明军的到来，使朝鲜都体察使李元翼大为振奋。他向朝鲜备边司报告，希望能够在日军大部队尚未渡海而来之前，出兵击破目前仍屯守在朝鲜沿海地区的日军部队。李元翼和都元帅权栗商量以后，决定使三道水军统制使元均率领舟师去攻打驻守在安骨浦、加德岛的日军部队。但是元均表现得非常不情愿，权栗为此连续三次派遣军官去催促元均，李元翼也派从事官南以恭去催促元均，这才让再也扛不住压力的元均于万历二十五年六月十八日从闲山岛动身。
六月十九日早上，元均将朝鲜舟师分队，布置成鹤翼阵，径直发向安骨浦倭城。朝鲜水军精锐尽出，擂鼓呐喊，争先奋进，日军见状纷纷乘船迎击。而加德岛的日军听说安骨浦的日军被朝鲜水军攻击，也乘船前来救援。当时日军“炮矢并下，海岸俱震”，但是朝鲜水军没有一丁点退缩的意思，杀死、打伤了很多日军士兵。安骨浦日军被打得逃窜到了海岸上，其中两艘船只被朝鲜水军俘虏，加德岛过来的日本援军则向其驻地逃去。
朝鲜水军乘胜追击败退回加德岛的日军船只。在追击过程中，朝鲜水军差一点就将对方船只捕获了，结果日军狗急跳墙，直接弃船而逃，躲进了一个小岛。朝鲜水军围住对方的船只一阵乱射，最后只夺获了一艘空船。之后，朝鲜水军将士登上日军躲藏的小岛，寻觅其踪迹，他们发现岛上有日军士兵的血迹，遍布于地上，但就是找不到对方藏到了哪里。正当朝鲜水军想要退兵回去的时候，原先战败的安骨浦日军，突然乘船来到了这座小岛，朝鲜水军只好迎击。这些日军赤身裸体，毫不畏惧，纷纷向朝鲜军发起突击。有人绕到朝鲜水军的船尾，有人夹击船的左右两边，对着朝鲜水军施放铁炮弹丸。作为朝鲜水军将领之一的宝城郡守安弘国被日军的铁炮打穿脑袋，当场毙命。朝鲜水军急忙使用防牌抵御住日军的铁炮，又趁隙对日军射箭，直到日暮时分才突围而出，摆脱了日军的追逐。（《宣祖昭敬大王实录》）此战，是为安骨浦、加德岛海战，以朝鲜水军的失败告终。
这之后，从六月二十三日开始，日军大部队陆陆续续从日本渡海而来，再次踏上朝鲜领土。首批渡海的日军船只停泊于朝鲜庆尚道的釜山浦、竹岛。
六月二十九日，又有100多艘日军船只渡海而来，其中30多艘船停泊在釜山浦，70多艘船驶向加德岛。
七月七日，有50多艘日军船只渡海而来，先停泊在釜山浦，后又发向竹岛。
七月八日，有600多艘日军船只渡海而来，停泊在釜山浦前洋。其中一些日军从釜山浦出发，先经陆路到达仇法谷（在庆尚道梁山附近），后渡江发向熊川。（《事大文轨》）
六七月间，日军船只大摇大摆地登陆朝鲜，正式揭开了丰臣秀吉第二次出兵侵略朝鲜的序幕。由于倭乱再次爆发的1597年是日本纪年“庆长二年”、干支纪年“丁酉年”，因此被日本称为“庆长之役”，被朝鲜称为“丁酉再乱”。而对于丰臣秀吉发动此次侵朝战争的目的，众说纷纭，史学家们有很多不同的见解。二战前的日本史学者德富猪一郎在《近世日本国民史·朝鲜役》一书中对日本发动第二次侵朝战争的目的阐述为：
然其后役何为乎？秀吉抛却最早征服明国之雄图，彼只为征服朝鲜。其后役比之前役，规模小，目的亦小。
德富猪一郎指出，相比壬辰年的文禄之役，丰臣秀吉发动庆长之役时，志气大为消减，已经不敢再打明朝的主意，只敢打朝鲜的主意了。他又指出，丰臣秀吉此时连征服朝鲜全境的野心也都荡然无存，只想拿下朝鲜半岛南部的全罗道：
今回之目的，全然为惩罚朝鲜。但从秀吉命令中的“赤国（全罗道）悉收而施治”这句话可以判断，秀吉此次的战略目标是只想打下全罗道。秀吉之志，由最初欲征服明国，转变为如今只欲征服朝鲜的一道。只此一事，便可以看出后役已经毫无意义。
对此，日本学者中野等在《秀吉的军令与大陆侵攻》一书中指出：
与侵攻明朝为目的而发起的文禄之役不同，此次派兵只是为制压朝鲜半岛南部，展开的是对庆尚道（朝鲜半岛东南部）、全罗道（朝鲜半岛西南部）的侵攻。
中野等同样认为，丰臣秀吉发动庆长之役时，连拿下整个朝鲜的心思都已消失得无影无踪，战略目标变成只想打下朝鲜半岛南部。不过，也有与德富猪一郎、中野等截然相反的一种观点。我国的壬辰战争史研究者杨海英女士在《域外长城——万历援朝抗倭义乌兵考实》一书中认为：
统一日本之后的丰臣秀吉，不再甘居人下，欲与明朝一决高低，再争雄长。从这样的角度看丰臣秀吉不惜倾国与战之举，应该还是靠谱的。
杨海英认为，丰臣秀吉发动庆长之役的目的仍是为了与明朝一决雌雄，换言之仍然是为了征服明朝。当然，杨海英和德富猪一郎、中野等的观点，都是后人的说法，且来看看当时日本人的观点。据加藤清正的部将福田勘介交代：
勿论老少男女，能步者掳去，不能步者尽杀，以朝鲜所掳之人送于日本，代为耕作。以日本耕作之人，换替为兵，年年侵犯，仍向上国矣……大概蚕食地方，降者役使之，拒者尽杀焉。以土地、人民，渐为其有，则其志可遂云。（《宣祖昭敬大王实录》）
福田勘介的供词，谈到了丰臣秀吉在第二次侵朝战争中制定的战略。丰臣秀吉下令：无论男女老少，但凡能走路的朝鲜百姓全部俘虏带回日本，代替日本农民耕作，不能走路的全部杀死；再将日本农民运送到朝鲜参战，年年侵犯、蚕食朝鲜，逐渐夺取其土地、人民。显然，丰臣秀吉仍然将目标对准了“上国”（明朝）。
福田勘介的话，表明丰臣秀吉是想在朝鲜打持久战，意图一步步蚕食朝鲜，进而侵略明朝，其初志并未改变。同时，福田勘介的这一番话，也暴露出即便是在丰臣秀吉时代，日军当中也有普通农民参战，并没有做到“兵农分离”。
无独有偶，在竹岛倭将丰茂守传递给朝鲜战士郑承宪的情报中，也透露出丰臣秀吉抱有蚕食朝鲜的想法。丰茂守在谈话中转述了丰臣秀吉下达的指令：
汝等为先锋，蹂踏庆尚、全罗、济州等地后，退兵宜宁、庆州等处屯据。召募朝鲜散卒遗民，合我军，大作农事，积峙兵粮。明年又明年，渐次夺据，则朝鲜地方将为日本之地。（《宣祖昭敬大王实录》）
丰臣秀吉的这番话，显示出他确实有屯聚粮食，在朝鲜打持久战的想法，意图一步步鲸吞蚕食，将朝鲜纳入掌中，其侵吞朝鲜之心未灭。被日军俘虏的朝鲜儒学者姜沆在《看羊录》里提到，丰臣秀吉在庆长之役中提出的口号是：
年年发兵，尽杀朝鲜人物，使朝鲜为空地。然后移西路（西日本）之人使居朝鲜，移东路（东日本）之人使居西路。十年之后，必有成功矣。
姜沆提到丰臣秀吉欲“年年发兵”朝鲜，这与福田勘介招供的丰臣秀吉打算“年年侵犯”朝鲜一说吻合，由此可见，丰臣秀吉确实有在朝鲜长期作战，逐步将其侵吞的打算。从当时日本士兵的供述来看，丰臣秀吉在庆长之役中仍怀有侵吞朝鲜之志，并且还可能对侵略明朝抱有一丝残存的侥幸心理。
除了以上说法之外，丰臣秀吉发起庆长之役的目的还有一种可能。那就是为了面子工程，逼迫朝鲜向他乞和，所以他并不要求日军深入朝鲜腹地，只是要求攻破朝鲜全罗道、忠清道以后就立刻还兵沿海，与朝鲜长期对峙，直到对方乞和为止。这一点，体现在《宣祖昭敬大王实录》收录的丰臣秀吉的军令上（见前文）。
小西行长在六月写给庆尚道右兵使金应瑞的书信中，也是同样的说辞：
关白之意，非战斗、欲夺朝鲜之地方也。朝鲜不肯相和，故欲示兵威而取和也。今此之举，只犯全罗而还兵。（《宣祖昭敬大王实录》）
也有一种说法认为，丰臣秀吉当时在日本的统治已经岌岌可危，日本国内之人恨他入骨，秀吉害怕日本国内发生政变，因此发动庆长之役来转移日本国内的矛盾，不至于祸及自身。这一说法，是宗义智的家臣要时罗透露给朝鲜人的：
其意盖以日本之人稍安佚，则必生凶谋，欲使连岁劳苦，必无戢兵之理。（《宣祖昭敬大王实录》）
综合以上各种说法，丰臣秀吉发起庆长之役的目的，大致有三种可能：
一、不断蚕食朝鲜，在朝鲜打持久战，企图通过侵吞朝鲜，染指大明。
二、为了维持面子工程，试图发兵逼迫朝鲜主动向他乞和。
三、转移日本国内的矛盾，避免日本国内发生政变。
笔者认为，丰臣秀吉发动庆长之役的根本目的，很可能是后面两种，而不太可能是第一种。因为文禄之役对丰臣秀吉造成的心理打击无疑是巨大的，已经使他放弃了很多不切实际的臆想，并在与明朝的谈判中一步步退让，这个时候不太可能再编织不切实际的梦。无论哪个目的是丰臣秀吉最想实现的，还是兼而有之，自丰臣秀吉以下的日军将士，普遍对第二次侵朝战争感到灰心丧气。当时的日军，“上自将官，下至战士，皆以越海征战为怨，唯以速战决死生、归还本土为计”，“倭人等厌苦兵役，怨骂关白者无数”。（《宣祖昭敬大王实录》）
而丰臣秀吉自己，自决定发动第二次侵朝战争以来，已经变得丧心病狂。他亲自下达了在朝鲜实行无差别屠杀的命令。根据日本史料《本山丰前守父子战功觉书》的记载，丰臣秀吉向加藤清正下令杀光朝鲜男女。《大河内秀元朝鲜记》则记载，丰臣秀吉向日军下令，在朝鲜，无论男女老幼，僧人或世俗之人，尽皆杀死。在丰臣秀吉的这一意志主导下，侵朝日军在丁酉再乱中大肆杀戮朝鲜百姓已成为常态。