巴比伦是最终征服了亚述并摧毁了其各个城市的战争的发起者和主要受益者，它长久以来都是它的北方邻国的历代君王又爱又恨的对象。亚述为了支配、控制巴比伦，曾穷尽一切办法。一些国王，包括提革拉帕拉萨三世，对巴比伦实行直接统治，他们创造出一种双君主制度，将自己封为亚述和巴比伦两国的君王；其他统治者则试图安插近亲来继承巴比伦王位，并寄希望于这名近亲的忠诚；还有的会选择一个巴比伦本地人作为附庸国国王。最终，这些方法无一奏效，叛乱和起义频频发生，而后再被严酷镇压。
亚述所面临的难题还包括：巴比伦同样有大量闪米特游牧移民拥入。在南部，主要的新移民不是阿拉姆人，而是与他们相近的另一民族——迦勒底人。迦勒底人以捍卫巴比伦独立的名义，全力抵抗亚述的统治。公元前721年，亚述吞并了以色列，在此后一百年里所发生的动荡与骚乱，就是这一时期错综复杂、充满暴力事件的政治史的真实写照。
这一切的起源可追溯到喜欢征伐的亚述国王萨尔贡二世。迦勒底王子兼贝特雅金（Beit Yakin）部落首领马尔杜克-阿普拉-伊迪纳（Marduk-Apla-Iddina），即《圣经》中的米罗达·巴拉但（Merodach Baladan），无视亚述王的驱赶，霸占巴比伦的王位近十年。萨尔贡后来将其逐出并流放于埃兰，而后自立为巴比伦王。萨尔贡战死沙场后，马尔杜克-阿普拉-伊迪纳旋即反扑。萨尔贡之子辛那赫里布率军攻打这个屡屡进犯的敌人，将其逼回至其位于海湾口周边湿地的大本营。与此同时，辛那赫里布也试图通过任命从小就在尼尼微的亚述王宫中长大的巴比伦人贝尔-伊巴尼（Bel-Ibni）继承王位，以缓和巴比伦的敏感局势。但是这位巴比伦贵族同样发动起义抵制亚述的霸权。辛那赫里布只好让自己的儿子亚述-那丁-舒米（Ashur-Nadin-Shumi）取代贝尔-伊巴尼。正当亚述人忙于将马尔杜克-阿普拉-伊迪纳驱逐出其南部湿地的老巢时，美索不达米亚的宿敌埃兰乘机攻击巴比伦。埃兰国王不仅为巴比伦选立了他中意的新君，还给辛那赫里布之子戴上枷锁并将其掳走，其人从此音讯全无。辛那赫里布返回巴比伦后，先是囚禁了埃兰人安排的新君，继而东征埃兰都城苏萨。然而，在他忙于讨伐埃兰人的同时，另一位迦勒底王子登上了巴比伦的王座。盛怒之下，辛那赫里布率军包围了巴比伦城整整十五个月。城墙终被攻破之后，他不仅让冒牌国王和其家人，以及其他迦勒底重臣一并入狱，还将各宫殿和神庙洗劫一空，甚至放倒了巴比伦守护主神马尔杜克的雕像。此后，辛那赫里布下令开挖贯通城中心的水渠，然后水淹整座城池，使之成为渺无人烟的废城。
至少辛那赫里布在铭文中是如此叙述的。
城池中的房屋，从根基到墙垣，朕夷之、毁之、烧之。内城墙与外城墙、砖石泥砌的神塔、神庙与神像，朕将其破坏殆尽，弃于阿拉图（Arahtu）运河之中。在城市中央，朕开挖水渠，以水毁灭城基。朕引入大水，彻底摧毁该城。不出几日，城池覆灭，庙神消失，记忆不再。朕以洪流覆之，只余草泽一片。
虽然我们一次又一次地目睹美索不达米亚的各个伟大城市的覆灭，但它们很快便会重新崛起，就像过去什么也没有发生。巴比伦就是很好的例证。尽管它在公元前689年遭到亚述的毁灭，六十年后，旧城仍在人们的记忆中，新城的繁盛程度却已然超越旧城。这怎么可能？难道巴比伦实际遭受的破坏并不如我们读到的那般严重吗？
或许，我们可以参照一下20世纪的历史。到1945年末，许多欧洲城市几乎被完全摧毁。柏林处处断壁残垣；明斯克从照片上看只剩下绵延数千米的瓦砾；在日本，广岛与长崎被世上首次投下的原子弹夷为平地。但就在短短几十年间，人们根据原有的城市规划开展重建，大量建筑被修复，城市也得到重生。在巴比伦上演的似乎也是相同的剧情。
在辛那赫里布于一场宫廷政变中遇刺身亡后，他的儿子以撒哈顿继位。这位新君准许被驱逐者重返家园，下令修复神庙中的神像，同时竭尽全力弥补其父造成的损失。他封幼子亚述巴尼拔为亚述储君，立另一子沙玛什-舒姆-乌金（Shamash-Shumu-Ukin）为巴比伦王，试图稳固亚述与巴比伦的关系。
但这一方法依旧无效。以撒哈顿死后不久，两兄弟之间爆发了惨烈的内斗。最终，亚述巴尼拔包围了巴比伦并攻破城门，拥入的大军恣意屠杀城中百姓。沙玛什-舒姆-乌金也在燃烧的宫殿中死去。亚述巴尼拔在巴比伦安插了一位新的傀儡国王后，便开始攻打巴比伦的盟国。
在此过程中，亚述巴尼拔犯下了一个重大的政治错误，尽管在有生之年他并不会目睹这一错误的毁灭性后果。埃兰一直支持巴比伦攻打亚述。为了报仇，亚述巴尼拔对埃兰都城苏萨发起了进攻，并决定让该国牢记教训。于是，他将埃兰宫殿内的值钱之物洗劫一空，还摧毁了神庙、金字形神塔、埃兰先王的雕像，甚至亵渎了埃兰先王的坟冢。而后，他将注意力转向埃兰的腹地。“在一个月内，朕将整个埃兰夷为平地。田间既无喧嚣人声，也无牛羊踪影，更无愉快的丰收歌声。朕将此地变成野驴、瞪羚等各类野兽生活的荒原草野。”虽然苏萨城最终得到重建，但埃兰从此失去了在该地区的霸主地位。
亚述巴尼拔在这场战争中取得了战术上的胜利，但犯了战略上的大忌。在毁灭埃兰的过程中，亚述巴尼拔不仅移除了可保护美索不达米亚不受东部外敌进犯的屏障，而且消灭了长久以来阻止外来民族在伊朗高原上建立新政权的力量。随着埃兰的衰亡，来自中亚的半游牧民族开始入主该地：说着印欧语系语言的米堤亚人和波斯人穿过伊朗北部山区的隘口进入伊朗，迅速地在伊朗高地建立起他们强硬的统治。骁勇善战的米堤亚人很快就给亚述国带来威胁。在亚述巴尼拔死后仅十五年，即公元前612年，亚述的边境线因接连几位亚述君主的无能而被迫一退再退，米堤亚军队便乘势粉碎了亚述的防线。巴比伦王也赶来支援米堤亚人，只不过在狡猾的他赶到时战斗已临近结束。就这样，亚述帝国的历史出人意料地在暴力中突然终止了。
经过多年的肃清剿灭工作，两个战胜国对亚述各省进行了瓜分。米堤亚人统治安纳托利亚和东北部地区，巴比伦人则控制整个新月沃地和阿拉伯半岛的北部。此时统治巴比伦的新王是一位迦勒底族长，他用阿卡德语为自己取名拿布-阿普拉-乌苏尔［Nabu-Apla-Usur，即那波帕纳萨尔（Nabopolassar），意为“拿布保佑继位者”］。事实上，在他的统领下，巴比伦接管了其宿敌亚述帝国的疆土。亚述学家口中的新巴比伦王国就此诞生。
然而，这个国家并没有维持太久——只有大约七十年，差不多是一个人的寿命。但近期的一个伟大考古发现让它的短寿成为世人瞩目的焦点。
1187年，库尔德将军萨拉丁（Saladin）夺回了被基督教十字军占领的耶路撒冷。他下令在曾经的月神之城哈兰古城建造一座清真寺。1956年，英国学者大卫·斯托姆·赖斯（David Storm Rice）在考察这座12世纪的清真寺时，试图验证自己的想法，即在哈兰，古代异教信仰一直占主流地位，直到中世纪晚期。这座清真寺共有三处入口，他在每一处都发掘出了大石板，且这些石板上都有迹象显示它们的年代要比清真寺本身古老得多。在翻看石板的过程中，赖斯发现了巴比伦王敬拜辛的雕刻图案，其中辛由新月图形代表。石板被正面朝下放置，这样穆斯林就可以踏着石板走进寺内祷告，象征着对安拉的信仰最终战胜了对月亮的崇拜。
更令人惊讶的是，在石板的雕刻图案旁，一段楔形文字提到了巴比伦的末代国王那波尼德斯（Nabonidus），里面还有他母亲的传记。尽管我们了解到的古代苏美尔帝王的在位时间都长得离谱，《圣经》中宣称的族长寿命也都长得令人难以置信，但现在我们终于找到一份确凿的文书来证明古代百岁老人的存在：“我是阿达-古皮（Adda-guppi）夫人，巴比伦王拿布-那伊德（Nabu-na’id，即那波尼德斯）之母。”她“出生于亚述-巴尼-阿帕里（Asur-Bani-Apli，即亚述巴尼拔）统治时期的第20年，一直活到亚述-巴尼-阿帕里在位的第42年，到其子亚述-埃提鲁-伊力（Asur-Etillu-Ili）在位的第3年，到拿布-阿普拉-乌苏尔（那波帕纳萨尔）在位的第21年，到拿布-库杜尔里-乌苏尔（Nabu-Kudurri-Usur，即尼布甲尼撒）在位的第43年，到阿迈勒-马尔杜克［Amel-Marduk，即以未-米罗达（Evil-Merodach）］在位的第2年，再到尼甲-沙鲁-乌苏尔［Nergal-Sharu-Ussur，即尼里格里撒（Neriglissar）］在位的第4年”。而且，她到最后都保持着极好的健康状态：
诸神之王辛拣选了我，为我正常的寿命添加了许多年岁，让我保持头脑清醒，长命不衰，也因此名扬四方。从亚述王亚述巴尼拔时期到我的儿子巴比伦王拿布-那伊德在位的第6年：那是一百零四年的幸福时光。依照诸神之王辛对我的许诺，我的视力敏锐、听觉灵敏，双手双脚灵活，说话措辞得当，饮食状况良好……精神矍铄。
附言中还写道：
巴比伦王拿布-那伊德在位的第9年，她自然死亡。她最疼爱的儿子巴比伦王拿布-那伊德将她那穿戴着上好毛料、鲜亮麻衣……佩戴着昂贵宝石的尸体放入棺材。他将香油洒在她的尸体之上。人们将棺材安置在一个安全的墓冡之中。他在墓前宰杀了肥美的牛羊，并将巴比伦和博尔西帕的居民聚集到他的面前。
这位传奇的夫人从亚述政权的鼎盛时期一直活到了距离新巴比伦王国终结仅剩六年的那一年，这一个世纪诚可谓历史长河中最具影响力的一百年之一。为什么这么说呢？因为在迦勒底王朝第二位统治者那波帕纳萨尔之子拿布-库杜尔里-乌苏尔（意为“拿布保护长子”），也就是《圣经》中的尼布甲尼撒在位期间，犹大这个小小的附庸国在一次鲁莽的起义之后，就被完全吞并，成为巴比伦的领土。于是，耶路撒冷圣殿被拆毁，国王西底家（Zedekiah）被弄瞎，其后裔被处决，整个犹太的统治阶级被流放到王国都城。同时，在大范围的平民主义土地改革后，统治阶级的土地、房产都被分给了平民。对于这一事件，尽管《列王记》和《历代志》中都有从政治和神学角度出发的叙述，但最准确的记录来自先知耶利米（Jeremiah）的亲眼见证（《耶米利书》39∶8～10）：
迦勒底人用火焚烧王宫和百姓的房屋，又拆毁耶路撒冷的城墙。
那时，护卫长尼布撒拉旦将城里所剩下的百姓和投降他的逃民，以及其余的民都掳到巴比伦去了。
护卫长尼布撒拉旦却将民中毫无所有的穷人留在犹大地，当时给他们葡萄园和田地。
四十多年后，新巴比伦王国落入波斯人手中，犹大的贵族获准回到耶路撒冷并重建他们的神庙。但只有当时被流放到巴比伦的人才被看作犹太人。那些留守在犹大的百姓，即“民中毫无所有的穷人”，到返乡者那里去请求参与重建，得到的却是强硬的回绝，还被要求滚开（《以斯拉记》4∶3）：
我们建造神的殿与你们无干，我们自己为耶和华以色列的神协力建造，是照波斯王古列所吩咐的。
不管怎样，想要重回贫穷故乡定居的犹大人只是少数，大部分人还是选择留在美索不达米亚，继续享受生活在文明中心的便利。这之后的几百年间，巴比伦而非耶路撒冷成为最大的犹大人聚居地。《巴比伦塔木德》也是在巴比伦的学院中创作而成的，至今依然影响着犹太教。如果尼布甲尼撒没有征服犹大国并将犹大人流放，就不会有我们所知的犹太教，也不会有今天的基督教和伊斯兰教。
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同阿达-古皮一样生活在新巴比伦时代的人们，自然想象不到这样影响深远的后果。实际上，当巴比伦人取代亚述人掌握政权时，几乎没有人察觉到发生了变化。因为这次跟美索不达米亚历史上的数次王权更迭一样，是以接管而不是真正意义上的征服的形式实现的。
从一开始，美索不达米亚文明的历史就与现代社会中的工业企业巨头十分相似。尽管企业的所有权和股权可能变更，但不论是谁获得分红和负责撰写年度财务报告，该企业依然宣传相同的品牌、生产同样的产品。只有那些家园就此从版图上消失的亚述和尼尼微市民的生活会受到影响，对于普通农民、手工艺者、不受统治阶级管辖的商人，还有奴隶而言，生活几乎没有发生变化。依然是同一批官僚在进行管理；官方还在使用阿拉姆语；人们沉醉于与之前相同的文学文化，吟奏相同的音乐，吟唱相同的祈祷文，崇拜相同的神明（除了亚述的保护神阿舒尔，他此时已经无人问津）。的确，美索不达米亚人可能感觉到，只是传统的统治阶级又回来了。众多观察家，包括生活在巴比伦鼎盛期一百年之后的希腊历史学家希罗多德，仍将该王国视为亚述帝国，而巴比伦的胜利不过是统治中心的变更：“亚述拥有数量庞大的城市，现阶段最知名且最强大的是巴比伦。尼尼微陷落之后，政府的所在地被移至巴比伦。”
巴比伦再次站到了世界舞台的中央，这个阿卡德大地上的中心城市承载了一千多年的历史，继承了苏美尔文明。为了彰显巴比伦城失而复得的地位，尼布甲尼撒将其打造成史上最庞大、最辉煌、最负盛名的城市。在一些人眼里，它甚至是世界上最为迷人的魅力之城。
希罗多德又写道：
这座城市屹立在广阔的平原之上，呈正方形，每一侧均为120斯塔迪昂（stadion）[1]，因此整个城市的周长就是480斯塔迪昂。此等宏大的规模，再无他城可比。城市周围环绕着一条又宽又深、水流充沛的护城河，河边耸立着宽50皇家腕尺（royal cubit）[2]、高200皇家腕尺的城墙。
希罗多德很可能没有亲自造访此地。他给出的尺寸大得出奇：城墙高度200皇家腕尺接近100米了。因为该城的遗迹在地表依旧清晰可见，所以我们知道它的占地大小——大约2250英亩，那么其周长就不可能达到这位古代历史学家所说的超过80千米，而应该只有十来千米。
现代考古学家发现的巴比伦基本上是尼布甲尼撒花费重金进行大规模重建后的那座城。但这并不代表该城的格局发生过重大改变。巴比伦的重建者总是十分小心，生怕改变了人们眼中的神赋格局。学者会根据某个遗址所处的考古层来断定该遗址的年代，但对于美索不达米亚的城市遗址来说，其考古层的形成主要不是自然衰朽和重建而是有意识的政策引导的结果——人们会在新建筑下方有意识地保留旧城的原有格局。这种做法可一直追溯到新巴比伦时代三千多年以前的圣城埃利都的兴建和重建。
于是，在重新修筑被称为伊穆尔-恩利尔（Imgur-Enlil，意为“仁慈的恩利尔”）的防御城墙时，那波帕纳萨尔说他“试图找寻古代城墙的基底并找到了它”。他讲述自己“探寻古代城墙基底……发现了过去的砖石，并在原有的基底上重建……”几十年后，该王朝的末代君主那波尼德斯在重建阿卡德伊什塔尔神庙时，也声称他的砖墙是直接垒砌在“原有基底之上的……不会比原有基底宽一根手指，也不会容一根手指”。
在修复和重建巴比伦的过程中，对古代建筑进行原样复制的工作极其重要，因为这座城市承载着完整的苏美尔-阿卡德历史。无论访客从哪个方向来，他们在远处都会一眼望见巨型的城墙和高耸的金字形神塔。待走近一些，他们会看到那高墙仿佛是从泥沼中升起的，就像是古代神话中对苏美尔和阿卡德之诞生的描述：在靠近遥远南部的海湾顶端的埃利都，大地从被称为阿卜苏的地下水域中浮现，那里是文明之神恩基/埃阿的家园。“朕沿着巴比伦堆起高高的土堤，”尼布甲尼撒写道，“朕让土堤周围涌起如汹涌海浪般的浇水；朕让城市四周化作河沼。”
访客若想要穿过双层城墙，进入位于幼发拉底河东岸的内城，就要经过一道守卫森严的大门，这道门以神明乌拉什（Urash）命名，并且以“敌人憎恶它”著称。接着，访客会快速穿过一个叫作舒安纳（Shuanna）的商业区，来到另一道大门——集市大门（Market Gate）。当时巴比伦城的地志指出：“集市大门和大城门（Grand Gate）之间的区域被称作埃利都。”此街区的名字如此神圣，代表了古代苏美尔文明的起点，因此也代表了众所周知的文明之源。这里屹立着巴比伦最为重要的宗教建筑埃萨吉拉。它在苏美尔语中表示“高顶之屋”，是巴比伦的缔造者、保护神和众神之首马尔杜克的人间居所。埃萨吉拉也是恩基在埃利都的居所的名字。由此出发穿过一个75米宽的广场，就可抵达最著名的建筑埃特曼安吉（Etemenanki），即“天地之基神塔”。它是一座启发了巴别塔故事的90米高的金字形神塔。《圣经》的撰写者在写下如下文字时，一定知道这座巴别塔的阿卡德名：“他们说，来吧，我们要建造一座城和一座塔，塔顶通天。”（《创世记》11∶4）并不完全可靠的希罗多德也对它进行了如下描述：
从长宽均为1弗隆（furlong）[3]的坚固石塔上方，升起了第二座、第三座直至第八座石塔。塔身外部有一条蜿蜒而上的通道可通向塔顶。登到一半高度时，就会看到一处可坐下歇脚的地方，人们通常会在向上攀登的途中在此坐下歇息。在最顶端的石塔上，有一座宽敞的神庙。神庙内有一张装饰精美的超大长榻，旁边还有一张金色的桌子。神庙内并未设任何塑像，在夜间除了一名当地的单身女性外也没有任何人留守。马尔杜克的迦勒底祭司确认，这名女性是神明从这片土地上的所有女性中亲自拣选的。
他们还宣称——但我本人并不相信——神明本尊会降临这间神庙并就寝于长榻之上。
希罗多德的描述并不是我们唯一的信息源。在想象该建筑的样貌时，我们可以参考一幅明显与神塔同时代的图。在一块现已残缺的黑色石碑上刻有金字形神塔的平面图和立面图，旁边还有尼布甲尼撒国王像及一段铭文：“埃特曼安吉——朕让全世界的人都为之震惊。朕使其直入云霄，为其入口筑门，用沥青和砖石覆盖其表面。”这块浮雕纠正了希罗多德的描述——这座顶层有一间“宽敞的神庙”的神塔由六座而非八座石塔构成。
如今，曾直入云霄的埃特曼安吉连遗址都找不到了。马其顿国王亚历山大在征服亚洲之后，打算以巴比伦为其帝国的都城。他依照美索不达米亚传统，决定重建巴比伦的金字形神塔，并着手拆除原有建筑为重建做准备。然而，这一宏愿在其有生之年未能实现，所以我们今天在巴比伦的埃利都街区只能看到那些被积水浸灌过的地基。
在经过埃萨吉拉和埃特曼安吉后，来到巴比伦的访客可以穿过另一道门进入邻近街区：“从大城门到伊什塔尔城门的区域被称为卡-丁吉尔-拉（Ka-Dingir-ra）。”卡-丁吉尔-拉是苏美尔语，对应的阿卡德语是“巴比鲁姆”（Bab-Ilum），即“巴比伦”，意为神明之门。或许这座城市最早就是从这一区域兴起的。于是，美索不达米亚文明的发源地埃利都与让该文明发展至巅峰的巴比伦，就在这里实现了象征性的融合。
卡-丁吉尔-拉街区中还有尼布甲尼撒最壮观的城市改造项目——他本人的华丽宫殿。大街两侧的墙壁上装饰着用精美釉面砖拼贴而成的雄狮。这条大街穿过18米高的伊什塔尔城门，直达马尔杜克神庙。宏伟的伊什塔尔城门上建有带雉堞的堡垒，其闪闪发光的蓝色墙面上装饰有白色和赭色的牛和龙的图案，还有一段国王亲撰的长文：
巴比伦的这条大街地势低沉，朕拆除了几道大门，用沥青和砖石在地下水位的高度重筑基底。朕命人重新堆砌蓝色砖石，以呈现出公牛和龙的图案。朕在门顶上横着架设粗壮的雪松。朕用铜平整这些松木大门。朕在大门处放置野牛和恶龙，并用奢华装饰使其变得光彩夺目，让人们都为之惊叹。