直隶的吏治和积狱（即积压未审理的民事刑事案件）问题，在曾国藩请训时的奏折中列为第二项。这是一而二，二而一的问题。多年来，由于吏治腐败，再加上连年战争，民事刑事案件无人处理，到同治八年（1869年3月）旧历三月底止，积压的同治七年以前的案件竟达一万二千余件。保定府衙，仅由朝廷交下来处理的重大京控（即直接上告到京师大理寺、刑部、都察院等衙门的案件，这些案件一般都发回当事的省份处理）案件也达一百三十余件。可见案件积压之多，实在是惊人。曾国藩在来直隶的途中，就留心考察了直隶的吏治，他在奏折中说：“臣入境以后略询民间疾苦，大约积狱太多，羁累无辜。闻有州县到任年余，未曾升堂一次，讯诘一案者。又因连年用兵，差徭甚重，大户则勒派车马，供支柴草；小户则摊派钱文，掳充长夫。劣绅勾通书役，因缘讹索车辆，有出而无归。贫户十室而九逃。”曾国藩打算一改在江南实行的宽厚政策，对官吏严格管理，他说直隶官场“风气之坏，竟为各省所未闻”，因此，他打算到任后大力整顿吏治，并告诉朝廷，对不法官吏，他要大加参劾。
曾国藩的第一步，是立即颁布《直隶清讼事宜十条》及《直隶清讼限期功过章程》，这距他接印视事，仅有一个月时间。前者是曾国藩亲自撰写，后者由按察使张树声撰写，由曾国藩复核。在曾国藩的时代，中国地方上没有专职的司法审判人员，府、州、县都由地方官负责审判；省一级虽有按察使（又叫臬司）负责刑名案件，但他还要兼管驿传，并且按察使也不是职业法官，因为他今天是按察使，明天可能转任布政使等与司法没有关系的职务，完全脱离审判，反过来，他以前担任的职务也可能与司法毫无关系。所以，刑名案件是地方官从县、州直至总督、巡抚的重要职责之一，也是衡量地方官政绩的杠杆之一，同时，它又与百姓的利益、社会的稳定有密切的关系。这也是曾国藩要花大气力整顿积案和吏治的原因。
《直隶清讼事宜十条》规定：
第一，通省大小衙门公文宜速。曾国藩说，现在军务已过，一定要“力挽积习，与诸君子舍旧图新”，“通省上下皆以勤字为本”。凡是上司要下属查明或办理的事，都要明定期限，违限记过，凡小过达到六次，大过达到三次，就要撤差撤官。
第二，首先整顿保定府发审局。保定为首府，起着全省的表率作用，因此率先整顿。曾国藩要求不准受贿，更不准勒索；审案必须尽速，不得拖延。
第三，要求州县官必须亲自接案审案，不得听信幕友丁书。他说不能要求地方官人人都有大才干，但只要以勤字为本、事事躬亲，就可以算是好官。直隶向来逢三日、八日老百姓告状之期，地方官从不亲自受理，而是由典史、门丁收诉讼状，积压多日，地方官根本不过目，全由幕友负责，甚至地方官还不知道告状告的是何事。有时甚至拖得原告被告两家精疲力竭、倾家荡产，已不想再打官司了，然而求收回诉讼却又做不到。这种现象必须杜绝。
第四，禁止滥传被告、滥押证人。从前差役逢到办案时，尽量把多的人拉入案内，并且管押起来，可以乘机勒索。曾国藩规定，凡管押（实际就是今天说的拘留，但当时连证人也管押）之人，必须挂牌明示，如未悬牌，或牌上人数与实际管押人数不符，家属可以喊冤，总督还要派人密查，如果发生此类事情，将记过严惩。
第五，严禁差役勒索。
第六，每月必须将审案、监禁、管押、逃犯等情形上报。
第七，严治盗贼以弭隐患。
第八，讼案久悬不结核明注销，这主要针对乡民往往因小事而诬告之风而言。
第九，分别皂白严办诬告讼棍。
第十，奖借人才变易风俗。
《直隶清讼限期功过章程》则对官员清理积案的功过，规定明确细致的赏罚条例。
我们看到曾国藩这些规定和要求非常详尽细致具体周到，这与他当年做京官时，曾署刑部侍郎，对刑狱审判问题有相当的研究和经验有关。
曾国藩的第二步，是奏留原任直隶按察使、朝廷要将其调到山西任按察使的张树声，以便协助他清理积案。张树声原是李鸿章淮军将领，当淮军组建时，曾国藩对其就非常赏识，此时张树声已经当了四年直隶按察使，对直隶的情形及刑名案件比较熟悉，曾国藩说，自己年纪较大，精力有限，希望让张再留直隶一年，可以将积案清结。朝廷准许他的要求。张树声果然不负曾国藩所望，为清理直隶积案作出了不少努力。一年多以后，张调山西布政使，再过一年，即升任江苏巡抚，以后又升任总督。
曾国藩的第三步，是身体力行，亲自处理案件。
1869年的曾国藩，已经五十九虚岁，按当时人的寿命，他已是一个标准的老人。欧阳夫人双眼只能看见光亮，但看不清人和物，已算基本失明。曾国藩的身体和精力也是越来越差，但既然为官，就需要好好办事。而他早年那种澄清天下的志向，并没有完全消逝。而且作为地方长官，要求下属做到的，地方首长必须首先做到，起到表率作用，否则下属必然是阳奉阴违。所以，对重大的、疑难的案件，曾国藩常常需要亲自处理。这些事情非常繁琐，然而面对许多人命关天的事情，却又必须认认真真办理，所以累得腰酸腿疼头痛，以至晚上入睡都困难，自是经常的事。曾国藩的日记里记下的这类事情很多。同治八年三月初八日晚上，他仔细阅读一则案件，觉得其中判绞刑但缓刑的犯人张世沅，罪行较重，应该改为立即执行，当时的说法，叫“由缓改实”，在日记中，他说自己对此事“沉吟良久”，然后写一封信与按察使商量，可见关乎人命的事，他相当慎重。在家书中，他曾几次告诉儿子曾纪泽，一次是接印半个月后：“吾自初二接印，至今半月，公事较之江督任内多至三倍。无要紧者，皆刑名案件，与六部例稿相似，竟日无片刻读书之暇。做官如此，真味同嚼蜡矣。”接印一个月后又说：“余近日所治之事，刑名居其大半。竟日披阅公牍，无复读书之暇。”
除了自己亲自花大量时间和精力处理这些案件外，还委派可靠的人员，到各地明察暗访，对办案草率，漫不经心，甚至勒索和受贿的官吏，立即予以处分。
经过整整一年的艰苦努力，多年的积案终于清理完毕。到同治九年二月初二日，也就是曾国藩接直隶总督印一年后，曾国藩奏报说，已经结清了同治七年（1868）以前的旧案12074件，同治八年以来的新案28121件；现在旧案只剩95件，新案只剩2940件。在清理积案的过程中，有不少官员出了力，也有些官员懒惰或办事不力。对于办事得力的当然要奖励，积案清完，曾国藩奏请奖励的官员有29名，其中有的加衔三级。对于贪污腐败、草菅人命，或不胜任职务的官员，曾国藩在1869年一年之内弹劾了19人。
曾国藩任直隶总督只有一年多的时间，在他的努力下，直隶的吏治已开始好转。而他为清理积案所用的《直隶清讼事宜十条》及《直隶清讼限期功过章程》对后世发生了深远的影响。因为这两个文件表现了相当大的具体性、可行性和可操作性，清朝统治者非常重视，不久就命印行颁发各省，以便参照执行。以后曾多次命令印行。直到二十世纪初，清廷还将这两份文件颁发各省，为清理积案作参考。