三 咬牙立志，整军妙高峰
靖港失败后，曾国藩把自己关在长沙城外，七昼夜不与人说一句话，陷入深刻的反省与思考中。胜败乃是兵家常事，但此次失败成为曾国藩“咬牙立志”的重要动力。曾国藩后来说，他平生有“四大惭”，即四大耻辱，靖港之败即是其一，他说：“甲寅年岳州、靖港败后，栖于高峰寺，为通省官绅所鄙夷”，但他经历“此一磨折”，后来才有成功。他还说，他一生“打脱牙之时多矣，无一次不和血吞之”，靖港之败即“打脱牙之时”。而“打脱牙和血吞”不是目的，“生平咬牙立志”“徐图自强”才是目的。
曾国藩善于从失败中总结教训。他认识到，此次失败，也在于水军未经操练。不但打败仗时溃不成军，即使彭玉麟统帅打湘潭取胜时，部下也大肆抢掠。曾国藩家书称，在湘潭打了胜仗的五营，也抢分贼赃后逃回县城。甚至将战船送入湘乡河内，各勇登岸逃归，听任战船漂流河中，丢失货物。彭雪琴发功牌与水手，水手见有顶戴，才自言原来所报姓名全是假的，是应募之时胡乱捏造的，以备将来逃走，不能执册以相索。“湘勇之丧心昧良，已可概见。若将已散者复行招回，则断难得力。”
湘军始建之初，水陆师不仅缺乏实战经验，组织指挥系统上也未能做到层层节制。而临阵作战时，论胆量技勇，兵不如勇，论纪律则勇不如兵，因此曾国藩认识到必须有得力人员协同管带，加强文武员弁的层层节制，才能相互维系。过去湘军每营仅有一二绅士主持，故纪纲不密，维系不固。靖港之役，就错在“但知轻进之利，不预为退步之地”。而水师之弊，在于没有经战阵之弁勇，全是招募船户水手，编组成军，训练未满一月就拉上前线，故临阵胆怯。因此，曾国藩此后很重视老兵的作用，水陆弁勇编组时，务须新兵、老兵互相搭配。
《克复岳州战图》，清宫廷画家绘。所附上谕时间为“咸丰四年七月二十三日”。
在指挥系统方面，重要的变化是增加统领一级。过去，湘军陆师的编制最高为营一级，由曾国藩直接统辖调遣。现在营以上设立统领，统率二营或数营，陆师以罗泽南、塔齐布等为统领，水师以杨岳斌、彭玉麟等为统领，由统领指挥营官，曾国藩则指挥统领。这样，湘军编制完善，而在实战中，指挥也确实灵便，兵力使用相对集中。长沙整军后的湘军水陆师，共计一万五千名左右，其战斗力远较衡州出师时强大。
靖港之败，还由于赏罚机制没有建立起来。曾国藩感到，古人用兵，都是先明功罪，但今天多是患难相从，投奔大营来的并非是为利禄驱使，因此所订法条难于施行，所以两次致败。有鉴于此，这次他驻扎在长沙城南门外的妙高峰上整顿营务。规定凡是临阵脱逃的将领，不再录用。湘乡团练最早的组织者原湘乡知县朱孙诒，因在宁乡、岳州战役中临阵脱逃，被曾国藩断然逐出湘军。曾国藩的弟弟曾国葆也在被裁之列。据说曾国葆回到家乡后为此感到十分羞愧，几年闭门深居，足不出户。
经过长沙整军，湘军实力大增。“规模重整，军容复壮矣”。五月咸丰帝的上谕又称“肃清江面之举，仍借此一军，以资得力”，因此，湘军士气也受到鼓舞。六月，修造战船的工作已经完成，广东总兵陈辉龙也到达长沙，添造浅水拖罟二号，李孟群到广西招募的水手一千余名也回到长沙，与曾国藩所募水勇日夜操练。
六月下旬，曾国藩挥水陆两师北上，发动了对太平军的第二次攻势。此时太平军集中到岳州，有舟船一万余只，曾国藩认识到非水师不能制胜。因此积极调遣水师。前队营官褚汝航亲驾小船前往君山一带察看虚实，见湾内太平军水师船只甚多，决定采用“诱敌出击”之计。
六月三十日，湘军水师分五队进兵，彭玉麟左营埋伏于君山南岸，杨载福率右营埋伏于雷公湖上游，用“诱敌之计”大败太平军，太平军水师损失船百余只，曾天养率军撤离岳州，退守城陵矶。湘军水师在褚汝航率领下进入岳州城。七月初六，曾国藩率湘军水师余部及陆师两千人，从长沙起行，陈辉龙、李孟群各率水师随军北上，于七月初七抵达岳州。
岳州之失，对太平天国影响很大。因此，太平军稍事休整，又举行反攻。七月初八，双方在城陵矶相遇，湘军水师又受重挫，太平军打死陈辉龙和沙镇邦，太平军得其拖罟。褚汝航、夏銮率船来救，亦受伤落水而死。此次战斗湘军水师毁船颇多，曾国藩“伤心陨涕”。
太平军水战取胜以后，曾天养率太平军三千余人至城陵矶登岸，准备扎营据守。七月十八日，塔齐布率湘军陆师赶到城陵矶，双方展开大战。塔齐布是湘军第一悍将，精于马术，善于骑射，一直保持着八旗兵骠悍的气质，自湘军出师以来，战功显赫。年已六十岁的曾天养，也是太平军的著名猛将，屡立奇功。这一仗打得异常激烈。清军参将玉山施放火箭，使太平军进攻受挫，激怒了曾天养，他匹马持矛独上，直奔塔齐布，刺伤塔齐布的坐骑，却不幸被塔齐布的亲兵黄明魁刺中，曾天养忍住巨痛回矛将黄明魁刺伤，自己也坠至马下阵亡。主帅阵亡后，太平军败退。据说，湘军割下曾天养的首级，“悬之营门，目光炯炯，六日犹视。军士不敢过其下，乃祭醮而掩之”。太平军闻曾天养阵亡，皆痛哭为之祈祷，志哀数日。曾天养的牺牲对太平军打击很大，军中大乱，向武昌退守。
湘军则一鼓作气，塔齐布率军分三路扑向高桥，将太平军七座营垒捣毁，随后又毁其营垒十三座。曾国藩令水师猛攻，于是太平军乃凿沉先前所获湘军水师拖罟，水陆两军退进武汉。