成人的沈氏兄弟也投身其中，沈林子这年十八岁。
刘裕与诸人约定，二月二十八日，建康、京口、广陵、历阳四城同时起兵。
夜间，何无忌躲在家中的屏风后面草拟檄文。何母是刘牢之的姐姐，看到武人儿子忽然动起笔墨，十分吃惊，她偷看何无忌的檄文后，不禁喜极而泣：刘牢之之仇终于可雪了。