“江南佳丽地，金陵帝王洲”。
多次作为国都的南京，于咸丰三年成为太平天国的都城。清朝的统治受到了比“三藩之乱”还严重的威胁。太平军自出广西以来，九个月间，军行三千余里，横扫长江五省，兵力增至三十余万。二月二十一日，即南京被攻陷的十天，向荣统帅清军一万四千人在南京城东朝阳门外的孝陵卫扎营，这就是江南大营。三月初九，钦差大臣琦善在扬州城北雷墉集扎营，直隶提督陈金绶、帮办军务大臣胜保扎营城西北帽儿墩，距扬州三里，这就是江北大营。江北大营有兵万人。清廷的战略明显处于守势，即坚决阻止太平军越过长江，向北发展。当然，伺机进攻江南，以动摇太平天国的基础，也是战略的组成部分。按照这一部署，琦善着重布防淮、扬，以期前扼江北，为南岸声援；后据黄河，为北路屏障。而向荣则相机进兵。由于太平天国于五月自扬州开始北伐，同月又沿长江流域而上展开西征，因此，清军的作战区域急剧扩大，形成了以天京为中心包括扬州、镇江的东战区；在直鲁境内和太平天国北伐军相持的北战区；以武汉为中心争夺两湖的西战区。
太平天国定都天京后，据有武汉、九江、安庆，在长江中下游占有“形胜之地”，而其北伐军又势如破竹，一直打到天津以南之静海，距京师仅二百里程。故打乱了清廷的部署，保守京师成为重中之重。清朝把最精锐的力量布置在直鲁，这就是僧格林沁、胜保统带的八旗绿营，并配有从内蒙、东北调来的满蒙骑兵、步兵；东战区即向荣、琦善统带的八旗绿营，即江南、江北两大营；西战区有驻守湖北，由吴文镕统带的绿营兵，以及尚在湖南的湘军。这样的兵力部署反映了八旗绿营仍占主导地位，而新起的湘军属于配合作战。咸丰帝之所以在两三月间令曾国藩忽而援鄂，忽而援皖，就是认为湘军属配合作战。而曾国藩四拒咸丰帝的出兵之旨，除了准备不充分外，就是不愿充当附庸。
但随着战局的变化，八旗绿营愈来愈弱，而湘军则愈来愈强。此时太平天国方面，由于北伐军被阻截，东战区扬州被围而告急，西战区因兵力不足而退出汉口、汉阳，东王杨秀清决定缩短战线，夺取安徽，再集中兵力继续西征，攻占两湖。太平军自咸丰三年六月入江西，取九江湖口，进围南昌后，于十二月破庐州，安徽巡抚江忠源死亡。因此，咸丰四年春，两湖成为双方争夺的焦点，在很大程度上成为影响全局的关键。
吴文镕统领的绿营兵于咸丰四年正月在黄州附近被歼灭后，湘军成为两湖战场上清军唯一的主力部队。随后，太平军三克汉阳、汉口，进围武昌，前锋直逼湖南北大门岳州。
在此形势下，曾国藩于咸丰四年正月二十八日，在水师未经训练、洋炮未到齐的情况下率师自衡阳出战，并发布著名的《讨粤匪檄》，以图在政治思想上动员统治阵营的中下层人士，共同向太平天国展开进攻。文章的第一段极尽诋毁太平军之能事，以地域观念打动长江流域之人，并分化太平军；第二段是对孔孟之道的卫护：
自唐虞三代以来，历世圣人，扶持名教，敦叙人伦，君臣父子，上下尊卑，秩然如冠履之不可倒置。粤匪窃外夷之绪，崇天主之教，自其伪君伪相，下逮兵卒贱役，皆以兄弟称之，谓惟天可称父，此外凡民之父，皆兄弟也，凡民之母，皆姊妹也。农不能自耕以纳赋，而谓田皆天王之田；商不能自贾以取息，而谓货皆天王之货；士不以诵孔子之经，而别有所谓耶稣之说、《新约》之书。举中国数千年礼义人伦、诗书典则，一旦扫地荡尽。此岂独我大清之变，乃开辟以来名教之奇变，我孔子孟子所痛哭于九泉！凡读书识字者，又乌可袖手安坐，不思一为之所也！自古生有功德，没则为神。王道治明，神道治幽，虽乱臣贼子，穷凶极恶，亦往往敬畏神祇。李自成至曲阜，不犯圣庙；张献忠至梓潼，亦祭文昌。粤匪焚郴州之学宫，毁宣圣之木主，十哲两庑，狼籍满地。嗣是所过郡县，先毁庙宇，即忠臣义士，如关帝、岳王之凛凛，亦皆污其宫室，残其身首。以至佛寺、道院、城隍、社坛，无庙不焚，无像不灭。斯又鬼神所共愤怒，欲一雪此憾于冥冥之中者也！
这篇檄文具有极强的鼓动性，曾国藩利用太平天国文化政策的致命弱点，采取了积极的反击。太平天国伊始，所到之处毁孔庙、焚圣像、拆寺院，独尊“真道书”，宣布“四书”、“五经”为妖书邪说，“凡一切孔孟诸子妖书邪说者尽行焚除，皆不准买卖藏读也，否则问罪”。如有私留者，搜出即斩首不赦。所过之处，凡学宫正殿两庑柱皆毁弃殆尽，或堆军火，或为马厩。改江宁学宫为宰夫衙。这种做法破坏了封建纲常伦理秩序，使传统文化经受了重创。曾国藩“檄文”突出为卫护道统名教而战，为传统文化而战的旗帜，对太平天国的种族思想，却避而不提，显示了曾国藩思想舆论斗争的特有智慧。曾国藩后来为湘军将帅“树碑立传”，到处设“招忠祠”之类，实际上也起到了动员地主知识分子的效果。毛泽东也看到了曾国藩以“檄文”为号召的独到之处，他后来指出：“洪秀全起兵时，反对孔教提倡天主教，不迎合中国人的心理，曾国藩即利用这种手段，扑灭了他。”